MOL2-naar-SMILES-converter
Kort gezegd: Zet MOL2-tekst om in SMILES via een openbare resolver, zo goed als mogelijk. Gratis, werkt in je webbrowser en zonder download.
Zet MOL2-inhoud om in SMILES. Het best geschikt voor kleinere MOL2-blokken van liganden.
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: MOL2 | Uitvoer: SMILES | |
|---|---|---|
| Volledige naam | MOL2 (Tripos Mol2) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Wat het bevat | 3D-coördinaten, bindingen, atoomtypen en partiële ladingen. | Atomen, bindingen, ringen, ladingen en stereo als één regel tekst. Geen coördinaten. |
| Bestand of vorm | .mol2 | .smi of platte tekst |
Bestandsformaat uitgelegd
MOL2 is een structuurformaat van Tripos dat wordt gebruikt bij docking en modellering. Het kan atoomcoördinaten, atoomtypen, substructuurrecords, bindingen en ladingswaarden bevatten.
SMILES is een molecuulidentificatie van één regel die draait om connectiviteit. MOL2 omzetten naar SMILES is handig als je een doorzoekbare string nodig hebt voor een ligand uit een modelleringsworkflow.
MOL2-bestanden kunnen informatie over atoomtypen en ladingen bevatten die SMILES niet bewaart. Controleer na het omzetten de stereochemie en protonering.
Over MOL2-bestanden
Het MOL2-formaat van Tripos is gebruikelijk in moleculaire modellering en docking. Anders dan een MOL-bestand slaat het SYBYL-atoomtypen op (zoals C.ar voor aromatisch koolstof of N.am voor amidestikstof), partiële ladingen en substructuurinformatie, in secties die beginnen met tags als @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM en @<TRIPOS>BOND. Dockingprogramma's en ligandbibliotheken leveren moleculen vaak in MOL2.
Waarom omzetten naar SMILES?
SMILES is veel makkelijker te lezen, op te slaan en te doorzoeken. Als je een gedockt ligand of een bibliotheekitem omzet naar SMILES, kun je de identiteit controleren, het in een spreadsheet plakken of het opnieuw tekenen voor een figuur.
Zo gebruik je het
- Open het .mol2-bestand in een teksteditor en kopieer één molecuul, van
@<TRIPOS>MOLECULEtot en met de bindingssectie. - Plak en zet om.
- Controleer de SMILES door hem te tekenen met SMILES naar structuur.
Let op: bestanden die voor docking zijn voorbereid, bevatten vaak expliciete waterstofatomen en een bepaalde protoneringstoestand, dus de SMILES kan geladen groepen tonen, zoals een geprotoneerd amine.
Laatst bijgewerkt: