محوّل MOL2 إلى SMILES
باختصار: حوّل نص MOL2 إلى SMILES عبر سير عمل يعتمد على خدمات تحليل عامة بأفضل جهد ممكن. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب دون الحاجة إلى تنزيل.
حوّل محتوى MOL2 إلى SMILES. الأنسب لكتل MOL2 الصغيرة الخاصة بالربائط.
صيغ الإدخال والإخراج
| الإدخال: MOL2 | الإخراج: SMILES | |
|---|---|---|
| الاسم الكامل | MOL2 (Tripos Mol2) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| ما الذي تحتويه | إحداثيات ثلاثية الأبعاد، وروابط، وأنواع ذرات، وشحنات جزئية. | الذرات والروابط والحلقات والشحنات والكيمياء الفراغية في سطر نصي واحد. دون إحداثيات. |
| الملف أو الشكل | .mol2 | ملف .smi أو نص عادي |
شرح صيغة الملف
MOL2 صيغة بنى من Tripos تُستخدم في الإرساء الجزيئي والنمذجة. ويمكن أن تتضمن إحداثيات الذرات وأنواعها وسجلات البنى الفرعية والروابط وقيم الشحنات.
SMILES معرّف جزيئي في سطر واحد يركّز على الترابط. ويفيد تحويل MOL2 إلى SMILES حين تحتاج إلى سلسلة قابلة للبحث لربيطة ناتجة عن سير عمل نمذجة.
قد تحتوي ملفات MOL2 على معلومات عن أنواع الذرات والشحنات لن تحفظها SMILES. تحقق من الكيمياء الفراغية وحالة البروتنة بعد التحويل.
عن ملفات MOL2
صيغة Tripos MOL2 شائعة في النمذجة الجزيئية والإرساء. وعلى خلاف ملف MOL، تخزّن أنواع ذرات SYBYL (مثل C.ar للكربون الأروماتي أو N.am لنيتروجين الأميد) والشحنات الجزئية ومعلومات البنى الفرعية في أقسام تبدأ بوسوم مثل @<TRIPOS>MOLECULE و@<TRIPOS>ATOM و@<TRIPOS>BOND. وكثيرًا ما توفّر برامج الإرساء ومكتبات الربائط الجزيئات بصيغة MOL2.
لماذا التحويل إلى SMILES
SMILES أسهل كثيرًا في القراءة والتخزين والبحث. يتيح لك تحويل ربيطة مُرساة أو مدخل في مكتبة إلى SMILES التحقق من هويتها، أو لصقها في جدول بيانات، أو إعادة رسمها لشكل توضيحي.
طريقة الاستخدام
- افتح ملف .mol2 في محرر نصوص وانسخ جزيئًا واحدًا، من
@<TRIPOS>MOLECULEحتى نهاية قسم الروابط. - الصق وحوّل.
- تحقق من SMILES برسمها باستخدام SMILES إلى بنية.
انتبه: كثيرًا ما تتضمن الملفات المُعدّة للإرساء هيدروجينات صريحة وحالة بروتنة محددة، لذا قد تُظهر SMILES مجموعات مشحونة مثل أمين مُبرتن.
آخر تحديث: