Convertitore da SDF a InChI
In breve: converti blocchi SDF o MOL in stringhe InChI standard per indicizzazione e ricerca. È gratuito, funziona nel browser e non richiede download.
Incolla un blocco SDF o MOL e convertilo in una stringa InChI standard.
Formati di input e output
| Input: SDF | Output: InChI | |
|---|---|---|
| Nome completo | SDF (Structure Data File) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Cosa contiene | Uno o più record MOL, ciascuno con campi dati facoltativi, separati da $$$$. | Un identificatore testuale a livelli costruito dalla struttura. L'InChI standard è lo stesso in ogni programma. |
| File o forma | .sdf | Testo che inizia con InChI=1S/ |
Formati di file spiegati
Il formato SDF memorizza record di molecole con blocchi di atomi e legami in stile MOL più campi di proprietà facoltativi. È comune per librerie di composti e dataset di screening.
InChI è un identificatore IUPAC standardizzato che rappresenta una molecola in forma testuale a livelli. Convertire SDF in InChI aiuta a creare identificatori stabili per ricerca, indicizzazione e rimozione dei duplicati.
Se un SDF contiene più record, convertili e verificali con attenzione. Sali, miscele, stereochimica e idrogeni mancanti possono influire sull'InChI risultante.
Informazioni sui file SDF
Un SDF (structure-data file) è in sostanza un insieme di record MOL uniti. Ogni record è seguito da campi dati facoltativi come > <NAME> o > <CAS> e termina con una riga contenente $$$$. Librerie di composti, download da PubChem e cataloghi dei fornitori usano spesso SDF perché un solo file può contenere migliaia di molecole con le loro proprietà.
Perché generare l'InChI
L'InChI standard dà a ogni struttura un identificatore canonico, indipendente dall'ordine degli atomi e dal disegno. È utile per unire librerie, eliminare duplicati e confrontare composti con le banche dati pubbliche.
Come si usa
- Apri il file .sdf in un editor di testo semplice.
- Copia un record (dalla sua intestazione fino a
$$$$) e incollalo. - Converti e copia l'InChI, oppure accorcialo con da InChI a InChIKey.
Risoluzione dei problemi
- I record con elementi insoliti, atomi query o gruppi R potrebbero non produrre un InChI standard.
- I file grandi sono più facili da gestire pochi record alla volta.
- Mantieni la spaziatura originale: le tabelle di connessione SDF sono basate sulle colonne.
Ultimo aggiornamento: