MOL2’den SMILES’a Dönüştürücü

Kısaca: MOL2 metnini açık bir çözümleyici iş akışıyla, elden gelen en iyi şekilde SMILES’a dönüştürün. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.

MOL2 içeriğini SMILES’a dönüştürün. Küçük ligand MOL2 blokları için en uygunudur.

Dosya Biçimi Açıklaması

MOL2, kenetlenme (docking) ve modellemede kullanılan bir Tripos yapı biçimidir. Atom koordinatlarını, atom türlerini, alt yapı kayıtlarını, bağları ve yük değerlerini içerebilir.

SMILES, bağlantılara odaklanan tek satırlık bir molekül tanımlayıcısıdır. Bir modelleme çalışmasındaki ligand için aranabilir bir dize gerektiğinde MOL2’yi SMILES’a dönüştürmek kullanışlıdır.

MOL2 dosyaları SMILES’ın korumayacağı atom türü ve yük bilgileri içerebilir. Dönüştürmeden sonra stereokimyayı ve protonlanmayı kontrol edin.

MOL2 dosyaları hakkında

Tripos MOL2 biçimi moleküler modelleme ve kenetlenmede (docking) yaygındır. MOL dosyasından farklı olarak SYBYL atom türlerini (aromatik karbon için C.ar veya amit azotu için N.am gibi), kısmi yükleri ve alt yapı bilgilerini @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM ve @<TRIPOS>BOND gibi etiketlerle başlayan bölümlerde saklar. Kenetlenme programları ve ligand kütüphaneleri molekülleri çoğunlukla MOL2 olarak sunar.

Neden SMILES’a dönüştürmeli

SMILES’ı okumak, saklamak ve aramak çok daha kolaydır. Kenetlenmiş bir ligandı veya kütüphane kaydını SMILES’a dönüştürmek, kimliğini kontrol etmenizi, bir elektronik tabloya yapıştırmanızı veya bir şekil için yeniden çizmenizi sağlar.

Nasıl kullanılır

1. .mol2 dosyasını bir metin düzenleyicide açın ve @<TRIPOS>MOLECULE satırından bağ bölümünün sonuna kadar tek bir molekülü kopyalayın.
2. Yapıştırın ve dönüştürün.
3. SMILES’ı SMILES’tan Yapıya aracıyla çizerek kontrol edin.

Dikkat: kenetlenme için hazırlanan dosyalar genellikle açık hidrojenler ve belirli bir protonlanma durumu içerir; bu nedenle SMILES’ta protonlanmış amin gibi yüklü gruplar görülebilir.