Chuyển MOL2 sang SMILES

Tóm tắt: Chuyển văn bản MOL2 sang SMILES bằng quy trình phân giải công khai cho kết quả gần đúng nhất. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải về.

Chuyển nội dung MOL2 sang SMILES. Phù hợp nhất với các khối MOL2 phối tử nhỏ.

Giải thích định dạng tệp

MOL2 là định dạng cấu trúc Tripos dùng trong docking và mô hình hóa. Nó có thể chứa tọa độ nguyên tử, kiểu nguyên tử, bản ghi cấu trúc con, liên kết và giá trị điện tích.

SMILES là mã định danh phân tử trên một dòng, tập trung vào sự liên kết. Chuyển MOL2 sang SMILES hữu ích khi bạn cần một chuỗi tìm kiếm được cho phối tử từ quy trình mô hình hóa.

Tệp MOL2 có thể chứa thông tin kiểu nguyên tử và điện tích mà SMILES không giữ lại. Hãy kiểm tra lập thể và trạng thái proton hóa sau khi chuyển đổi.

Về tệp MOL2

Định dạng Tripos MOL2 phổ biến trong mô hình hóa phân tử và docking. Khác với tệp MOL, nó lưu kiểu nguyên tử SYBYL (như C.ar cho carbon thơm hoặc N.am cho nitrogen amide), điện tích riêng phần và thông tin cấu trúc con trong các phần bắt đầu bằng thẻ như @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM và @<TRIPOS>BOND. Các chương trình docking và thư viện phối tử thường cung cấp phân tử ở dạng MOL2.

Vì sao chuyển sang SMILES

SMILES dễ đọc, lưu trữ và tìm kiếm hơn nhiều. Chuyển một phối tử đã docking hoặc một mục trong thư viện sang SMILES giúp bạn kiểm tra danh tính, dán vào bảng tính hoặc vẽ lại cho hình minh họa.

Cách sử dụng

1. Mở tệp .mol2 bằng trình soạn thảo văn bản và sao chép một phân tử, từ @<TRIPOS>MOLECULE đến hết phần liên kết.
2. Dán và chuyển đổi.
3. Kiểm tra SMILES bằng cách vẽ nó với SMILES sang cấu trúc.

Lưu ý: tệp chuẩn bị cho docking thường có hydrogen tường minh và một trạng thái proton hóa cụ thể, nên SMILES có thể chứa nhóm mang điện như amine bị proton hóa.