CID-naar-SMILES-converter
Kort gezegd: Zet stof-ID's om in canonieke SMILES-strings voor scheikundige workflows. Gratis, werkt in je webbrowser en zonder download.
Zet PubChem-CID-waarden om in canonieke SMILES.
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: PubChem-CID | Uitvoer: SMILES | |
|---|---|---|
| Volledige naam | PubChem-CID | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Wat het bevat | Het Compound ID van een record in de PubChem-databank. Het wordt opgezocht om de structuur te krijgen. | Atomen, bindingen, ringen, ladingen en stereo als één regel tekst. Geen coördinaten. |
| Bestand of vorm | Een geheel getal zoals 2244 | .smi of platte tekst |
Bestandsformaat uitgelegd
PubChem-CID is een numerieke stofidentificatie die PubChem gebruikt. Het verwijst naar een databankrecord en codeert de molecuulstructuur niet direct.
SMILES is een compacte lijnnotatie voor de bindingsvolgorde van een molecuul. CID omzetten naar SMILES is handig wanneer een databank een PubChem-ID geeft, maar je teken- of chemo-informaticatool een structuurstring verwacht.
Het opzoeken van een CID hangt af van PubChem-records. Verschillende stofrecords, zouten, isotopen of stereochemische vormen kunnen verschillende CID's en SMILES-strings hebben.
Over PubChem-CID's
Een PubChem Compound ID (CID) is het nummer dat PubChem toekent aan elke unieke chemische structuur in zijn databank. Aspirine is bijvoorbeeld CID 2244 en cafeïne CID 2519. Artikelen, leverancierscatalogi en datasets vermelden vaak CID's, maar een nummer alleen vertelt je de structuur niet. Omzetten naar SMILES geeft je een bewerkbare structuurstring.
Zo gebruik je het
- Voer één CID in (alleen cijfers, zonder het voorvoegsel "CID").
- Start de omzetting om de canonieke SMILES uit PubChem op te halen.
- Kopieer de SMILES naar MolDraw, een spreadsheet of een andere converter.
FAQ
Is een CID hetzelfde als een CAS-nummer? Nee. CAS-registratienummers worden toegekend door de Chemical Abstracts Service en hebben een vorm met streepjes, zoals 50-78-2; CID's zijn de eigen volgnummers van PubChem. Waarom geeft een zout een SMILES met een punt? Zouten en mengsels bevatten losse componenten, die SMILES met een punt schrijft, bijvoorbeeld [Na+].[Cl-].
Volgende stappen: teken het met SMILES naar structuur of maak een identificatie met SMILES naar InChIKey.
Laatst bijgewerkt: