MolDraw › เครื่องมือเคมี › เครื่องคำนวณมวลโมเลกุลโปรตีน

เครื่องคำนวณมวลโมเลกุลโปรตีน

สรุปสั้น ๆ: คำนวณมวลโมเลกุลของโปรตีนหรือเพปไทด์จากลำดับ: มวลเฉลี่ยและมวลโมโนไอโซโทปิกในหน่วย Da/kDa องค์ประกอบ และสัมประสิทธิ์การดูดกลืนแสงที่ 280 nm ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลด

วางลำดับโปรตีนหรือเพปไทด์ (รหัสอักษรเดียวหรือ FASTA) คุณจะได้มวลโมเลกุลเฉลี่ยและโมโนไอโซโทปิก องค์ประกอบกรดอะมิโน สัมประสิทธิ์การดูดกลืนแสงโมลาร์ และ A280 ของสารละลาย 1 mg/mL สำหรับการวัดความเข้มข้นด้วย UV

คำตอบโดยย่อ: MW ของโปรตีน = ผลรวมมวลเรซิดิว + น้ำหนึ่งโมเลกุล (18.015 Da) สาย A ของอินซูลิน (21 เรซิดิว) มีมวลเฉลี่ย 2383.71 Da และมวลโมโนไอโซโทปิก 2382.00 Da
ผลลัพธ์จะแสดงที่นี่

วิธีใช้เครื่องคำนวณมวลโมเลกุลโปรตีน

  1. วางลำดับในรหัสอักษรเดียว รูปแบบ FASTA ใช้ได้ เพราะบรรทัดหัวเรื่อง ช่องว่าง ตัวเลข และการขึ้นบรรทัดใหม่จะถูกลบออก
  2. เครื่องคำนวณรวมมวลเรซิดิวเฉลี่ย (หรือโมโนไอโซโทปิก) ของกรดอะมิโนทุกตัว บวกน้ำหนึ่งโมเลกุลสำหรับปลาย N และปลาย C ที่เป็นอิสระ
  3. อ่านมวลโมเลกุลในหน่วย Da และ kDa ใช้มวลเฉลี่ยสำหรับ SDS-PAGE และบัฟเฟอร์ และใช้มวลโมโนไอโซโทปิกสำหรับแมสสเปกโทรเมตรีความละเอียดสูงของเพปไทด์
  4. ใช้สัมประสิทธิ์การดูดกลืนแสงกับกฎของเบียร์–แลมเบิร์ต (c = A280 / ε·l) เพื่อหาความเข้มข้นจากค่าที่อ่านได้ด้วย UV

ตัวอย่างโจทย์

สาย A ของอินซูลิน (21 aa)

GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

มวลเฉลี่ย 2383.71 Da · มวลโมโนไอโซโทปิก 2382.00 Da

ε280 = 2 Tyr × 1490 + 2 ซิสทีน × 125 = 3230 M−1cm−1

ยูบิควิตินของมนุษย์ (76 aa)

8564.84 Da (8.56 kDa)

Tyr หนึ่งตัว ไม่มี Trp: ε280 = 1490 M−1cm−1

ความเข้มข้นจาก A280

โปรตีนที่มี ε = 43,824 M−1cm−1 อ่านค่า A280 = 0.55 ในคิวเวตต์ 1 cm

c = 0.55 ÷ 43,824 = 12.6 µM

วิธีคำนวณมวลโมเลกุลของโปรตีน

เมื่อกรดอะมิโนเชื่อมกัน พันธะเพปไทด์แต่ละพันธะปล่อยน้ำหนึ่งโมเลกุล โปรตีนจึงเป็นสายของเรซิดิว (กรดอะมิโนลบ H2O) บวกน้ำหนึ่งโมเลกุลสำหรับ H และ OH ที่ปลาย:

MW = Σ (มวลเรซิดิว) + 18.015 Da (เฉลี่ย) MWmono = Σ (มวลเรซิดิวโมโนไอโซโทปิก) + 18.011 Da

มวลเรซิดิวเฉลี่ยใช้ความอุดมของไอโซโทปตามธรรมชาติ และสอดคล้องกับ SDS-PAGE เจลฟิลเตรชัน และการชั่ง มวลโมโนไอโซโทปิกใช้เฉพาะไอโซโทปที่มีมากที่สุด (12C, 1H, 14N, 16O, 32S) และตรงกับพีกแรกในแมสสเปกตรัมความละเอียดสูงของเพปไทด์ ค่าประมาณอย่างเร็วคือ 110 Da ต่อเรซิดิว

สัมประสิทธิ์การดูดกลืนแสงที่ 280 nm

การดูดกลืนแสงที่ 280 nm มาจาก Trp, Tyr และซิสเทอีนที่เกิดพันธะไดซัลไฟด์ โดยใช้ค่าของ Pace et al. (1995):

ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(ซิสทีน)
มวลที่คำนวณได้เป็นของสายพอลิเพปไทด์ที่ไม่ถูกดัดแปลง ไกลโคซิเลชัน ฟอสโฟริเลชัน พันธะไดซัลไฟด์ (−2.016 Da ต่อพันธะ) การตัดเพปไทด์สัญญาณ และการตัด Met ที่ปลาย N ล้วนเปลี่ยนมวลจริง รหัสกำกวม (B, Z, X) ไม่รองรับ ส่วน U (ซีลีโนซิสเทอีน) และ O (ไพร์โรไลซีน) รองรับ

สำหรับโมเลกุลขนาดเล็ก ให้ใช้เครื่องคำนวณมวลโมเลกุล หากต้องการดูโครงสร้างโปรตีนจาก PDB ให้เปิดโปรแกรมดูโปรตีนของ MolDraw

กำลังศึกษาสารเชิงซ้อนโปรตีน–ลิแกนด์อยู่หรือเปล่า? ดูโครงสร้าง PDB แบบ 3 มิติและเตรียมลิแกนด์สำหรับด็อกกิงด้วยเครื่องมือฟรีของ MolDraw

เปิดโปรแกรมดูโปรตีน

คำถามที่พบบ่อย

จะคำนวณมวลโมเลกุลของโปรตีนได้อย่างไร?

รวมมวลเรซิดิวของกรดอะมิโนทุกตัวในลำดับ แล้วบวก 18.015 Da สำหรับน้ำหนึ่งโมเลกุล มวลเรซิดิวเฉลี่ยประมาณ 110 Da ดังนั้น 300 เรซิดิวจึงประมาณ 33 kDa

มวลเฉลี่ยกับมวลโมโนไอโซโทปิกต่างกันอย่างไร?

มวลเฉลี่ยใช้ความอุดมของไอโซโทปตามธรรมชาติ เหมาะกับการวัดแบบปริมาณมาก มวลโมโนไอโซโทปิกใช้เฉพาะไอโซโทปเสถียรที่เบาที่สุด และตรงกับแมสสเปกโทรเมตรีความละเอียดสูงของเพปไทด์

จะแปลง Da เป็น kDa ได้อย่างไร?

หารด้วย 1000 8564.84 Da = 8.56 kDa หนึ่งดาลตันเท่ากับ 1 g/mol

สัมประสิทธิ์การดูดกลืนแสงคำนวณอย่างไร?

ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × ซิสทีน (M−1 cm−1) มีสองค่าให้ ขึ้นกับว่าซิสเทอีนเกิดพันธะไดซัลไฟด์หรือไม่

ทำไมโปรตีนของฉันจึงเคลื่อนที่ในขนาดต่างไปบน SDS-PAGE?

การดัดแปลงหลังการแปลรหัส ประจุที่ผิดปกติ หรือการคลายตัวไม่สมบูรณ์เปลี่ยนการเคลื่อนที่ในเจล ค่าที่คำนวณได้เป็นของสายที่ไม่ถูกดัดแปลง

เครื่องคำนวณรองรับรูปแบบ FASTA หรือไม่?

รองรับ บรรทัดหัวเรื่องที่ขึ้นต้นด้วย '>' จะถูกละเว้น รวมถึงช่องว่าง การขึ้นบรรทัดใหม่ ตัวเลข และสัญลักษณ์หยุด (*)

เครื่องมือเคมีที่เกี่ยวข้อง

ปลั๊กอิน Protein ViewerPDB แบบ 3 มิติเครื่องคำนวณมวลโมเลกุลสูตรเป็น g/mol พร้อมร้อยละองค์ประกอบเครื่องคำนวณมวลแม่นตรงมวลโมโนไอโซโทปิกสำหรับ MSเครื่องคำนวณความเข้มข้นโมลาร์ (โมลาริตี)โมล ปริมาตร และความเข้มข้นเครื่องคำนวณการเจือจางการเจือจาง C1V1 = C2V2เครื่องมือแปลง PDB เป็น PDBQTเตรียมไฟล์สำหรับด็อกกิงเครื่องคำนวณมวลโมลาร์วิธีคำนวณมวลโมลาร์ทีละขั้นตอนเครื่องคำนวณการเตรียมสารละลายมวลที่ต้องใช้สำหรับสารละลายSMILES เป็นมวลโมเลกุลMW จากสตริง SMILES โดยตรงลำดับเพปไทด์และ DNA เป็นโครงสร้างลำดับเป็นโครงสร้างเต็ม สูตร และมวล

ต้องการร่างโมเลกุลสำหรับรายงาน? วาดโครงสร้างเคมีออนไลน์ด้วย MolDraw ทางเลือกแทน ChemDraw แบบออนไลน์ที่ใช้ฟรี (ดูการเปรียบเทียบ ChemDraw กับ MolDraw)

อัปเดตล่าสุด: