SMILES → PDBQT 변환기
요약: 분자 도킹과 AutoDock 방식 작업을 위해 SMILES 문자열을 PDBQT 형식으로 변환하세요. 무료이며 웹 브라우저에서 바로 작동하고 다운로드가 필요 없습니다.
두 단계로 SMILES를 PDBQT로 변환하세요. SMILES로 3D PDB를 만든 뒤, 그 구조를 도킹용 PDBQT 텍스트로 바꿉니다.
준비됨.
입력 및 출력 형식
| 입력: SMILES | 출력: PDBQT | |
|---|---|---|
| 정식 명칭 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (AutoDock 형식) |
| 담고 있는 정보 | 원자, 결합, 고리, 전하, 입체화학을 한 줄의 텍스트로 표현합니다. 좌표는 없습니다. | PDB 좌표에 부분 전하(Q)와 AutoDock 원자 유형(T)을 더하고, 리간드의 경우 토션 데이터를 포함합니다. |
| 파일 또는 형태 | .smi 또는 일반 텍스트 | .pdbqt |
기술적 작업 순서
- 1단계: 공개 SMILES 변환 엔드포인트에 3D PDB 좌표를 요청합니다.
- 2단계: PDB 원자 줄을 원자 유형과 전하 열이 있는 PDBQT 형식 레코드로 다시 씁니다.
- 이 빠른 변환기는 초안용으로 쓰고, 필요하면 도킹 소프트웨어에서 양성자화와 비틀림 설정을 세밀하게 조정하세요.
파일 형식 설명
SMILES는 간결한 연결 관계 문자열입니다. 리간드를 빠르게 기술하기에는 좋지만 도킹 원자 유형, 전하, 비틀림, 3D 좌표는 들어 있지 않습니다.
PDBQT는 AutoDock 방식의 도킹 형식입니다. PDB와 비슷한 좌표에 부분 전하와 AutoDock 원자 유형 필드를 더해 저장하며, 리간드 파일에는 ROOT, BRANCH, ENDBRANCH, TORSDOF 같은 비틀림 트리 레코드가 들어갈 수 있습니다.
이 변환기는 브라우저에서 PDBQT 초안을 만듭니다. 실제 AutoDock Vina 도킹에 쓰려면 수소, 양성자화, 전하 모델, 원자 유형, 회전 가능한 결합을 검토하세요.
최종 업데이트: