Конвертер MOL2 в SMILES

Коротко: преобразуйте текст MOL2 в SMILES с помощью открытого сервиса-резолвера (приблизительно). Бесплатно, работает в браузере и не требует установки.

Преобразуйте содержимое MOL2 в SMILES. Лучше всего подходит для небольших блоков MOL2 лигандов.

Объяснение форматов файлов

MOL2 — формат структур Tripos, используемый в докинге и моделировании. Он может содержать координаты атомов, типы атомов, записи подструктур, связи и значения зарядов.

SMILES — однострочный молекулярный идентификатор, описывающий связность. Преобразование MOL2 в SMILES полезно, когда нужна строка для поиска лиганда из процесса моделирования.

Файлы MOL2 могут содержать типы атомов и заряды, которые SMILES не сохраняет. После преобразования проверьте стереохимию и протонирование.

О файлах MOL2

Формат Tripos MOL2 распространён в молекулярном моделировании и докинге. В отличие от файла MOL, он хранит типы атомов SYBYL (например, C.ar для ароматического углерода или N.am для амидного азота), частичные заряды и сведения о подструктурах в разделах, начинающихся с тегов вроде @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM и @<TRIPOS>BOND. Программы докинга и библиотеки лигандов часто поставляют молекулы в MOL2.

Зачем преобразовывать в SMILES

SMILES гораздо проще читать, хранить и искать. Преобразование лиганда после докинга или записи библиотеки в SMILES позволяет проверить его идентичность, вставить в таблицу или перерисовать для рисунка.

Как пользоваться

1. Откройте файл .mol2 в текстовом редакторе и скопируйте одну молекулу — от @<TRIPOS>MOLECULE до конца раздела связей.
2. Вставьте и преобразуйте.
3. Проверьте SMILES, нарисовав его с помощью SMILES в структуру.

Внимание: файлы, подготовленные для докинга, часто содержат явные водороды и определённое состояние протонирования, поэтому SMILES может показывать заряженные группы, например протонированный амин.