蛋白质分子量计算器
简而言之：由序列计算蛋白质或多肽的分子量：以 Da/kDa 表示的平均质量和单同位素质量、氨基酸组成以及 280 nm 处的消光系数。免费使用，在网页浏览器中运行，无需下载。
粘贴蛋白质或多肽序列（单字母代码或 FASTA）。即可得到平均和单同位素分子量、氨基酸组成，以及用于紫外浓度测定的摩尔消光系数和 1 mg/mL 溶液的 A280。
如何使用蛋白质分子量计算器
- 以单字母代码粘贴序列。可以直接使用 FASTA 格式，标题行、空格、数字和换行都会被去除。
- 计算器累加每个氨基酸的平均（或单同位素）残基质量，再加上一分子水，对应游离的 N 端和 C 端。
- 读取以 Da 和 kDa 表示的分子量。SDS-PAGE 和缓冲液计算使用平均质量，多肽的高分辨质谱使用单同位素质量。
- 结合朗伯-比尔定律（c = A280 / ε·l）使用消光系数，由紫外读数求浓度。
例题
胰岛素 A 链（21 aa）
GIVEQCCTSICSLYQLENYCN
平均 2383.71 Da · 单同位素 2382.00 Da
ε280 = 2 Tyr × 1490 + 2 胱氨酸 × 125 = 3230 M−1cm−1
人泛素（76 aa）
8564.84 Da (8.56 kDa)
一个 Tyr，无 Trp：ε280 = 1490 M−1cm−1
由 A280 求浓度
某蛋白质 ε = 43,824 M−1cm−1，在 1 cm 比色皿中测得 A280 = 0.55。
c = 0.55 ÷ 43,824 = 12.6 µM
蛋白质分子量如何计算
氨基酸连接时，每形成一个肽键就脱去一分子水，因此蛋白质是由残基（氨基酸减去 H2O）组成的链，再加上末端 H 和 OH 对应的一分子水：
MW = Σ (残基质量) + 18.015 Da（平均） MWmono = Σ (单同位素残基质量) + 18.011 Da
平均残基质量使用天然同位素丰度，对应 SDS-PAGE、凝胶过滤和称量所得的结果。单同位素质量只使用丰度最高的同位素（12C、1H、14N、16O、32S），与多肽高分辨质谱中的第一个峰对应。粗略估算可按每个残基 110 Da 计。
280 nm 处的消光系数
280 nm 处的吸收来自 Trp、Tyr 和形成二硫键的半胱氨酸。采用 Pace 等人 (1995) 的数值：
ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(胱氨酸)
小分子请使用分子量计算器；要查看 PDB 中的蛋白质结构，请打开 MolDraw 蛋白质查看器。
正在研究蛋白质–配体复合物？使用 MolDraw 的免费工具以 3D 查看 PDB 结构，并为分子对接准备配体。
打开蛋白质查看器常见问题
如何计算蛋白质的分子量？
把序列中每个氨基酸的残基质量相加，再加上一分子水的 18.015 Da。平均残基质量约为 110 Da，因此 300 个残基约为 33 kDa。
平均质量和单同位素质量有什么区别？
平均质量使用天然同位素丰度，适用于宏观测量。单同位素质量只使用最轻的稳定同位素，与多肽的高分辨质谱结果相对应。
如何将 Da 换算成 kDa？
除以 1000。8564.84 Da = 8.56 kDa。1 道尔顿等于 1 g/mol。
消光系数如何计算？
ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × 胱氨酸 (M−1 cm−1)。根据半胱氨酸是否形成二硫键，给出两个数值。
为什么我的蛋白质在 SDS-PAGE 上的表观大小不同？
翻译后修饰、异常电荷或未完全变性都会改变凝胶迁移率。计算值对应未修饰的肽链。
计算器支持 FASTA 格式吗？
支持。以“>”开头的标题行会被忽略，空格、换行、数字和终止符号 (*) 也会被忽略。
相关化学工具
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