온라인 PDB → PDBQT 변환기
요약: PDB 텍스트를 붙여 넣거나 .pdb 파일을 업로드하거나 PDB ID로 가져와 AutoDock 원자 유형, 전하, 토션, 형식 안내가 포함된 PDBQT 초안을 생성하세요. 무료이며 웹 브라우저에서 바로 작동하고 다운로드가 필요 없습니다.
PDB 구조를 붙여 넣거나 .pdb 파일을 업로드하거나 Protein Data Bank에서 PDB ID로 구조를 가져온 뒤, 도킹 파이프라인용 PDBQT로 변환하세요. 이 브라우저 도구는 빠른 준비를 위해 PDBQT 레이아웃에 원소 및 전하/유형 열을 추가합니다.
PDB 입력
PDB 텍스트를 붙여 넣거나, 로컬 PDB 파일을 업로드하거나, 4자리 PDB ID를 입력하세요.
PDBQT 출력
입력 및 출력 형식
| 입력: PDB | 출력: PDBQT | |
|---|---|---|
| 정식 명칭 | PDB (Protein Data Bank 형식) | PDBQT (AutoDock 형식) |
| 담고 있는 정보 | 고정 열 형식의 3D 원자 좌표. 단백질과 저분자에 사용됩니다. | PDB 좌표에 부분 전하(Q)와 AutoDock 원자 유형(T)을 더하고, 리간드의 경우 토션 데이터를 포함합니다. |
| 파일 또는 형태 | .pdb | .pdbqt |
도킹 워크플로를 위한 참고 사항
- 이 도구는 빠른 프로토타이핑을 위해 브라우저에서 바로 실용적인 PDBQT 텍스트 레이아웃을 만듭니다.
- 실제 도킹 실행에서는 도킹 프로그램에서 양성자화 상태와 토션 정의를 추가로 다듬을 수 있습니다.
- 빠른 PDBQT 초안 구조가 필요할 때 이 페이지를 간편한 변환 도구로 사용하세요.
온라인에서 PDB를 PDBQT로 변환하는 방법
- PDB 텍스트를 붙여 넣거나, 로컬 .pdb 파일을 업로드하거나, 1CRN 같은 4자리 PDB ID를 입력하세요.
- PDBQT로 변환을 클릭하세요. 변환기는 ATOM/HETATM 좌표를 유지하고 PDBQT 방식의 전하 및 AutoDock 원자 유형 필드를 기록합니다.
- 생성된 .pdbqt 파일을 복사하거나 다운로드해 도킹 준비, 간단한 확인 또는 교육용 예제로 활용하세요.
- 실제 도킹을 실행하기 전에 도킹 워크플로에서 수소, 양성자화, 전하, 원자 유형, 유연한 결합, 수용체 정리를 검토하세요.
PDB vs PDBQT
PDB는 구조생물학 전반에서 쓰이는 좌표 형식입니다. PDBQT는 도킹 계산에 필요한 원자 유형과 부분 전하 정보를 담고 있어 AutoDock 계열 도킹 도구에서 널리 사용됩니다.
| 형식 | 저장하는 정보 | 주요 용도 |
|---|---|---|
| PDB | 원자 이름, 잔기 이름, 사슬, 좌표, 점유율, B-인자, 원소 기호. | 단백질 구조, 리간드, 결정학 파일, 시각화, 구조생물학 데이터 교환. |
| PDBQ | PDB와 유사한 좌표에 부분 전하 정보를 더한 형식. | 전하는 필요하지만 AutoDock 원자 유형은 PDBQT처럼 저장하지 않던 이전 도킹 준비 워크플로. |
| PDBQT | PDB와 유사한 좌표에 부분 전하와 AutoDock 원자 유형 필드를 더한 형식. 리간드에는 토션 트리 레코드가 포함될 수 있습니다. | AutoDock, AutoDock Vina, 도킹 파이프라인, 리간드/수용체 준비, 도킹 튜토리얼. |
관련 도킹 및 구조 도구
PDBQT 형식 설명
PDBQT 파일은 PDB 파일과 비슷해 보이지만, 도킹 도구는 각 원자 줄의 끝부분에 있는 추가 필드를 읽습니다. Q는 부분 전하를, T는 AutoDock 원자 유형을 나타냅니다.
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 9.142 1.00 20.00 -0.346 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.320 9.420 1.00 20.00 0.186 C HETATM 3 O LIG L 1 10.440 11.980 8.500 1.00 20.00 -0.508 OA
원자 유형
C, N, OA, SA, HD, Cl, Zn 같은 AutoDock 원자 유형은 점수 계산 시 각 원자를 어떻게 해석할지 도킹 소프트웨어에 알려 줍니다.
전하
PDBQT는 부분 전하를 저장합니다. 이 간이 브라우저 변환기는 중성 초안 전하 필드를 기록하므로, 실제 도킹에서는 전용 준비 도구로 적절한 전하를 할당해야 합니다.
토션
유연한 리간드 PDBQT 파일에는 회전 가능한 결합과 토션 자유도를 기술하는 ROOT, BRANCH, ENDBRANCH, TORSDOF 레코드가 포함될 수 있습니다.
수용체 vs 리간드
수용체 PDBQT 준비는 주로 정리, 수소, 전하, 원자 유형에 중점을 둡니다. 리간드 PDBQT 준비에는 회전 가능한 결합과 토션 트리 처리도 필요합니다.
AutoDock Vina PDBQT 체크리스트
AutoDock, AutoDock Vina 또는 관련 도킹 워크플로용 PDBQT 파일을 준비할 때 이 체크리스트를 활용하세요.
- PDB 정리: 필요한 경우가 아니라면 불필요한 물 분자, 중복된 사슬, 대체 형태, 표적이 아닌 리간드를 제거하세요.
- 수소 추가: 도킹 점수는 수소 배치, 특히 극성 수소와 수소 결합 주개에 민감합니다.
- 양성자화 확인: 분석 pH나 생물학적 조건에서 예상되는 양성자화 상태를 선택하세요.
- 전하 할당: 최종 도킹 전에 도킹 준비 워크플로를 사용해 현실적인 부분 전하를 부여하세요.
- 원자 유형 검토: 금속, 할로젠, 황, 인, 하전된 원자는 원자 유형을 신중하게 지정해야 할 수 있습니다.
- 토션 처리: 리간드 PDBQT 파일은 회전 가능한 결합을 올바르게 정의해야 하며, 수용체 파일은 유연한 곁사슬을 따로 준비하지 않는 한 보통 강체로 취급합니다.
- 출력 검증: 오래 걸리는 배치 작업을 시작하기 전에 도킹 또는 시각화 도구에서 PDBQT를 열어 확인하세요.
PDBQT → PDB: 역변환에서는 무슨 일이 일어나나요?
PDBQT to PDB 변환기 같은 검색어는 보통 보기용 단순 좌표 파일이 필요하다는 뜻입니다. PDBQT 파일은 전하, 원자 유형, 토션 트리 메타데이터를 제거하면 대개 PDB와 유사한 ATOM/HETATM 레코드로 되돌릴 수 있습니다. 다만 PDB에는 ROOT, BRANCH, ENDBRANCH, TORSDOF 같은 AutoDock 전용 레코드를 보존할 수 없습니다.
자주 묻는 질문
PDBQT는 PDB와 같은가요?
아니요. PDB는 일반적인 좌표 형식입니다. PDBQT는 부분 전하와 AutoDock 원자 유형 필드를 추가한 도킹 형식이며, 유연한 리간드의 토션 트리 정보를 포함할 수 있습니다.
AutoDock과 Vina에는 왜 PDBQT가 필요한가요?
도킹 프로그램은 점수 계산과 상호작용 평가를 위해 원자 유형과 전하 정보가 필요합니다. PDB만으로는 대개 도킹에 필요한 정보가 충분하지 않습니다.
이 도구는 실제 Gasteiger 전하를 계산하나요?
아니요. 이 페이지는 중성 전하 필드를 가진 간이 PDBQT 초안을 브라우저에서 생성합니다. 최종 전하 할당에는 완전한 도킹 준비 워크플로를 사용하세요.
Protein Data Bank에서 바로 가져올 수 있나요?
네. 1CRN 같은 4자리 PDB ID를 입력하면 도구가 RCSB에서 PDB 파일을 가져온 뒤 PDBQT 초안을 생성합니다.
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