批次化學轉換工具(輸入 CSV,輸出 CSV)
簡而言之:一次轉換整份 SMILES、名稱、CAS 號碼、PubChem CID、InChI 或 InChIKey 清單。取得標準 SMILES、分子式、分子量、精確質量、InChI、InChIKey、IUPAC 名稱、LogP、TPSA、氫鍵供體與受體數以及 Lipinski 檢查結果,再下載 CSV、TSV 或 SDF。完全免費,在網頁瀏覽器中執行,不需下載。
每行貼上一個識別碼,或開啟 CSV、TSV 或 TXT 檔。SMILES 在您的裝置上處理,每次最多 5,000 列。名稱、CAS 號碼與其他識別碼會先到 PubChem 查詢;這些列會標示為線上。
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O 會得到 C9H8O4、MW 180.159 g/mol、精確質量 180.0423、TPSA 63.6 Ų、1 個供體、4 個受體,Lipinski 結果為通過。然後按下載 CSV。輸出項目
就緒。
如何轉換化學品清單
- 貼上您的清單,或按開啟 CSV / TSV / TXT。每行一個值可以,存成 CSV 的試算表也可以。
- 檢查輸入框下方的說明列,會顯示讀到幾列幾欄,以及偵測到的分隔符號。
- 若是表格,請選擇識別碼欄;若第 1 列是欄位名稱,請勾選第一列是標題列。
- 將輸入類型保持為逐列偵測,或強制指定為 SMILES、名稱、CAS 號碼、PubChem CID、InChI 或 InChIKey。
- 勾選您需要的輸出項目。標示為「線上」的輸出需要上網查詢。
- 按轉換。進度列會顯示已完成列數、錯誤數與線上查詢數。按停止可提前結束,並保留已完成的部分。
- 檢查預覽後,按下載 CSV、下載 TSV 或下載 SDF。
輸入與輸出
| 輸入 | 範例 | 讀取方式 |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | 在您的裝置上 |
| 名稱(俗名或 IUPAC 名稱) | 咖啡因 | 線上,PubChem |
| CAS 登錄號 | 58-08-2 | 先檢查檢查碼,再查詢 PubChem |
| PubChem CID | 2519 | 線上,PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | 線上,PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | 線上,PubChem |
各項輸出的意義
| 輸出 | 意義 | 來源 |
|---|---|---|
| 標準 SMILES | 每個結構對應一個標準 SMILES,方便比對重複 | 本機 |
| 分子式 | 希爾排序(C、H,再依字母 A–Z),並附上淨電荷 | 本機 |
| MW (g/mol) | 依標準原子量計算的平均莫耳質量 | 本機 |
| 精確質量 | 單一同位素質量(各元素最豐富的同位素),用於質譜分析 | 本機 |
| InChI、InChIKey | 用於資料庫搜尋的標準 IUPAC 識別碼 | 線上 |
| IUPAC 名稱 | 若 PubChem 收錄該化合物,取自 PubChem 的系統名稱 | 線上 |
| cLogP | 計算的正辛醇–水分配係數 | 本機 |
| TPSA (Ų) | 由 N 與 O 貢獻計算的拓撲極性表面積 | 本機 |
| HBD、HBA | 氫鍵供體(N–H、O–H)與受體(N 與 O 原子) | 本機 |
| Lipinski | 五規則限制最多違反一項即為通過 | 本機 |
範例解析
由 SMILES 計算阿斯匹靈
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4,精確質量 180.0423,TPSA 63.6 Ų,HBD 1,HBA 4。
MW 180.159 g/mol,Lipinski 通過
由 CAS 號碼查詢咖啡因
58-08-2 通過檢查碼測試,並進行線上查詢。
C8H10N4O2,TPSA 58.4 Ų,HBD 0。
MW 194.19 g/mol,InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
含編號的試算表
以分號分隔的欄位 id;smiles;IC50。
分隔符號與 SMILES 欄會自動偵測。
您的 id 與 IC50 欄會保留在結果旁
阿托伐他汀
MW 558.6 g/mol,且 cLogP 大於 5。
違反了兩項五規則限制。
Lipinski 未通過(MW > 500;LogP > 5)
常見錯誤
- SMILES 欄中出現名稱。輸入類型設為 SMILES 時,「aspirin」會失敗。混合清單請使用「逐列偵測」。
- Excel 改了您的 CAS 號碼。試算表可能把 7732-18-5 變成日期。儲存前請將該欄格式設為文字。
- 鹽類與混合物。含點號的 SMILES(例如
[Na+].[Cl-])會視為一筆資料,MW 與分子式包含所有成分。 - 標題列被當成資料。若第 1 列是欄位名稱,請勾選「第一列是標題列」,否則它會顯示為失敗的列。
- 比較不同方法得到的 LogP。cLogP 與 XLogP3 都是估計值。整個系列請使用同一種方法。
- 名稱清單非常長。線上查詢約每秒四筆。先將名稱一次轉成 SMILES,之後再以 SMILES 檔案作業。
想看結構嗎?將任何 SMILES 貼到免費的線上化學結構編輯器 MolDraw 中,即可繪製、編輯並匯出為 PNG、SVG 或 MOL。
開啟 MolDraw 編輯器常見問題
如何一次將一串 SMILES 轉換成分子量?
每行貼上一個 SMILES,或開啟 CSV 檔並選擇 SMILES 欄。保持勾選「MW (g/mol)」並按「轉換」,完成後按「下載 CSV」。SMILES 在您的裝置上處理,最多 5,000 列也只需幾秒鐘。
哪些輸入需要上網查詢?
SMILES 在您的裝置上讀取。名稱、CAS 號碼、PubChem CID、InChI 與 InChIKey 會先到免費的 PubChem 資料庫查詢結構。InChI、InChIKey 與 IUPAC 名稱這些輸出也需要線上查詢。需要上網的列在預覽中會標示為「線上」,速度限制約每秒四筆。
可以上傳含多個欄位的 CSV 嗎?
可以。本工具可偵測逗號、Tab、分號與直線分隔符號、加引號的儲存格以及位元組順序記號(BOM)。它會推測標題列與識別碼欄,您也可以自行更改。勾選「在輸出中保留其他欄位」,即可將您的編號或活性數值複製到輸出中。
Lipinski 欄代表什麼?
當化合物違反下列條件超過一項時,Lipinski 五規則會提示其口服吸收可能不佳:MW ≤ 500、LogP ≤ 5、氫鍵供體最多 5 個、氫鍵受體最多 10 個。「通過」表示違反零或一項。違反項目欄會列出超出了哪些限制。
為什麼我的 LogP 與 PubChem 的 XLogP3 不同?
估算 LogP 有好幾種方法。本工具使用依原子貢獻計算的 cLogP,PubChem 則提供 XLogP3。兩者通常相差在約一個單位以內。比較化合物時請使用同一種方法。
SDF 下載檔包含什麼?
每個轉換成功的列一筆紀錄:含座標的 2D 結構、以輸入值作為標題行,以及您選擇的每項輸出(分子式、MW、LogP 等)作為 SDF 資料欄位。大多數化學程式與資料庫都能開啟。
為什麼某一列失敗?
「狀態」欄會說明原因:例如 SMILES 的環或括號沒有閉合、CAS 號碼的檢查碼錯誤,或是 PubChem 不認得的名稱。修正輸入後再執行一次即可,其他列不受影響。
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