عارض البروتينات

باختصار: حمّل PDB بالمعرّف أو من ملف، واطّلع على تسلسلات الأحماض الأمينية، ونسّق السلاسل كلًّا على حدة، ونسّق مناطق التسلسل المحددة. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب دون الحاجة إلى تنزيل.

حمّل البروتينات بمعرّف PDB أو ارفع ملف `.pdb`، واطّلع على تسلسل الأحماض الأمينية، ونسّق السلاسل كلًّا على حدة، وانقر بزر الماوس الأيمن على مناطق التسلسل المحددة لإعادة تنسيقها أو إخفائها.

استكشاف بنية بروتين

يضم بنك بيانات البروتينات (PDB) البنى ثلاثية الأبعاد المحددة تجريبيًا للبروتينات والأحماض النووية ومعقّداتها. لكل مدخل معرّف من أربعة محارف، مثل 1CRN للكرامبين، وهو بروتين نباتي صغير يُستخدم كثيرًا في الأمثلة، أو 4HHB للهيموغلوبين البشري منزوع الأكسجين.

اختيار نمط العرض

• شريطي (Cartoon): يُظهر البنية الثانوية، فتظهر الحلزونات أشرطةً أو لوالب، وصفائح β أسهمًا. وهو الأفضل لرؤية الطيّ العام.
• العصي: يُظهر الروابط المفردة. وهو الأفضل للسلاسل الجانبية والليغندات والمواقع النشطة.
• كروي: ذرات تملأ الفراغ وتُظهر الشكل والتراص.
• خطي: إطار سلكي خفيف، مفيد للبنى الكبيرة.

العمل مع السلاسل والتسلسلات

تحتوي بنى كثيرة على عدة سلاسل، مثل سلسلتي α وسلسلتي β في الهيموغلوبين. نسّق كل سلسلة بشكل مختلف لترى كيف تتراص معًا. وتحديد جزء من تسلسل الأحماض الأمينية وإعادة تنسيقه طريقة سريعة لإبراز حلقة ارتباط أو موقع طفرة في شكل توضيحي.

نصيحة: صدّر PNG للشرائح، أو PDB/XYZ/OBJ عندما تحتاج إلى الإحداثيات أو إلى مجسّم في برنامج آخر. ولتحويل ليغند مرتبط إلى SMILES، راجع PDB إلى SMILES.