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Convertitore chimico in batch (CSV in ingresso, CSV in uscita)
In breve: converti in una volta sola un intero elenco di SMILES, nomi, numeri CAS, CID PubChem, InChI o InChIKey. Ottieni SMILES canonico, formula, peso molecolare, massa esatta, InChI, InChIKey, nome IUPAC, LogP, TPSA, donatori e accettori di legami a idrogeno e una verifica di Lipinski, poi scarica CSV, TSV o SDF. È gratuito, funziona nel browser web e non richiede download.
Incolla un identificatore per riga o apri un file CSV, TSV o TXT. Gli SMILES vengono elaborati sul tuo dispositivo, fino a 5.000 righe per esecuzione. Nomi, numeri CAS e altri identificatori vengono prima cercati su PubChem; queste righe sono contrassegnate come online.
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, dà C9H8O4, MW 180,159 g/mol, massa esatta 180,0423, TPSA 63,6 Ų, 1 donatore, 4 accettori e un Lipinski Pass. Poi premi Scarica CSV.Output
Pronto.
Come convertire un elenco di sostanze chimiche
- Incolla il tuo elenco o premi Apri CSV / TSV / TXT. Va bene un valore per riga, e va bene anche un foglio di calcolo salvato come CSV.
- Controlla la riga sotto la casella. Indica quante righe e colonne sono state lette e quale separatore è stato trovato.
- Per una tabella, scegli la Colonna dell'identificatore e spunta La prima riga è un'intestazione se la riga 1 contiene i nomi delle colonne.
- Lascia Tipo di input su Rileva per ogni riga, oppure forza SMILES, Nome, Numero CAS, PubChem CID, InChI o InChIKey.
- Spunta gli Output che ti servono. Gli output contrassegnati come online richiedono una ricerca su internet.
- Premi Converti. La barra di avanzamento mostra le righe completate, gli errori e le ricerche online. Premi Ferma per terminare prima e conservare quanto già fatto.
- Controlla l'anteprima, poi premi Scarica CSV, Scarica TSV o Scarica SDF.
Input e output
| Input | Esempio | Come viene letto |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | Sul tuo dispositivo |
| Nome (comune o IUPAC) | caffeine | Online, PubChem |
| Numero di registro CAS | 58-08-2 | Verifica della cifra di controllo, poi PubChem |
| PubChem CID | 2519 | Online, PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | Online, PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | Online, PubChem |
Cosa significa ogni output
| Output | Significato | Fonte |
|---|---|---|
| Canonical SMILES | Un unico SMILES standard per struttura, così i duplicati coincidono | Locale |
| Formula molecolare | Ordine di Hill (C, H, poi A–Z), con la carica netta aggiunta | Locale |
| MW (g/mol) | Massa molare media dai pesi atomici standard | Locale |
| Massa esatta | Massa monoisotopica (isotopo più abbondante di ogni elemento), per la spettrometria di massa | Locale |
| InChI, InChIKey | Identificatori IUPAC standard per le ricerche nei database | Online |
| Nome IUPAC | Nome sistematico da PubChem, quando il composto è presente | Online |
| cLogP | Coefficiente di ripartizione ottanolo–acqua calcolato | Locale |
| TPSA (Ų) | Area superficiale polare topologica dai contributi di N e O | Locale |
| HBD, HBA | Donatori di legami a idrogeno (N–H, O–H) e accettori (atomi di N e O) | Locale |
| Lipinski | Pass se al massimo un limite della regola del cinque è violato | Locale |
Esempi svolti
Aspirina da SMILES
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4, massa esatta 180,0423, TPSA 63,6 Ų, HBD 1, HBA 4.
MW 180,159 g/mol, Lipinski Pass
Caffeina dal numero CAS
58-08-2 supera la verifica della cifra di controllo e viene cercato online.
C8H10N4O2, TPSA 58,4 Ų, HBD 0.
MW 194,19 g/mol, InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
Un foglio di calcolo con ID
Colonne id;smiles;IC50 separate da punto e virgola.
Il separatore e la colonna degli SMILES vengono trovati automaticamente.
Le tue colonne id e IC50 vengono mantenute accanto ai risultati
Atorvastatina
MW 558,6 g/mol e cLogP superiore a 5.
Due limiti della regola del cinque sono violati.
Lipinski Fail (MW > 500; LogP > 5)
Errori comuni
- Nomi in una colonna di SMILES. Con Tipo di input impostato su SMILES, "aspirin" non viene riconosciuto. Usa Rileva per ogni riga per elenchi misti.
- Excel ha modificato i tuoi numeri CAS. I fogli di calcolo possono trasformare 7732-18-5 in una data. Formatta la colonna come testo prima di salvare.
- Sali e miscele. Uno SMILES con un punto, come
[Na+].[Cl-], viene trattato come un'unica voce. MW e formula includono tutte le parti. - Intestazione letta come dati. Se la riga 1 contiene i nomi delle colonne, spunta La prima riga è un'intestazione, altrimenti apparirà come riga non riuscita.
- Confrontare valori di LogP ottenuti con metodi diversi. cLogP e XLogP3 sono entrambe stime. Usa un solo metodo per un'intera serie.
- Elenchi di nomi molto lunghi. Le ricerche online procedono a circa quattro al secondo. Converti i nomi in SMILES una volta, poi lavora dal file di SMILES.
Vuoi vedere una struttura? Incolla uno SMILES qualsiasi in MolDraw, un editor gratuito online di strutture chimiche, per disegnarlo, modificarlo ed esportarlo in PNG, SVG o MOL.
Apri l'editor MolDrawDomande frequenti
Come converto in una volta sola un elenco di SMILES in pesi molecolari?
Incolla gli SMILES uno per riga, oppure apri un file CSV e scegli la colonna degli SMILES. Lascia spuntato MW (g/mol) e premi Converti. Al termine, premi Scarica CSV. Gli SMILES vengono elaborati sul tuo dispositivo, quindi fino a 5.000 righe richiedono solo pochi secondi.
Quali input richiedono una ricerca su internet?
Gli SMILES vengono letti sul tuo dispositivo. Nomi, numeri CAS, CID PubChem, InChI e InChIKey vengono prima cercati nel database gratuito PubChem per ottenere la struttura. Anche gli output InChI, InChIKey e nome IUPAC vengono cercati online. Le righe online sono contrassegnate come online nell'anteprima e sono limitate a circa quattro al secondo.
Posso caricare un CSV con più colonne?
Sì. Il convertitore riconosce separatori virgola, tabulazione, punto e virgola e barra verticale, celle tra virgolette e un byte order mark. Indovina la riga di intestazione e la colonna dell'identificatore, e puoi modificarle entrambe. Spunta Mantieni le mie altre colonne per copiare i tuoi ID o valori di attività nell'output.
Cosa significa la colonna Lipinski?
La regola del cinque di Lipinski segnala uno scarso assorbimento orale quando un composto viola più di uno dei limiti: MW ≤ 500, LogP ≤ 5, al massimo 5 donatori di legami a idrogeno e al massimo 10 accettori. Pass significa nessuna o una sola violazione. La colonna delle violazioni elenca quali limiti sono stati superati.
Perché il mio LogP è diverso dallo XLogP3 di PubChem?
Ci sono diversi modi per stimare il LogP. Questo convertitore usa un cLogP calcolato dai contributi atomici, mentre PubChem riporta lo XLogP3. Di solito i due concordano entro circa un'unità. Confronta i composti con lo stesso metodo.
Cosa contiene il file SDF scaricato?
Un record per ogni riga convertita: una struttura 2D con coordinate, l'input come riga del titolo e ogni output scelto (formula, MW, LogP e così via) come campo dati SDF. La maggior parte dei programmi e database di chimica può aprirlo.
Perché una riga non è riuscita?
La colonna Status indica il motivo: per esempio uno SMILES con un anello o una parentesi non chiusi, un numero CAS con cifra di controllo errata o un nome che PubChem non conosce. Correggi l'input ed esegui di nuovo il convertitore. Le altre righe non vengono toccate.
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