Visualizador de proteínas

Em resumo: carregue PDB por ID ou arquivo, examine sequências de aminoácidos, defina o estilo de cada cadeia e de regiões selecionadas da sequência. É grátis, funciona no navegador e não precisa de download.

Carregue proteínas por ID do PDB ou envie um `.pdb`, examine a sequência de aminoácidos, defina o estilo de cada cadeia e clique com o botão direito em regiões selecionadas da sequência para mudar o estilo ou ocultá-las.

Explorando a estrutura de uma proteína

O Protein Data Bank (PDB) reúne estruturas 3D determinadas experimentalmente de proteínas, ácidos nucleicos e seus complexos. Cada entrada tem um ID de quatro caracteres, por exemplo 1CRN para a crambina, uma pequena proteína vegetal muito usada em exemplos, ou 4HHB para a desoxi-hemoglobina humana.

Escolhendo um estilo de exibição

• Cartoon: mostra a estrutura secundária, com hélices como fitas ou espirais e fitas β como setas. Ideal para ver o enovelamento geral.
• Bastões: mostra as ligações individuais. Ideal para cadeias laterais, ligantes e sítios ativos.
• Esferas: átomos com preenchimento espacial que mostram forma e empacotamento.
• Linhas: estrutura de arame leve, útil para estruturas grandes.

Trabalhando com cadeias e sequências

Muitas estruturas contêm várias cadeias, por exemplo as duas cadeias α e as duas β da hemoglobina. Dê um estilo diferente a cada cadeia para ver como elas se encaixam. Selecionar um trecho da sequência de aminoácidos e mudar seu estilo é um jeito rápido de destacar uma alça de ligação ou um sítio de mutação em uma figura.

Dica: exporte PNG para slides, ou PDB/XYZ/OBJ quando precisar das coordenadas ou de uma malha em outro programa. Para transformar um ligante em SMILES, veja PDB para SMILES.