Convertitore da MOL2 a SMILES
In breve: converti testo MOL2 in SMILES con un flusso approssimato basato su un resolver pubblico. È gratuito, funziona nel browser e non richiede download.
Converti contenuto MOL2 in SMILES. Ideale per blocchi MOL2 di ligandi piccoli.
Formati di input e output
| Input: MOL2 | Output: SMILES | |
|---|---|---|
| Nome completo | MOL2 (Tripos Mol2) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Cosa contiene | Coordinate 3D, legami, tipi di atomo e cariche parziali. | Atomi, legami, anelli, cariche e stereochimica in una sola riga di testo. Nessuna coordinata. |
| File o forma | .mol2 | .smi o testo semplice |
Formati di file spiegati
MOL2 è un formato di struttura Tripos usato nel docking e nella modellistica. Può includere coordinate atomiche, tipi di atomo, record di sottostruttura, legami e valori di carica.
Lo SMILES è un identificatore molecolare su una riga incentrato sulla connettività. Convertire MOL2 in SMILES è utile quando ti serve una stringa ricercabile per un ligando proveniente da un flusso di modellistica.
I file MOL2 possono contenere informazioni su tipi di atomo e cariche che lo SMILES non conserva. Controlla stereochimica e protonazione dopo la conversione.
Informazioni sui file MOL2
Il formato Tripos MOL2 è comune nella modellistica molecolare e nel docking. A differenza di un file MOL, memorizza i tipi di atomo SYBYL (come C.ar per il carbonio aromatico o N.am per l'azoto ammidico), le cariche parziali e informazioni sulle sottostrutture in sezioni che iniziano con tag come @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM e @<TRIPOS>BOND. I programmi di docking e le librerie di ligandi forniscono spesso le molecole in MOL2.
Perché convertire in SMILES
Lo SMILES è molto più facile da leggere, archiviare e cercare. Convertire in SMILES un ligando dopo il docking o una voce di libreria ti permette di verificarne l'identità, incollarlo in un foglio di calcolo o ridisegnarlo per una figura.
Come si usa
- Apri il file .mol2 in un editor di testo e copia una molecola, da
@<TRIPOS>MOLECULEfino alla sezione dei legami. - Incolla e converti.
- Controlla lo SMILES disegnandolo con da SMILES a struttura.
Attenzione: i file preparati per il docking includono spesso idrogeni espliciti e uno specifico stato di protonazione, quindi lo SMILES può mostrare gruppi carichi come un'ammina protonata.
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