Konverter MOL2 ke SMILES

Singkatnya: Ubah teks MOL2 menjadi SMILES dengan alur kerja resolver publik perkiraan terbaik. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.

Ubah konten MOL2 menjadi SMILES. Paling cocok untuk blok MOL2 ligan yang kecil.

Penjelasan Format File

MOL2 adalah format struktur Tripos yang dipakai dalam docking dan pemodelan. Format ini dapat memuat koordinat atom, tipe atom, rekaman substruktur, ikatan, dan nilai muatan.

SMILES adalah pengenal molekul satu baris yang berfokus pada keterhubungan. Mengubah MOL2 menjadi SMILES berguna jika Anda memerlukan string yang dapat dicari untuk ligan dari alur kerja pemodelan.

File MOL2 dapat memuat informasi tipe atom dan muatan yang tidak dipertahankan oleh SMILES. Periksa stereokimia dan protonasi setelah konversi.

Tentang file MOL2

Format Tripos MOL2 umum dalam pemodelan molekul dan docking. Berbeda dengan file MOL, format ini menyimpan tipe atom SYBYL (seperti C.ar untuk karbon aromatik atau N.am untuk nitrogen amida), muatan parsial, dan informasi substruktur dalam bagian-bagian yang diawali tag seperti @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM, dan @<TRIPOS>BOND. Program docking dan pustaka ligan sering menyediakan molekul dalam MOL2.

Mengapa mengubah ke SMILES

SMILES jauh lebih mudah dibaca, disimpan, dan dicari. Mengubah ligan hasil docking atau entri pustaka menjadi SMILES memungkinkan Anda memeriksa identitasnya, menempelkannya ke lembar kerja, atau menggambarnya ulang untuk gambar.

Cara menggunakannya

1. Buka file .mol2 di editor teks dan salin satu molekul, dari @<TRIPOS>MOLECULE hingga bagian ikatan.
2. Tempel lalu konversi.
3. Periksa SMILES dengan menggambarnya lewat SMILES ke Struktur.

Perhatian: file yang disiapkan untuk docking sering menyertakan hidrogen eksplisit dan keadaan protonasi tertentu, sehingga SMILES dapat menampilkan gugus bermuatan seperti amina terprotonasi.