Chuyển InChI sang SMILES
Tóm tắt: Chuyển mã định danh InChI sang chuỗi SMILES chuẩn hóa. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải về.
Chuyển chuỗi InChI từ tài liệu và cơ sở dữ liệu sang định dạng SMILES.
Định dạng đầu vào và đầu ra
| Đầu vào: InChI | Đầu ra: SMILES | |
|---|---|---|
| Tên đầy đủ | InChI (mã định danh hóa học quốc tế IUPAC) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Nội dung lưu trữ | Mã định danh văn bản nhiều lớp được xây dựng từ cấu trúc. InChI chuẩn giống nhau trong mọi chương trình. | Nguyên tử, liên kết, vòng, điện tích và lập thể trên một dòng văn bản. Không có tọa độ. |
| Tệp hoặc dạng | Văn bản bắt đầu bằng InChI=1S/ | .smi hoặc văn bản thuần |
Giải thích định dạng tệp
InChI là mã định danh hóa học quốc tế của IUPAC. Nó có nhiều lớp, mang tính xác định và hữu ích để mô tả công thức phân tử, sự liên kết, hydrogen, điện tích, lập thể và đồng vị.
SMILES ngắn hơn và dễ dán vào nhiều công cụ vẽ, tìm kiếm và tin học hóa học hơn. Chuyển InChI sang SMILES hữu ích khi cơ sở dữ liệu cho InChI nhưng quy trình của bạn cần SMILES.
Các dịch vụ khác nhau có thể trả về SMILES chuẩn hóa khác nhau cho cùng một InChI. Hãy coi các chuỗi SMILES tương đương là hợp lệ nếu chúng mô tả cùng một phân tử.
Khi nào cần chuyển InChI sang SMILES
InChI rất tốt để xác định hợp chất một cách duy nhất, nhưng hầu hết chương trình vẽ, script tin học hóa học và ô tìm kiếm cần SMILES. Chuyển đổi giúp bạn lấy mã định danh từ bản ghi cơ sở dữ liệu hoặc dữ liệu bổ sung của bài báo và biến nó thành thứ bạn có thể chỉnh sửa và vẽ.
Cách sử dụng
- Dán chuỗi InChI đầy đủ, kể cả tiền tố
InChI=1S/. - Chuyển đổi, rồi sao chép kết quả SMILES.
- Dán SMILES vào MolDraw để xem và chỉnh sửa cấu trúc.
Ví dụ
Ethanol: InChI=1S/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3 trở thành CCO. InChI liệt kê công thức, lớp liên kết (nguyên tử 1–2–3) và vị trí các hydrogen; SMILES biểu diễn cùng phân tử đó chỉ bằng ba ký tự.
Hỏi đáp
Lập thể có được giữ lại không? Nếu InChI chứa các lớp lập thể (/t, /m, /s hoặc /b), chúng được chuyển thành ký hiệu @ hoặc / và \ trong SMILES. Vì sao SMILES của tôi khác với công cụ khác? Một phân tử có thể có nhiều SMILES hợp lệ; hãy so sánh bằng cách chuyển cả hai sang InChIKey với SMILES sang InChIKey.
Cập nhật lần cuối: