Конвертер CID в SMILES
Коротко: получайте канонические строки SMILES по идентификаторам соединений. Бесплатно, работает в браузере и не требует загрузки.
Преобразуйте значения PubChem CID в канонические идентификаторы SMILES.
Входной и выходной форматы
| Вход: PubChem CID | Выход: SMILES | |
|---|---|---|
| Полное название | PubChem CID | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Что содержит | Идентификатор соединения (Compound ID) записи в базе данных PubChem. По нему находят структуру. | Атомы, связи, циклы, заряды и стереохимию в одной строке текста. Без координат. |
| Файл или форма | Целое число, например 2244 | .smi или обычный текст |
Описание форматов файлов
PubChem CID — числовой идентификатор соединения в PubChem. Он указывает на запись в базе данных, а не кодирует структуру молекулы напрямую.
SMILES — компактная линейная нотация связности молекулы. Преобразование CID в SMILES полезно, когда база данных даёт PubChem ID, а программе рисования или хемоинформатики нужна строка структуры.
Поиск по CID зависит от записей PubChem. Разные записи соединений, соли, изотопы или стереохимические формы могут иметь разные CID и строки SMILES.
О PubChem CID
PubChem Compound ID (CID) — числовой идентификатор, который PubChem присваивает каждой уникальной химической структуре в своей базе. Например, аспирин — CID 2244, кофеин — CID 2519. Статьи, каталоги поставщиков и наборы данных часто ссылаются на CID, но само число не говорит о структуре. Преобразование в SMILES даёт редактируемую строку структуры.
Как пользоваться
- Введите один CID (только цифры, без префикса «CID»).
- Запустите преобразование, чтобы получить канонический SMILES из PubChem.
- Скопируйте SMILES в MolDraw, таблицу или другой конвертер.
Вопросы и ответы
CID — то же самое, что номер CAS? Нет. Регистрационные номера CAS присваивает Chemical Abstracts Service, и они имеют формат с дефисами, например 50-78-2; CID — собственные порядковые номера PubChem. Почему соль даёт SMILES с точкой? Соли и смеси состоят из отдельных компонентов, которые SMILES записывает через точку, например [Na+].[Cl-].
Дальнейшие шаги: нарисуйте структуру с помощью SMILES в структуру или получите идентификатор с помощью SMILES в InChIKey.
Последнее обновление: