MolDraw › Công cụ hóa học › Máy tính khối lượng phân tử protein

Tính khối lượng phân tử protein

Tóm tắt: Tính khối lượng phân tử protein hoặc peptide từ trình tự: khối lượng trung bình và đơn đồng vị theo Da/kDa, thành phần và hệ số tắt quang ở 280 nm. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải xuống.

Dán trình tự protein hoặc peptide (mã một chữ cái hoặc FASTA). Bạn nhận được khối lượng phân tử trung bình và đơn đồng vị, thành phần amino acid, hệ số tắt quang mol và A280 của dung dịch 1 mg/mL để đo nồng độ bằng UV.

Trả lời nhanh: MW protein = tổng khối lượng các gốc + một phân tử nước (18,015 Da). Chuỗi A của insulin (21 gốc) có khối lượng trung bình 2383,71 Da, đơn đồng vị 2382,00 Da.
Kết quả hiển thị ở đây.

Cách dùng máy tính khối lượng phân tử protein

  1. Dán trình tự theo mã một chữ cái. Định dạng FASTA cũng được, vì dòng tiêu đề, khoảng trắng, chữ số và xuống dòng sẽ bị loại bỏ.
  2. Máy tính cộng khối lượng gốc trung bình (hoặc đơn đồng vị) của mọi amino acid, cùng một phân tử nước cho đầu N và đầu C tự do.
  3. Đọc khối lượng phân tử theo Da và kDa. Dùng khối lượng trung bình cho SDS-PAGE và dung dịch đệm, khối lượng đơn đồng vị cho phổ khối phân giải cao của peptide.
  4. Dùng hệ số tắt quang với định luật Beer–Lambert (c = A280 / ε·l) để tìm nồng độ từ số đo UV.

Ví dụ có lời giải

Chuỗi A insulin (21 aa)

GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

2383.71 Da trung bình · 2382.00 Da đơn đồng vị

ε280 = 2 Tyr × 1490 + 2 cystine × 125 = 3230 M−1cm−1

Ubiquitin người (76 aa)

8564.84 Da (8.56 kDa)

Một Tyr, không có Trp: ε280 = 1490 M−1cm−1

Nồng độ từ A280

Một protein có ε = 43 824 M−1cm−1 cho A280 = 0,55 trong cuvet 1 cm.

c = 0.55 ÷ 43 824 = 12.6 µM

Cách tính khối lượng phân tử protein

Khi các amino acid liên kết, mỗi liên kết peptide giải phóng một phân tử nước, nên protein là một chuỗi các gốc (amino acid trừ H2O) cộng một phân tử nước cho H và OH ở hai đầu:

MW = Σ (khối lượng gốc) + 18.015 Da (trung bình) MWmono = Σ (khối lượng gốc đơn đồng vị) + 18.011 Da

Khối lượng gốc trung bình dùng độ phong phú đồng vị tự nhiên và tương ứng với SDS-PAGE, lọc gel và phép cân. Khối lượng đơn đồng vị chỉ dùng đồng vị phổ biến nhất (12C, 1H, 14N, 16O, 32S) và khớp với pic đầu tiên trong phổ khối phân giải cao của peptide. Ước tính nhanh là 110 Da mỗi gốc.

Hệ số tắt quang ở 280 nm

Độ hấp thụ ở 280 nm đến từ Trp, Tyr và cysteine tạo cầu disulfide. Dùng giá trị của Pace và cộng sự (1995):

ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(cystine)
Khối lượng tính được là của chuỗi polypeptide chưa biến đổi. Glycosyl hóa, phosphoryl hóa, cầu disulfide (mỗi cầu −2,016 Da), cắt peptide tín hiệu và xử lý Met đầu N đều làm thay đổi khối lượng thực. Không chấp nhận mã mơ hồ (B, Z, X); chấp nhận U (selenocysteine) và O (pyrrolysine).

Với phân tử nhỏ, dùng máy tính khối lượng phân tử; để xem cấu trúc protein từ PDB, mở trình xem protein MolDraw.

Đang nghiên cứu phức protein–phối tử? Xem cấu trúc PDB dạng 3D và chuẩn bị phối tử cho docking bằng các công cụ miễn phí của MolDraw.

Mở trình xem protein

Câu hỏi thường gặp

Tính khối lượng phân tử của protein thế nào?

Cộng khối lượng gốc của mọi amino acid trong trình tự và thêm 18,015 Da cho một phân tử nước. Khối lượng gốc trung bình khoảng 110 Da, nên 300 gốc tương ứng khoảng 33 kDa.

Khối lượng trung bình và khối lượng đơn đồng vị khác nhau thế nào?

Khối lượng trung bình dùng độ phong phú đồng vị tự nhiên và phù hợp với phép đo khối. Khối lượng đơn đồng vị chỉ dùng các đồng vị bền nhẹ nhất và khớp với phổ khối phân giải cao của peptide.

Đổi Da sang kDa thế nào?

Chia cho 1000. 8564,84 Da = 8,56 kDa. Một dalton bằng 1 g/mol.

Hệ số tắt quang được tính thế nào?

ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × cystine (M−1 cm−1). Có hai giá trị, tùy theo các cysteine có tạo cầu disulfide hay không.

Vì sao protein của tôi chạy ở kích thước khác trên SDS-PAGE?

Biến đổi sau dịch mã, điện tích bất thường hoặc biến tính không hoàn toàn làm thay đổi độ di chuyển trên gel. Giá trị tính toán là cho chuỗi chưa biến đổi.

Máy tính có hỗ trợ định dạng FASTA không?

Có. Các dòng tiêu đề bắt đầu bằng '>' bị bỏ qua, cũng như khoảng trắng, xuống dòng, chữ số và ký hiệu kết thúc (*).

Công cụ hóa học liên quan

Plugin trình xem proteinPDB dạng 3DMáy tính khối lượng phân tửTừ công thức ra g/mol kèm % thành phầnMáy tính khối lượng chính xácKhối lượng đơn đồng vị cho MSMáy tính nồng độ molSố mol, thể tích và nồng độMáy tính pha loãngPha loãng C1V1 = C2V2Chuyển PDB sang PDBQTChuẩn bị tệp cho dockingMáy tính khối lượng molLời giải khối lượng mol từng bướcMáy tính pha chế dung dịchKhối lượng cần cho một dung dịchSMILES sang khối lượng phân tửMW trực tiếp từ chuỗi SMILESChuỗi peptide và DNA sang cấu trúcTừ trình tự ra cấu trúc đầy đủ, công thức và khối lượng

Cần phác thảo phân tử cho báo cáo? Vẽ công thức hóa học online với MolDraw, một lựa chọn thay thế ChemDraw online miễn phí (xem so sánh ChemDraw và MolDraw).

Cập nhật lần cuối: