MOL2 转 SMILES 转换器
简而言之：借助公共解析服务，尽力将 MOL2 文本转换为 SMILES。免费使用，在网页浏览器中运行，无需下载。
将 MOL2 内容转换为 SMILES。最适合较小的配体 MOL2 块。
SMILES 输出将显示在这里。
输入与输出格式
| 输入：MOL2 | 输出：SMILES | |
|---|---|---|
| 全称 | MOL2（Tripos Mol2） | SMILES（简化分子线性输入规范） |
| 包含的信息 | 3D 坐标、化学键、原子类型和部分电荷。 | 以一行文本表示原子、化学键、环、电荷和立体化学，不含坐标。 |
| 文件或形式 | .mol2 | .smi 或纯文本 |
文件格式说明
MOL2 是 Tripos 结构格式，用于分子对接和建模，可以包含原子坐标、原子类型、子结构记录、化学键和电荷值。
SMILES 是侧重于连接方式的单行分子标识符。当你需要为建模流程中的配体得到一个可检索的字符串时，把 MOL2 转换为 SMILES 很有用。
MOL2 文件可能包含 SMILES 无法保留的原子类型和电荷信息。转换后请检查立体化学和质子化状态。
关于 MOL2 文件
Tripos MOL2 格式常用于分子建模和对接。与 MOL 文件不同，它以 @<TRIPOS>MOLECULE、@<TRIPOS>ATOM 和 @<TRIPOS>BOND 等标签开头的各部分存储 SYBYL 原子类型（如芳香碳 C.ar 或酰胺氮 N.am）、部分电荷和子结构信息。对接程序和配体库常以 MOL2 格式提供分子。
为什么要转换为 SMILES
SMILES 更易于阅读、存储和检索。把对接得到的配体或化合物库条目转换为 SMILES，可以核对其身份、粘贴到电子表格中，或重新画出来用于插图。
使用方法
- 用文本编辑器打开 .mol2 文件，复制一个分子，从
@<TRIPOS>MOLECULE一直到键部分。 - 粘贴并转换。
- 用 SMILES 转结构式画出 SMILES 加以核对。
注意：为对接准备的文件通常包含显式氢和特定的质子化状态，因此 SMILES 中可能出现质子化的胺等带电基团。
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