MolDraw › Narzędzia chemiczne › Kalkulator masy cząsteczkowej białek

Kalkulator masy cząsteczkowej białek

W skrócie: Oblicz masę cząsteczkową białka lub peptydu z sekwencji: masa średnia i monoizotopowa w Da/kDa, skład i współczynnik ekstynkcji przy 280 nm. Jest darmowy, działa w przeglądarce i nie wymaga pobierania.

Wklej sekwencję białka lub peptydu (kody jednoliterowe lub FASTA). Otrzymasz średnią i monoizotopową masę cząsteczkową, skład aminokwasowy oraz molowy współczynnik ekstynkcji i A280 roztworu 1 mg/mL do pomiarów stężenia w UV.

Szybka odpowiedź: MW białka = suma mas reszt + jedna cząsteczka wody (18,015 Da). Łańcuch A insuliny (21 reszt) ma masę średnią 2383,71 Da i monoizotopową 2382,00 Da.
Tutaj pojawią się wyniki.

Jak korzystać z kalkulatora masy cząsteczkowej białek

  1. Wklej sekwencję w kodzie jednoliterowym. Format FASTA też działa, bo wiersz nagłówka, spacje, liczby i znaki nowego wiersza są usuwane.
  2. Kalkulator dodaje średnią (lub monoizotopową) masę reszty każdego aminokwasu oraz jedną cząsteczkę wody dla wolnych końców N i C.
  3. Odczytaj masę cząsteczkową w Da i kDa. Masy średniej używaj dla SDS-PAGE i buforów, a monoizotopowej dla spektrometrii mas peptydów wysokiej rozdzielczości.
  4. Użyj współczynnika ekstynkcji z prawem Lamberta–Beera (c = A280 / ε·l), aby wyznaczyć stężenie z pomiaru UV.

Rozwiązane przykłady

Łańcuch A insuliny (21 aa)

GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

2383,71 Da średnia · 2382,00 Da monoizotopowa

ε280 = 2 Tyr × 1490 + 2 cystyny × 125 = 3230 M−1cm−1

Ubikwityna ludzka (76 aa)

8564,84 Da (8,56 kDa)

Jedna Tyr, brak Trp: ε280 = 1490 M−1cm−1

Stężenie z A280

Białko o ε = 43 824 M−1cm−1 daje odczyt A280 = 0,55 w kuwecie 1 cm.

c = 0,55 ÷ 43 824 = 12,6 µM

Jak oblicza się masę cząsteczkową białka

Gdy aminokwasy się łączą, każde wiązanie peptydowe uwalnia jedną cząsteczkę wody, więc białko jest łańcuchem reszt (aminokwas minus H2O) plus jedna cząsteczka wody na końcowe H i OH:

MW = Σ (masa reszty) + 18.015 Da (średnia) MWmono = Σ (monoizotopowa masa reszty) + 18.011 Da

Średnie masy reszt uwzględniają naturalne zawartości izotopów i odpowiadają SDS-PAGE, filtracji żelowej i ważeniu. Masy monoizotopowe uwzględniają tylko najliczniejszy izotop (12C, 1H, 14N, 16O, 32S) i odpowiadają pierwszemu pikowi w widmie masowym peptydu wysokiej rozdzielczości. Szybkie oszacowanie to 110 Da na resztę.

Współczynnik ekstynkcji przy 280 nm

Absorbancja przy 280 nm pochodzi od Trp, Tyr i cysteiny połączonej mostkami disiarczkowymi. Według wartości Pace i in. (1995):

ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(cystyna)
Obliczona masa dotyczy niezmodyfikowanego łańcucha polipeptydowego. Glikozylacja, fosforylacja, mostki disiarczkowe (każdy −2,016 Da), usunięcie peptydu sygnałowego i obróbka N-końcowej Met zmieniają rzeczywistą masę. Kody niejednoznaczne (B, Z, X) nie są akceptowane; U (selenocysteina) i O (pirolizyna) są.

Dla małych cząsteczek użyj kalkulatora masy cząsteczkowej; aby obejrzeć strukturę białka z PDB, otwórz przeglądarkę białek MolDraw.

Badasz kompleks białko–ligand? Oglądaj struktury PDB w 3D i przygotowuj ligandy do dokowania za pomocą darmowych narzędzi MolDraw.

Otwórz przeglądarkę białek

Najczęściej zadawane pytania

Jak obliczyć masę cząsteczkową białka?

Dodaj masy reszt wszystkich aminokwasów w sekwencji i dodaj 18,015 Da na jedną cząsteczkę wody. Średnia masa reszty to ok. 110 Da, więc 300 reszt to mniej więcej 33 kDa.

Czym różni się masa średnia od monoizotopowej?

Masa średnia uwzględnia naturalne zawartości izotopów i nadaje się do pomiarów makroskopowych. Masa monoizotopowa uwzględnia tylko najlżejsze trwałe izotopy i odpowiada spektrometrii mas peptydów wysokiej rozdzielczości.

Jak przeliczyć Da na kDa?

Podziel przez 1000. 8564,84 Da = 8,56 kDa. Jeden dalton odpowiada 1 g/mol.

Jak oblicza się współczynnik ekstynkcji?

ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × cystyny (M−1 cm−1). Podawane są dwie wartości, zależnie od tego, czy cysteiny tworzą mostki disiarczkowe.

Dlaczego moje białko migruje w SDS-PAGE jak inny rozmiar?

Modyfikacje potranslacyjne, nietypowy ładunek lub niepełna denaturacja zmieniają ruchliwość w żelu. Obliczona wartość dotyczy niezmodyfikowanego łańcucha.

Czy kalkulator obsługuje format FASTA?

Tak. Wiersze nagłówka zaczynające się od „>” są ignorowane, podobnie jak spacje, znaki nowego wiersza, liczby i symbole stop (*).

Powiązane narzędzia chemiczne

Wtyczka Protein ViewerPDB w 3DKalkulator masy cząsteczkowejWzór na g/mol ze składem procentowymKalkulator masy dokładnejMasa monoizotopowa do MSKalkulator stężenia molowegoMole, objętość i stężenieKalkulator rozcieńczeńRozcieńczenia C1V1 = C2V2Konwerter PDB na PDBQTPrzygotuj pliki do dokowaniaKalkulator masy molowejMasa molowa krok po krokuKalkulator przygotowania roztworówMasa potrzebna do roztworuSMILES na masę cząsteczkowąMW prosto z ciągu SMILESSekwencja peptydu i DNA na strukturęSekwencja na pełną strukturę, wzór i masę

Musisz naszkicować cząsteczki do raportu? Rysuj struktury chemiczne online w MolDraw, darmowej alternatywie dla ChemDraw online (zobacz porównanie ChemDraw i MolDraw).

Ostatnia aktualizacja: