โปรแกรมดูโปรตีน

สรุปสั้น ๆ: โหลด PDB ด้วย ID หรือไฟล์ ตรวจดูลำดับกรดอะมิโน กำหนดสไตล์ของแต่ละสายโซ่ และกำหนดสไตล์ช่วงลำดับที่เลือก ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลด

โหลดโปรตีนด้วย PDB ID หรืออัปโหลดไฟล์ `.pdb` ตรวจดูลำดับกรดอะมิโน กำหนดสไตล์ของแต่ละสายโซ่ และคลิกขวาที่ช่วงลำดับที่เลือกเพื่อเปลี่ยนสไตล์หรือซ่อน

การสำรวจโครงสร้างโปรตีน

Protein Data Bank (PDB) เก็บโครงสร้าง 3D ที่ได้จากการทดลองของโปรตีน กรดนิวคลีอิก และสารเชิงซ้อนของสารเหล่านี้ แต่ละรายการมี ID สี่ตัวอักษร เช่น 1CRN สำหรับแครมบิน โปรตีนพืชขนาดเล็กที่มักใช้เป็นตัวอย่าง หรือ 4HHB สำหรับดีออกซีฮีโมโกลบินของมนุษย์

การเลือกสไตล์การแสดงผล

• การ์ตูน: แสดงโครงสร้างทุติยภูมิ โดยเกลียวแสดงเป็นริบบอนหรือขดลวด และสาย β แสดงเป็นลูกศร เหมาะที่สุดสำหรับดูการพับโดยรวม
• แท่ง: แสดงพันธะแต่ละพันธะ เหมาะที่สุดสำหรับสายข้าง ลิแกนด์ และบริเวณเร่ง (active site)
• ทรงกลม: อะตอมแบบเติมเต็มช่องว่างที่แสดงรูปร่างและการอัดตัว
• เส้น: โครงลวดน้ำหนักเบา มีประโยชน์สำหรับโครงสร้างขนาดใหญ่

การทำงานกับสายโซ่และลำดับ

โครงสร้างจำนวนมากมีหลายสายโซ่ เช่น สายโซ่ α สองสายและ β สองสายของฮีโมโกลบิน กำหนดสไตล์แต่ละสายโซ่ต่างกันเพื่อดูว่าอัดตัวกันอย่างไร การเลือกช่วงของลำดับกรดอะมิโนแล้วเปลี่ยนสไตล์เป็นวิธีที่รวดเร็วในการเน้นลูปที่จับกับลิแกนด์หรือตำแหน่งการกลายพันธุ์สำหรับภาพประกอบ

เคล็ดลับ: ส่งออก PNG สำหรับสไลด์ หรือ PDB/XYZ/OBJ เมื่อต้องการพิกัดหรือเมชในโปรแกรมอื่น หากต้องการแปลงลิแกนด์ที่จับอยู่เป็น SMILES ดู PDB เป็น SMILES