Trình xem protein

Tóm tắt: Tải PDB theo ID hoặc file, xem trình tự amino acid, tạo kiểu cho từng chuỗi và cho các đoạn trình tự được chọn. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải về.

Tải protein theo PDB ID hoặc tải lên file `.pdb`, xem trình tự amino acid, tạo kiểu cho từng chuỗi, và nhấp chuột phải vào đoạn trình tự đã chọn để đổi kiểu hoặc ẩn nó.

Khám phá cấu trúc protein

Ngân hàng dữ liệu protein (PDB) lưu trữ các cấu trúc 3D được xác định bằng thực nghiệm của protein, nucleic acid và phức hợp của chúng. Mỗi mục có một ID gồm bốn ký tự, ví dụ 1CRN cho crambin, một protein thực vật nhỏ thường được dùng làm ví dụ, hoặc 4HHB cho deoxyhaemoglobin của người.

Chọn kiểu hiển thị

• Cartoon (dải băng): thể hiện cấu trúc bậc hai, với xoắn α dạng dải băng hoặc lò xo và sợi β dạng mũi tên. Tốt nhất để xem cách cuộn gập tổng thể.
• Stick (que): thể hiện từng liên kết. Tốt nhất cho chuỗi bên, phối tử và vùng hoạt động.
• Sphere (quả cầu): nguyên tử dạng đặc, thể hiện hình dạng và sự sắp xếp.
• Line (đường): khung dây nhẹ, hữu ích cho các cấu trúc lớn.

Làm việc với chuỗi và trình tự

Nhiều cấu trúc chứa nhiều chuỗi, ví dụ hemoglobin có hai chuỗi α và hai chuỗi β. Tạo kiểu khác nhau cho mỗi chuỗi để xem chúng sắp xếp với nhau thế nào. Chọn một đoạn trình tự amino acid và đổi kiểu là cách nhanh để tô sáng một vòng liên kết hoặc vị trí đột biến cho hình minh họa.

Mẹo: xuất PNG cho slide, hoặc PDB/XYZ/OBJ khi bạn cần tọa độ hay lưới trong chương trình khác. Để chuyển phối tử đã liên kết thành SMILES, xem PDB sang SMILES.