MolDraw › Scheikundetools › Calculator molecuulmassa van eiwitten

Calculator molecuulmassa van eiwitten

Kort gezegd: Bereken de molecuulmassa van een eiwit of peptide uit de sequentie: gemiddelde en monoisotopische massa in Da/kDa, samenstelling en extinctiecoëfficiënt bij 280 nm. Gratis, werkt in je webbrowser en zonder download.

Plak een eiwit- of peptidesequentie (eenlettercodes of FASTA). Je krijgt de gemiddelde en monoisotopische molecuulmassa, de aminozuursamenstelling, en de molaire extinctiecoëfficiënt en A280 van een oplossing van 1 mg/mL voor concentratiemetingen met UV.

Snel antwoord: MW van een eiwit = som van de residumassa's + één water (18,015 Da). De A-keten van insuline (21 residuen) is gemiddeld 2383,71 Da, monoisotopisch 2382,00 Da.
Resultaten verschijnen hier.

Zo gebruik je de calculator voor de molecuulmassa van eiwitten

  1. Plak de sequentie in eenlettercode. FASTA-formaat is prima, want de kopregel, spaties, getallen en regeleinden worden verwijderd.
  2. De calculator telt de gemiddelde (of monoisotopische) residumassa van elk aminozuur op, plus één water voor de vrije N- en C-termini.
  3. Lees de molecuulmassa af in Da en kDa. Gebruik de gemiddelde massa voor SDS-PAGE en buffers, en de monoisotopische massa voor hoge-resolutie-massaspectrometrie van peptiden.
  4. Gebruik de extinctiecoëfficiënt met Lambert-Beer (c = A280 / ε·l) om de concentratie uit een UV-meting te bepalen.

Uitgewerkte voorbeelden

A-keten van insuline (21 aa)

GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

2383,71 Da gemiddeld · 2382,00 Da monoisotopisch

ε280 = 2 Tyr × 1490 + 2 cystines × 125 = 3230 M−1cm−1

Humaan ubiquitine (76 aa)

8564,84 Da (8,56 kDa)

Eén Tyr, geen Trp: ε280 = 1490 M−1cm−1

Concentratie uit A280

Een eiwit met ε = 43 824 M−1cm−1 geeft A280 = 0,55 in een cuvet van 1 cm.

c = 0,55 ÷ 43 824 = 12,6 µM

Zo wordt de molecuulmassa van een eiwit berekend

Als aminozuren aan elkaar koppelen, komt bij elke peptidebinding één water vrij, dus een eiwit is een keten van residuen (aminozuur min H2O) plus één water voor de eindstandige H en OH:

MW = Σ (residumassa) + 18.015 Da (gemiddeld) MWmono = Σ (monoisotopische residumassa) + 18.011 Da

Gemiddelde residumassa's gebruiken natuurlijke isotoopabundanties en sluiten aan bij SDS-PAGE, gelfiltratie en wegen. Monoisotopische massa's gebruiken alleen het meest voorkomende isotoop (12C, 1H, 14N, 16O, 32S) en komen overeen met de eerste piek in een hoge-resolutie-massaspectrum van een peptide. Een snelle schatting is 110 Da per residu.

Extinctiecoëfficiënt bij 280 nm

De absorptie bij 280 nm komt van Trp, Tyr en cysteïnes in disulfidebruggen. Met de waarden van Pace et al. (1995):

ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(cystine)
De berekende massa geldt voor de ongemodificeerde polypeptideketen. Glycosylering, fosforylering, disulfidebruggen (elk −2,016 Da), verwijdering van het signaalpeptide en verwerking van het N-terminale Met veranderen allemaal de echte massa. Dubbelzinnige codes (B, Z, X) worden niet geaccepteerd; U (selenocysteïne) en O (pyrrolysine) wel.

Gebruik voor kleine moleculen de molecuulmassacalculator; om een eiwitstructuur uit de PDB te bekijken, open je de eiwitviewer van MolDraw.

Bezig met een eiwit-ligandcomplex? Bekijk PDB-structuren in 3D en bereid liganden voor op docking met de gratis tools van MolDraw.

Eiwitviewer openen

Veelgestelde vragen

Hoe bereken je de molecuulmassa van een eiwit?

Tel de residumassa van elk aminozuur in de sequentie op en tel daar 18,015 Da bij voor één watermolecuul. De gemiddelde residumassa is ongeveer 110 Da, dus 300 residuen is ongeveer 33 kDa.

Wat is het verschil tussen gemiddelde en monoisotopische massa?

De gemiddelde massa gebruikt natuurlijke isotoopabundanties en past bij bulkmetingen. De monoisotopische massa gebruikt alleen de lichtste stabiele isotopen en komt overeen met hoge-resolutie-massaspectrometrie van peptiden.

Hoe reken ik Da om naar kDa?

Deel door 1000. 8564,84 Da = 8,56 kDa. Eén dalton is gelijk aan 1 g/mol.

Hoe wordt de extinctiecoëfficiënt berekend?

ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × cystines (M−1 cm−1). Er worden twee waarden gegeven, afhankelijk van of de cysteïnes disulfidebruggen vormen.

Waarom loopt mijn eiwit op SDS-PAGE op een andere grootte?

Posttranslationele modificaties, een ongebruikelijke lading of onvolledige ontvouwing veranderen de mobiliteit in de gel. De berekende waarde geldt voor de ongemodificeerde keten.

Werkt de calculator met het FASTA-formaat?

Ja. Kopregels die met '>' beginnen worden genegeerd, net als spaties, regeleinden, getallen en stopsymbolen (*).

Verwante scheikundetools

Plug-in eiwitviewerPDB in 3DMolecuulmassacalculatorFormule naar g/mol met massapercentagesCalculator exacte massaMonoisotopische massa voor MSMolariteitscalculatorMol, volume en concentratieVerdunningscalculatorVerdunningen met C1V1 = C2V2PDB-naar-PDBQT-converterBestanden voorbereiden voor dockingMolaire-massacalculatorMolaire massa stap voor stap uitgewerktCalculator voor oplossingen makenBenodigde massa voor een oplossingSMILES naar molecuulmassaMW direct uit een SMILES-stringPeptide- en DNA-sequentie naar structuurSequentie naar volledige structuur, formule en massa

Moleculen schetsen voor een verslag? Teken chemische structuren online met MolDraw, een gratis online ChemDraw-alternatief (zie de vergelijking ChemDraw en MolDraw).

Laatst bijgewerkt: