เครื่องมือแปลง MOL2 เป็น SMILES
สรุปสั้น ๆ: แปลงข้อความ MOL2 เป็น SMILES ด้วยขั้นตอนผ่านตัวแปลงสาธารณะแบบดีที่สุดเท่าที่ทำได้ ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลด
แปลงเนื้อหา MOL2 เป็น SMILES เหมาะที่สุดกับบล็อก MOL2 ของลิแกนด์ขนาดเล็ก
รูปแบบอินพุตและเอาต์พุต
| อินพุต: MOL2 | เอาต์พุต: SMILES | |
|---|---|---|
| ชื่อเต็ม | MOL2 (Tripos Mol2) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| ข้อมูลที่เก็บ | พิกัด 3 มิติ พันธะ ชนิดอะตอม และประจุบางส่วน | อะตอม พันธะ วง ประจุ และสเตอริโอเคมีในข้อความบรรทัดเดียว ไม่มีพิกัด |
| ไฟล์หรือรูปแบบ | .mol2 | .smi หรือข้อความธรรมดา |
อธิบายรูปแบบไฟล์
MOL2 เป็นรูปแบบโครงสร้างของ Tripos ที่ใช้ในด็อกกิงและการสร้างแบบจำลอง สามารถเก็บพิกัดอะตอม ชนิดอะตอม ระเบียนโครงสร้างย่อย พันธะ และค่าประจุได้
SMILES เป็นตัวระบุโมเลกุลแบบบรรทัดเดียวที่เน้นการเชื่อมต่อ การแปลง MOL2 เป็น SMILES มีประโยชน์เมื่อต้องการสตริงที่ค้นหาได้สำหรับลิแกนด์จากงานสร้างแบบจำลอง
ไฟล์ MOL2 อาจมีข้อมูลชนิดอะตอมและประจุที่ SMILES ไม่เก็บไว้ ตรวจสอบสเตอริโอเคมีและสถานะโปรตอนหลังการแปลง
เกี่ยวกับไฟล์ MOL2
รูปแบบ Tripos MOL2 นิยมใช้ในการสร้างแบบจำลองโมเลกุลและด็อกกิง ต่างจากไฟล์ MOL ตรงที่เก็บชนิดอะตอมแบบ SYBYL (เช่น C.ar สำหรับคาร์บอนอะโรมาติก หรือ N.am สำหรับไนโตรเจนของเอไมด์) ประจุบางส่วน และข้อมูลโครงสร้างย่อย ไว้ในส่วนต่าง ๆ ที่ขึ้นต้นด้วยแท็ก เช่น @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM และ @<TRIPOS>BOND โปรแกรมด็อกกิงและคลังลิแกนด์มักให้โมเลกุลในรูปแบบ MOL2
ทำไมต้องแปลงเป็น SMILES
SMILES อ่าน จัดเก็บ และค้นหาได้ง่ายกว่ามาก การแปลงลิแกนด์ที่ผ่านการด็อกหรือรายการในคลังเป็น SMILES ช่วยให้ตรวจสอบว่าเป็นสารใด วางลงในสเปรดชีต หรือวาดใหม่เพื่อทำภาพประกอบได้
วิธีใช้
- เปิดไฟล์ .mol2 ในโปรแกรมแก้ไขข้อความ แล้วคัดลอกหนึ่งโมเลกุล ตั้งแต่
@<TRIPOS>MOLECULEจนถึงส่วนพันธะ - วางแล้วแปลง
- ตรวจสอบ SMILES โดยวาดด้วยSMILES เป็นโครงสร้าง
ข้อควรระวัง: ไฟล์ที่เตรียมไว้สำหรับด็อกกิงมักมีไฮโดรเจนที่ระบุชัดเจนและสถานะโปรตอนเฉพาะ SMILES ที่ได้จึงอาจแสดงหมู่ที่มีประจุ เช่น เอมีนที่รับโปรตอน
อัปเดตล่าสุด: