Penampil Protein

Singkatnya: Muat PDB berdasarkan ID atau file, periksa urutan asam amino, atur gaya setiap rantai, dan atur gaya bagian urutan yang dipilih. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.

Muat protein berdasarkan ID PDB atau unggah `.pdb`, periksa urutan asam amino, atur gaya setiap rantai, dan klik kanan bagian urutan yang dipilih untuk mengubah gayanya atau menyembunyikannya.

Menjelajahi struktur protein

Protein Data Bank (PDB) menyimpan struktur 3D protein, asam nukleat, dan kompleksnya yang ditentukan secara eksperimen. Setiap entri memiliki ID empat karakter, misalnya 1CRN untuk krambin, protein tumbuhan kecil yang sering dipakai sebagai contoh, atau 4HHB untuk deoksihemoglobin manusia.

Memilih gaya tampilan

• Kartun: menunjukkan struktur sekunder, dengan heliks sebagai pita atau spiral dan untai β sebagai panah. Paling baik untuk melihat lipatan keseluruhan.
• Batang: menunjukkan ikatan satu per satu. Paling baik untuk rantai samping, ligan, dan situs aktif.
• Bola: atom space-filling yang menunjukkan bentuk dan kerapatan susunan.
• Garis: kerangka kawat ringan, berguna untuk struktur besar.

Bekerja dengan rantai dan urutan

Banyak struktur mengandung beberapa rantai, misalnya dua rantai α dan dua rantai β pada hemoglobin. Beri gaya berbeda pada setiap rantai untuk melihat bagaimana rantai-rantai itu tersusun. Memilih potongan urutan asam amino dan mengubah gayanya adalah cara cepat untuk menyorot loop pengikatan atau situs mutasi pada gambar.

Tips: ekspor PNG untuk slide, atau PDB/XYZ/OBJ jika Anda memerlukan koordinat atau mesh di program lain. Untuk mengubah ligan terikat menjadi SMILES, lihat PDB ke SMILES.