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Calcolatore del peso molecolare delle proteine
In breve: Calcola il peso molecolare di proteine o peptidi dalla sequenza: massa media e monoisotopica in Da/kDa, composizione e coefficiente di estinzione a 280 nm. È gratuito, funziona nel browser e non richiede download.
Incolla una sequenza proteica o peptidica (codici a una lettera o FASTA). Ottieni il peso molecolare medio e monoisotopico, la composizione in amminoacidi, il coefficiente di estinzione molare e l'A280 di una soluzione da 1 mg/mL per misure di concentrazione UV.
Come usare il calcolatore del peso molecolare delle proteine
- Incolla la sequenza in codice a una lettera. Il formato FASTA va bene perché riga di intestazione, spazi, numeri e a capo vengono rimossi.
- Il calcolatore somma la massa media (o monoisotopica) del residuo di ogni amminoacido, più una molecola d'acqua per le estremità N- e C-terminali libere.
- Leggi il peso molecolare in Da e kDa. Usa la massa media per SDS-PAGE e tamponi, e la massa monoisotopica per la spettrometria di massa ad alta risoluzione dei peptidi.
- Usa il coefficiente di estinzione con la legge di Lambert–Beer (c = A280 / ε·l) per ricavare la concentrazione da una lettura UV.
Esempi svolti
Catena A dell'insulina (21 aa)
GIVEQCCTSICSLYQLENYCN
2383,71 Da media · 2382,00 Da monoisotopica
ε280 = 2 Tyr × 1490 + 2 cistine × 125 = 3230 M−1cm−1
Ubiquitina umana (76 aa)
8564,84 Da (8,56 kDa)
Una Tyr, nessun Trp: ε280 = 1490 M−1cm−1
Concentrazione da A280
Una proteina con ε = 43.824 M−1cm−1 dà A280 = 0,55 in una cuvetta da 1 cm.
c = 0,55 ÷ 43.824 = 12,6 µM
Come si calcola il peso molecolare di una proteina
Quando gli amminoacidi si uniscono, ogni legame peptidico libera una molecola d'acqua, quindi una proteina è una catena di residui (amminoacido meno H2O) più una molecola d'acqua per l'H e l'OH terminali:
MW = Σ (massa dei residui) + 18,015 Da (media) MWmono = Σ (massa monoisotopica dei residui) + 18,011 Da
Le masse medie dei residui usano le abbondanze isotopiche naturali e sono quelle a cui si riferiscono SDS-PAGE, gel filtrazione e pesate. Le masse monoisotopiche usano solo l'isotopo più abbondante (12C, 1H, 14N, 16O, 32S) e corrispondono al primo picco nello spettro di massa ad alta risoluzione di un peptide. Una stima rapida è 110 Da per residuo.
Coefficiente di estinzione a 280 nm
L'assorbanza a 280 nm deriva da Trp, Tyr e cisteine legate da ponti disolfuro. Con i valori di Pace et al. (1995):
ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(cistina)
Per le piccole molecole usa il calcolatore di peso molecolare; per visualizzare una struttura proteica dal PDB, apri il visualizzatore di proteine MolDraw.
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Apri il visualizzatore di proteineDomande frequenti
Come si calcola il peso molecolare di una proteina?
Somma la massa del residuo di ogni amminoacido della sequenza e aggiungi 18,015 Da per una molecola d'acqua. La massa media di un residuo è circa 110 Da, quindi 300 residui corrispondono a circa 33 kDa.
Qual è la differenza tra massa media e monoisotopica?
La massa media usa le abbondanze isotopiche naturali ed è adatta alle misure su campioni macroscopici. La massa monoisotopica usa solo gli isotopi stabili più leggeri e corrisponde alla spettrometria di massa ad alta risoluzione dei peptidi.
Come converto i Da in kDa?
Dividi per 1000. 8564,84 Da = 8,56 kDa. Un dalton equivale a 1 g/mol.
Come si calcola il coefficiente di estinzione?
ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × cistine (M−1 cm−1). Vengono forniti due valori, a seconda che le cisteine formino o meno ponti disolfuro.
Perché la mia proteina migra a una dimensione diversa in SDS-PAGE?
Modifiche post-traduzionali, cariche insolite o un'incompleta denaturazione cambiano la mobilità nel gel. Il valore calcolato si riferisce alla catena non modificata.
Il calcolatore gestisce il formato FASTA?
Sì. Le righe di intestazione che iniziano con '>' vengono ignorate, così come spazi, a capo, numeri e simboli di stop (*).
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