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Calculadora de massa molecular de proteínas
Em resumo: calcule a massa molecular de uma proteína ou peptídeo a partir da sequência: massa média e monoisotópica em Da/kDa, composição e coeficiente de extinção a 280 nm. É gratuita, funciona no navegador e não precisa de download.
Cole uma sequência de proteína ou peptídeo (código de uma letra ou FASTA). Você obtém a massa molecular média e monoisotópica, a composição de aminoácidos, o coeficiente de extinção molar e a A280 de uma solução de 1 mg/mL para medidas de concentração por UV.
Como usar a calculadora de massa molecular de proteínas
- Cole a sequência no código de uma letra. O formato FASTA funciona, porque a linha de cabeçalho, os espaços, os números e as quebras de linha são removidos.
- A calculadora soma a massa média (ou monoisotópica) de resíduo de cada aminoácido, mais uma água para as extremidades N e C livres.
- Leia a massa molecular em Da e kDa. Use a massa média para SDS-PAGE e tampões, e a massa monoisotópica para espectrometria de massas de alta resolução de peptídeos.
- Use o coeficiente de extinção com a lei de Beer–Lambert (c = A280 / ε·l) para obter a concentração a partir de uma leitura de UV.
Exemplos resolvidos
Cadeia A da insulina (21 aa)
GIVEQCCTSICSLYQLENYCN
2383,71 Da média · 2382,00 Da monoisotópica
ε280 = 2 Tyr × 1490 + 2 cistinas × 125 = 3230 M−1cm−1
Ubiquitina humana (76 aa)
8564,84 Da (8,56 kDa)
Uma Tyr, nenhum Trp: ε280 = 1490 M−1cm−1
Concentração a partir da A280
Uma proteína com ε = 43 824 M−1cm−1 dá A280 = 0,55 em uma cubeta de 1 cm.
c = 0,55 ÷ 43 824 = 12,6 µM
Como a massa molecular de proteínas é calculada
Quando os aminoácidos se unem, cada ligação peptídica libera uma água, então uma proteína é uma cadeia de resíduos (aminoácido menos H2O) mais uma água para o H e o OH terminais:
MM = Σ (massa dos resíduos) + 18,015 Da (média) MMmono = Σ (massa monoisotópica dos resíduos) + 18,011 Da
As massas médias dos resíduos usam as abundâncias isotópicas naturais e são as que se relacionam com SDS-PAGE, filtração em gel e pesagem. As massas monoisotópicas usam apenas o isótopo mais abundante (12C, 1H, 14N, 16O, 32S) e correspondem ao primeiro pico em um espectro de massas de alta resolução de um peptídeo. Uma estimativa rápida é 110 Da por resíduo.
Coeficiente de extinção a 280 nm
A absorbância a 280 nm vem do Trp, da Tyr e das cisteínas em pontes dissulfeto. Usando os valores de Pace et al. (1995):
ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(cistina)
Para moléculas pequenas, use a calculadora de massa molecular; para ver uma estrutura de proteína do PDB, abra o visualizador de proteínas do MolDraw.
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Abrir visualizador de proteínasPerguntas frequentes
Como calcular a massa molecular de uma proteína?
Some a massa de resíduo de cada aminoácido da sequência e adicione 18,015 Da de uma molécula de água. A massa média por resíduo é de cerca de 110 Da, então 300 resíduos dão aproximadamente 33 kDa.
Qual é a diferença entre massa média e massa monoisotópica?
A massa média usa as abundâncias isotópicas naturais e serve para medidas em grande quantidade. A massa monoisotópica usa apenas os isótopos estáveis mais leves e corresponde à espectrometria de massas de alta resolução de peptídeos.
Como converter Da em kDa?
Divida por 1000. 8564,84 Da = 8,56 kDa. Um dalton equivale a 1 g/mol.
Como o coeficiente de extinção é calculado?
ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × cistinas (M−1 cm−1). São dados dois valores, dependendo de as cisteínas formarem ou não pontes dissulfeto.
Por que minha proteína migra com outro tamanho no SDS-PAGE?
Modificações pós-traducionais, carga incomum ou desnaturação incompleta alteram a mobilidade no gel. O valor calculado é para a cadeia não modificada.
A calculadora aceita o formato FASTA?
Sim. Linhas de cabeçalho que começam com '>' são ignoradas, assim como espaços, quebras de linha, números e símbolos de parada (*).
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