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蛋白質分子量計算器

重點摘要：由序列計算蛋白質或胜肽的分子量：以 Da/kDa 表示的平均與單一同位素質量、組成，以及 280 nm 的消光係數。免費、在網頁瀏覽器中執行，無需下載。

貼上蛋白質或胜肽序列（單字母代碼或 FASTA）。您會得到平均與單一同位素分子量、胺基酸組成，以及莫耳消光係數與 1 mg/mL 溶液的 A₂₈₀，用於 UV 濃度量測。

快速解答：蛋白質分子量 = 殘基質量總和 + 一分子水（18.015 Da）。胰島素 A 鏈（21 個殘基）平均質量為 2383.71 Da，單一同位素質量為 2382.00 Da。

蛋白質／胜肽序列（FASTA 標題、空格與數字會被忽略）

結果會顯示在這裡。

如何使用蛋白質分子量計算器

以單字母代碼貼上序列。FASTA 格式也可以，標題行、空格、數字與換行都會被移除。
計算器會將每個胺基酸的平均（或單一同位素）殘基質量相加，再加上一分子水，對應游離的 N 端與 C 端。
查看以 Da 與 kDa 表示的分子量。SDS-PAGE 與緩衝溶液請使用平均質量，胜肽的高解析質譜請使用單一同位素質量。
搭配比爾-朗伯定律（c = A₂₈₀ / ε·l）使用消光係數，即可由 UV 讀數求濃度。

範例解析

胰島素 A 鏈（21 aa）

GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

平均 2383.71 Da · 單一同位素 2382.00 Da

ε₂₈₀ = 2 Tyr × 1490 + 2 胱胺酸 × 125 = 3230 M⁻¹cm⁻¹

人類泛素（76 aa）

8564.84 Da (8.56 kDa)

一個 Tyr、沒有 Trp：ε₂₈₀ = 1490 M⁻¹cm⁻¹

由 A₂₈₀ 求濃度

某蛋白質 ε = 43,824 M⁻¹cm⁻¹，在 1 cm 比色管中測得 A₂₈₀ = 0.55。

c = 0.55 ÷ 43,824 = 12.6 µM

蛋白質分子量如何計算

胺基酸連接時，每形成一個胜肽鍵會釋放一分子水，所以蛋白質是由殘基（胺基酸減去 H₂O）組成的鏈，再加上末端 H 與 OH 的一分子水：

MW = Σ（殘基質量）+ 18.015 Da（平均） MW_mono = Σ（單一同位素殘基質量）+ 18.011 Da

平均殘基質量使用天然同位素豐度，與 SDS-PAGE、凝膠過濾和秤重相對應。單一同位素質量只使用豐度最高的同位素（¹²C、¹H、¹⁴N、¹⁶O、³²S），與胜肽高解析質譜的第一個峰相符。快速估計可用每個殘基 110 Da。

280 nm 的消光係數

280 nm 的吸光來自 Trp、Tyr 與形成雙硫鍵的半胱胺酸。採用 Pace 等人（1995）的數值：

ε₂₈₀ = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(胱胺酸)

計算的質量為未修飾多胜肽鏈的質量。醣基化、磷酸化、雙硫鍵（每個 −2.016 Da）、訊號胜肽移除與 N 端 Met 加工都會改變實際質量。不接受模糊代碼（B、Z、X）；接受 U（硒半胱胺酸）與 O（吡咯離胺酸）。

小分子請使用分子量計算器；若要查看 PDB 中的蛋白質結構，請開啟 MolDraw 蛋白質檢視器。

正在研究蛋白質–配體複合物嗎？使用 MolDraw 的免費工具以 3D 檢視 PDB 結構，並準備分子對接用的配體。

開啟蛋白質檢視器

常見問題

如何計算蛋白質的分子量？

將序列中每個胺基酸的殘基質量相加，再加上一分子水的 18.015 Da。平均殘基質量約 110 Da，所以 300 個殘基約為 33 kDa。

平均質量與單一同位素質量有什麼不同？

平均質量使用天然同位素豐度，適用於整體量測。單一同位素質量只使用最輕的穩定同位素，與胜肽的高解析質譜結果相符。

如何將 Da 換算成 kDa？

除以 1000。8564.84 Da = 8.56 kDa。1 道耳頓等於 1 g/mol。

消光係數如何計算？

ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × 胱胺酸（M−1 cm−1）。依半胱胺酸是否形成雙硫鍵，提供兩個數值。

為什麼我的蛋白質在 SDS-PAGE 上的大小不同？

轉譯後修飾、特殊電荷或未完全變性都會改變電泳遷移率。計算值是未修飾胜肽鏈的數值。

計算器支援 FASTA 格式嗎？

支援。以「>」開頭的標題行會被忽略，空格、換行、數字與終止符號（*）也會被忽略。