MolDraw › Alat kimia › Kalkulator Berat Molekul Protein

Kalkulator Berat Molekul Protein

Singkatnya: Hitung berat molekul protein atau peptida dari sekuensnya: massa rata-rata dan monoisotopik dalam Da/kDa, komposisi, dan koefisien ekstingsi pada 280 nm. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.

Tempel sekuens protein atau peptida (kode satu huruf atau FASTA). Anda mendapatkan berat molekul rata-rata dan monoisotopik, komposisi asam amino, serta koefisien ekstingsi molar dan A280 larutan 1 mg/mL untuk pengukuran konsentrasi dengan UV.

Jawaban singkat: BM protein = jumlah massa residu + satu molekul air (18,015 Da). Rantai A insulin (21 residu) bermassa 2383,71 Da (rata-rata), 2382,00 Da (monoisotopik).
Hasil akan muncul di sini.

Cara menggunakan kalkulator berat molekul protein

  1. Tempel sekuens dalam kode satu huruf. Format FASTA juga bisa karena baris header, spasi, angka, dan jeda baris dihapus.
  2. Kalkulator menjumlahkan massa residu rata-rata (atau monoisotopik) setiap asam amino, ditambah satu molekul air untuk ujung N dan ujung C yang bebas.
  3. Baca berat molekul dalam Da dan kDa. Gunakan massa rata-rata untuk SDS-PAGE dan buffer, dan massa monoisotopik untuk spektrometri massa resolusi tinggi pada peptida.
  4. Gunakan koefisien ekstingsi dengan hukum Beer–Lambert (c = A280 / ε·l) untuk menentukan konsentrasi dari pembacaan UV.

Contoh soal

Rantai A insulin (21 aa)

GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

2383,71 Da rata-rata · 2382,00 Da monoisotopik

ε280 = 2 Tyr × 1490 + 2 sistina × 125 = 3230 M−1cm−1

Ubikuitin manusia (76 aa)

8564,84 Da (8,56 kDa)

Satu Tyr, tanpa Trp: ε280 = 1490 M−1cm−1

Konsentrasi dari A280

Protein dengan ε = 43.824 M−1cm−1 memberikan A280 = 0,55 dalam kuvet 1 cm.

c = 0,55 ÷ 43.824 = 12,6 µM

Cara menghitung berat molekul protein

Ketika asam amino bergabung, setiap ikatan peptida melepaskan satu molekul air, sehingga protein adalah rantai residu (asam amino dikurangi H2O) ditambah satu molekul air untuk H dan OH ujung:

BM = Σ (massa residu) + 18,015 Da (rata-rata) BMmono = Σ (massa residu monoisotopik) + 18,011 Da

Massa residu rata-rata menggunakan kelimpahan isotop alami dan berkaitan dengan SDS-PAGE, filtrasi gel, dan penimbangan. Massa monoisotopik hanya menggunakan isotop paling melimpah (12C, 1H, 14N, 16O, 32S) dan sesuai dengan puncak pertama dalam spektrum massa resolusi tinggi suatu peptida. Perkiraan cepatnya adalah 110 Da per residu.

Koefisien ekstingsi pada 280 nm

Absorbansi pada 280 nm berasal dari Trp, Tyr, dan sistein yang berikatan disulfida. Menggunakan nilai dari Pace dkk. (1995):

ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(sistina)
Massa hasil perhitungan berlaku untuk rantai polipeptida yang tidak dimodifikasi. Glikosilasi, fosforilasi, ikatan disulfida (masing-masing −2,016 Da), pemotongan peptida sinyal, dan pemrosesan Met N-terminal semuanya mengubah massa sebenarnya. Kode ambigu (B, Z, X) tidak diterima; U (selenosistein) dan O (pirolisin) diterima.

Untuk molekul kecil, gunakan kalkulator berat molekul; untuk melihat struktur protein dari PDB, buka penampil protein MolDraw.

Mempelajari kompleks protein–ligan? Lihat struktur PDB dalam 3D dan siapkan ligan untuk docking dengan alat gratis MolDraw.

Buka penampil protein

Pertanyaan yang sering diajukan

Bagaimana cara menghitung berat molekul protein?

Jumlahkan massa residu setiap asam amino dalam sekuens dan tambahkan 18,015 Da untuk satu molekul air. Massa residu rata-rata sekitar 110 Da, sehingga 300 residu kira-kira 33 kDa.

Apa perbedaan massa rata-rata dan massa monoisotopik?

Massa rata-rata menggunakan kelimpahan isotop alami dan cocok untuk pengukuran curah. Massa monoisotopik hanya menggunakan isotop stabil yang paling ringan dan sesuai dengan spektrometri massa resolusi tinggi pada peptida.

Bagaimana cara mengubah Da menjadi kDa?

Bagi dengan 1000. 8564,84 Da = 8,56 kDa. Satu dalton sama dengan 1 g/mol.

Bagaimana koefisien ekstingsi dihitung?

ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × sistina (M−1 cm−1). Dua nilai diberikan, bergantung pada apakah sisteinnya membentuk ikatan disulfida.

Mengapa protein saya bermigrasi pada ukuran berbeda di SDS-PAGE?

Modifikasi pascatranslasi, muatan yang tidak lazim, atau pembukaan lipatan yang tidak sempurna mengubah mobilitas di gel. Nilai hasil perhitungan berlaku untuk rantai yang tidak dimodifikasi.

Apakah kalkulator mendukung format FASTA?

Ya. Baris header yang diawali '>' diabaikan, begitu pula spasi, jeda baris, angka, dan simbol stop (*).

Alat kimia terkait

Plugin Penampil ProteinPDB dalam 3DKalkulator berat molekulRumus ke g/mol dengan % komposisiKalkulator massa eksakMassa monoisotopik untuk MSKalkulator molaritasMol, volume, dan konsentrasiKalkulator pengenceranPengenceran C1V1 = C2V2Konverter PDB ke PDBQTSiapkan file untuk dockingKalkulator massa molarPerhitungan massa molar langkah demi langkahKalkulator pembuatan larutanMassa yang diperlukan untuk larutanSMILES ke berat molekulBM langsung dari string SMILESSekuens peptida dan DNA ke strukturSekuens ke struktur lengkap, rumus, dan massa

Perlu membuat sketsa molekul untuk laporan? Gambar struktur kimia secara online dengan MolDraw, alternatif ChemDraw online yang gratis (lihat perbandingan ChemDraw vs MolDraw).

Terakhir diperbarui: