MOL2 轉 SMILES 工具
簡而言之：透過公開解析服務盡力將 MOL2 文字轉換為 SMILES。完全免費，在網頁瀏覽器中執行，不需下載。
將 MOL2 內容轉換為 SMILES。最適合較小的配體 MOL2 區塊。
SMILES 會顯示在這裡。
輸入與輸出格式
| 輸入：MOL2 | 輸出：SMILES | |
|---|---|---|
| 全名 | MOL2（Tripos Mol2） | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| 內容 | 3D 座標、鍵、原子類型與部分電荷。 | 以一行文字表示原子、鍵、環、電荷與立體化學，不含座標。 |
| 檔案或形式 | .mol2 | .smi 或純文字 |
檔案格式說明
MOL2 是用於對接與建模的 Tripos 結構格式，可包含原子座標、原子類型、子結構紀錄、化學鍵與電荷數值。
SMILES 是著重於連接方式的單行分子識別字串。當你需要為建模流程中的配體取得可搜尋的字串時，將 MOL2 轉換為 SMILES 很有用。
MOL2 檔可能包含 SMILES 無法保留的原子類型與電荷資訊。轉換後請檢查立體化學與質子化狀態。
關於 MOL2 檔
Tripos MOL2 格式常用於分子建模與對接。與 MOL 檔不同，它在以 @<TRIPOS>MOLECULE、@<TRIPOS>ATOM 與 @<TRIPOS>BOND 等標籤開頭的區段中，儲存 SYBYL 原子類型（例如芳香族碳 C.ar 或醯胺氮 N.am）、部分電荷與子結構資訊。對接程式與配體資料庫常以 MOL2 提供分子。
為什麼要轉換為 SMILES
SMILES 更容易閱讀、儲存與搜尋。將對接後的配體或資料庫條目轉換為 SMILES，即可確認其身分、貼到試算表中，或重新繪製成圖。
使用方式
- 用文字編輯器開啟 .mol2 檔，複製一個分子，範圍從
@<TRIPOS>MOLECULE到鍵區段結束。 - 貼上並轉換。
- 用 SMILES 轉結構式 畫出 SMILES 以進行檢查。
注意：為對接準備的檔案常包含明確的氫原子與特定的質子化狀態，因此 SMILES 可能會出現帶電基團，例如質子化的胺。
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