MolDraw › Химические инструменты › Калькулятор молекулярной массы белка

Калькулятор молекулярной массы белка

Коротко: рассчитайте молекулярную массу белка или пептида по последовательности: средняя и моноизотопная масса в Da/kDa, аминокислотный состав и коэффициент экстинкции при 280 nm. Бесплатно, работает в браузере и не требует загрузки.

Вставьте последовательность белка или пептида (однобуквенные коды или FASTA). Вы получите среднюю и моноизотопную молекулярную массу, аминокислотный состав, молярный коэффициент экстинкции и A₂₈₀ раствора 1 mg/mL для измерения концентрации по УФ.

Быстрый ответ: MW белка = сумма масс остатков + одна молекула воды (18,015 Da). A-цепь инсулина (21 остаток) — 2383,71 Da средняя, 2382,00 Da моноизотопная.

Последовательность белка / пептида (заголовки FASTA, пробелы и числа игнорируются)

Здесь появятся результаты.

Как пользоваться калькулятором молекулярной массы белка

Вставьте последовательность в однобуквенном коде. Формат FASTA тоже подходит: строка заголовка, пробелы, числа и переносы строк удаляются.
Калькулятор складывает среднюю (или моноизотопную) массу остатка каждой аминокислоты и добавляет одну молекулу воды для свободных N- и C-концов.
Посмотрите молекулярную массу в Da и kDa. Используйте среднюю массу для SDS-ПААГ и буферов, а моноизотопную — для масс-спектрометрии пептидов высокого разрешения.
Используйте коэффициент экстинкции с законом Бугера — Ламберта — Бера (c = A₂₈₀ / ε·l), чтобы найти концентрацию по УФ-измерению.

Разобранные примеры

A-цепь инсулина (21 а.о.)

GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

2383,71 Da средняя · 2382,00 Da моноизотопная

ε₂₈₀ = 2 Tyr × 1490 + 2 цистина × 125 = 3230 M⁻¹cm⁻¹

Убиквитин человека (76 а.о.)

8564,84 Da (8,56 kDa)

Один Tyr, нет Trp: ε₂₈₀ = 1490 M⁻¹cm⁻¹

Концентрация по A₂₈₀

Белок с ε = 43 824 M⁻¹cm⁻¹ даёт A₂₈₀ = 0,55 в кювете 1 cm.

c = 0,55 ÷ 43 824 = 12,6 µM

Как рассчитывается молекулярная масса белка

При соединении аминокислот каждая пептидная связь высвобождает одну молекулу воды, поэтому белок — это цепь остатков (аминокислота минус H₂O) плюс одна молекула воды для концевых H и OH:

MW = Σ (масса остатка) + 18,015 Da (средняя) MW_mono = Σ (моноизотопная масса остатка) + 18,011 Da

Средние массы остатков учитывают природную распространённость изотопов; именно с ними связаны SDS-ПААГ, гель-фильтрация и взвешивание. Моноизотопные массы используют только самый распространённый изотоп (¹²C, ¹H, ¹⁴N, ¹⁶O, ³²S) и соответствуют первому пику в масс-спектре пептида высокого разрешения. Для быстрой оценки берите 110 Da на остаток.

Коэффициент экстинкции при 280 nm

Поглощение при 280 nm обусловлено Trp, Tyr и цистеинами в дисульфидных связях. По данным Pace et al. (1995):

ε₂₈₀ = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(цистин)

Рассчитанная масса относится к немодифицированной полипептидной цепи. Гликозилирование, фосфорилирование, дисульфидные связи (−2,016 Da каждая), отщепление сигнального пептида и процессинг N-концевого Met меняют реальную массу. Неоднозначные коды (B, Z, X) не принимаются; U (селеноцистеин) и O (пирролизин) принимаются.

Для малых молекул используйте калькулятор молекулярной массы; чтобы посмотреть структуру белка из PDB, откройте просмотр белков MolDraw.

Изучаете комплекс белок–лиганд? Просматривайте структуры PDB в 3D и готовьте лиганды к докингу с помощью бесплатных инструментов MolDraw.

Открыть просмотр белков

Часто задаваемые вопросы

Как рассчитать молекулярную массу белка?

Сложите массы остатков всех аминокислот последовательности и добавьте 18,015 Da на одну молекулу воды. Средняя масса остатка — около 110 Da, поэтому 300 остатков — это примерно 33 kDa.

Чем средняя масса отличается от моноизотопной?

Средняя масса учитывает природную распространённость изотопов и подходит для объёмных измерений. Моноизотопная масса использует только самые лёгкие стабильные изотопы и соответствует масс-спектрометрии пептидов высокого разрешения.

Как перевести Da в kDa?

Разделите на 1000. 8564,84 Da = 8,56 kDa. Один дальтон равен 1 g/mol.

Как рассчитывается коэффициент экстинкции?

ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × цистины (M−1 cm−1). Приводятся два значения — в зависимости от того, образуют ли цистеины дисульфидные связи.

Почему мой белок в SDS-ПААГ выглядит другого размера?

Посттрансляционные модификации, необычный заряд или неполная денатурация меняют подвижность в геле. Рассчитанное значение относится к немодифицированной цепи.

Поддерживает ли калькулятор формат FASTA?

Да. Строки заголовка, начинающиеся с «>», игнорируются, как и пробелы, переносы строк, числа и стоп-символы (*).