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タンパク質分子量計算ツール

概要：配列からタンパク質やペプチドの分子量を計算します。平均質量とモノアイソトピック質量（Da/kDa）、アミノ酸組成、280 nmでのモル吸光係数を表示します。無料でWebブラウザ上で動作し、ダウンロードは不要です。

タンパク質やペプチドの配列（1文字表記またはFASTA）を貼り付けます。平均分子量とモノアイソトピック分子量、アミノ酸組成、UVによる濃度測定のためのモル吸光係数と1 mg/mL溶液のA₂₈₀が得られます。

要点：タンパク質の分子量 = 残基質量の合計 + 水1分子（18.015 Da）。インスリンA鎖（21残基）は平均質量2383.71 Da、モノアイソトピック質量2382.00 Daです。

タンパク質/ペプチドの配列（FASTAヘッダー、空白、数字は無視されます）

ここに結果が表示されます。

タンパク質分子量計算ツールの使い方

配列を1文字表記で貼り付けます。ヘッダー行、空白、数字、改行は除去されるので、FASTA形式でも問題ありません。
すべてのアミノ酸の平均（またはモノアイソトピック）残基質量を足し、遊離のN末端とC末端の分の水1分子を加えます。
分子量をDaとkDaで確認します。SDS-PAGEや緩衝液には平均質量を、ペプチドの高分解能質量分析にはモノアイソトピック質量を使います。
モル吸光係数をランベルト・ベールの法則（c = A₂₈₀ / ε·l）に使うと、UV測定値から濃度を求められます。

例題

インスリンA鎖（21 aa）

GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

平均 2383.71 Da · モノアイソトピック 2382.00 Da

ε₂₈₀ = 2 Tyr × 1490 + 2 シスチン × 125 = 3230 M⁻¹cm⁻¹

ヒトユビキチン（76 aa）

8564.84 Da (8.56 kDa)

Tyr 1つ、Trpなし：ε₂₈₀ = 1490 M⁻¹cm⁻¹

A₂₈₀から濃度を求める

ε = 43,824 M⁻¹cm⁻¹のタンパク質が、1 cmセルでA₂₈₀ = 0.55を示す。

c = 0.55 ÷ 43,824 = 12.6 µM

タンパク質の分子量の計算方法

アミノ酸がつながるとき、ペプチド結合1つごとに水が1分子放出されるため、タンパク質は残基（アミノ酸 − H₂O）の鎖に、末端のHとOHの分の水1分子を加えたものになります。

MW = Σ（残基質量）+ 18.015 Da（平均）　MW_mono = Σ（モノアイソトピック残基質量）+ 18.011 Da

平均残基質量は天然の同位体存在比を使い、SDS-PAGE、ゲルろ過、秤量に対応します。モノアイソトピック質量は最も存在比の大きい同位体（¹²C、¹H、¹⁴N、¹⁶O、³²S）だけを使い、ペプチドの高分解能質量スペクトルの最初のピークと一致します。簡単な見積もりは1残基あたり110 Daです。

280 nmでのモル吸光係数

280 nmの吸収は、Trp、Tyr、ジスルフィド結合したシステインに由来します。Paceら（1995）の値を使います：

ε₂₈₀ = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(シスチン)

計算される質量は修飾のないポリペプチド鎖のものです。糖鎖付加、リン酸化、ジスルフィド結合（1つにつき−2.016 Da）、シグナルペプチドの除去、N末端Metのプロセシングはいずれも実際の質量を変えます。曖昧なコード（B、Z、X）は受け付けませんが、U（セレノシステイン）とO（ピロリシン）は受け付けます。

低分子には分子量計算ツールを使ってください。PDBのタンパク質構造を見るにはMolDrawタンパク質ビューアを開きます。

タンパク質–リガンド複合体を研究していますか？MolDrawの無料ツールで、PDB構造を3Dで表示し、ドッキング用のリガンドを準備できます。

タンパク質ビューアを開く

よくある質問

タンパク質の分子量はどう計算しますか？

配列中のすべてのアミノ酸の残基質量を足し、水1分子分の18.015 Daを加えます。平均残基質量は約110 Daなので、300残基ならおよそ33 kDaです。

平均質量とモノアイソトピック質量の違いは何ですか？

平均質量は天然の同位体存在比を使い、バルクでの測定に適しています。モノアイソトピック質量は最も軽い安定同位体だけを使い、ペプチドの高分解能質量分析と一致します。

DaをkDaに換算するには？

1000で割ります。8564.84 Da = 8.56 kDaです。1ダルトンは1 g/molに等しくなります。

モル吸光係数はどう計算しますか？

ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × シスチン（M−1 cm−1）です。システインがジスルフィド結合を形成しているかどうかによって、2つの値を示します。

SDS-PAGEでタンパク質が異なるサイズで泳動されるのはなぜですか？

翻訳後修飾、特異な電荷、不完全な変性によってゲル中の移動度が変わります。計算値は修飾のない鎖についての値です。

FASTA形式に対応していますか？

はい。「>」で始まるヘッダー行は無視され、空白、改行、数字、終止記号（*）も無視されます。