Trouver les cibles thérapeutiques et la bioactivité depuis votre dessin avec le plugin ChEMBL
Réponse courte : installez ChEMBL depuis Settings › Plugins, dessinez une molécule (ou tapez un nom ou un identifiant ChEMBL) et cliquez sur Lookup. Vous obtenez la fiche ChEMBL du composé avec sa phase d'approbation, les cibles protéiques sur lesquelles il a été testé, des valeurs d'activité comme l'IC50 et le Ki, et des composés similaires que vous pouvez recharger sur le canevas.
Pourquoi consulter la bioactivité pendant que vous dessinez ?
Une structure seule vous dit ce qu'est une molécule. Les données de bioactivité vous disent ce qu'elle fait. Si vous étudiez un médicament, préparez un analogue ou enseignez les relations structure–activité, la question qui suit le dessin est généralement : « a-t-elle été testée, et sur quoi ? »
ChEMBL répond à cette question. C'est une base de données gratuite, curée manuellement, de molécules de type médicament, gérée par l'EMBL-EBI, avec des millions de mesures d'activité. Le plugin MolDraw l'affiche à côté de votre canevas : plus besoin de copier des SMILES d'un onglet à l'autre.
Ce qu'affiche le plugin
| Overview | Nom préféré, identifiant ChEMBL, type de molécule, phase de développement maximale (par exemple Approved) et InChIKey. |
|---|---|
| Targets | Les protéines et autres cibles sur lesquelles le composé a été testé, chacune liée à sa page de cible ChEMBL. |
| Activity | Valeurs mesurées comme l'IC50 et le Ki, avec la cible, l'essai et la source. |
| Similar | Composés apparentés issus de ChEMBL. Chargez n'importe lequel sur le canevas. |
Comment installer le plugin ChEMBL
- Ouvrez l'éditeur MolDraw et connectez-vous. Un compte gratuit suffit.
- Cliquez sur Settings (l'engrenage), puis sur Plugins.
- Cliquez sur Install à côté de ChEMBL. Un onglet ChEMBL apparaît dans le panneau d'analyse.
Comment rechercher une molécule
- Dessinez la molécule, ou laissez le canevas vide si vous allez chercher par nom.
- Ouvrez l'onglet ChEMBL.
- Cliquez sur Use canvas pour rechercher votre dessin, ou tapez un nom (aspirin) ou un identifiant ChEMBL (CHEMBL25) dans le champ de requête.
- Cliquez sur Lookup.
- Parcourez Overview, Targets, Activity et Similar.
- Poursuivez avec un résultat : Load to canvas remplace le dessin, Append l'ajoute à côté de votre structure et Send to Compare l'ouvre dans le plugin Compare molecules.
Utilisations en cours et au laboratoire
- Enseigner la découverte de médicaments : dessinez un médicament connu, montrez son statut d'approbation et ses cibles réelles, puis ouvrez Similar pour discuter de l'effet de petites modifications d'un squelette sur l'activité.
- Vérifier une idée : avant de consacrer du temps à un analogue, regardez si lui ou un proche parent a déjà été testé.
- Trouver des points de départ : utilisez Similar sur un résultat, ajoutez quelques voisins au canevas et comparez-les côte à côte.
- Trier avec des règles empiriques : associez les résultats au calculateur de la règle de cinq de Lipinski et au calculateur de druglikeness.
Conseils pour des résultats fiables
- La recherche par dessin utilise l'InChIKey, qui est exacte. Si rien n'est trouvé, vérifiez les stéréocentres, les charges et les formes salines, ou recherchez par nom.
- Les valeurs d'activité proviennent de nombreux essais différents. Ne les comparez qu'au sein d'un même essai et de mêmes conditions ; suivez le lien de l'essai pour les détails.
- Le plugin interroge ChEMBL en direct : il nécessite donc une connexion internet.
Vous découvrez les bases de données chimiques ? Notre guide des bases de données chimiques gratuites explique quand utiliser ChEMBL, PubChem, ChEBI et d'autres.
Questions et réponses
Qu'est-ce que ChEMBL ?
ChEMBL est une base de données gratuite, curée manuellement, de molécules bioactives de type médicament, gérée par l'EMBL-EBI. Elle contient plus de deux millions de composés et leurs activités mesurées sur des cibles biologiques.
Le plugin ChEMBL de MolDraw est-il gratuit ?
Oui. Il utilise les services web publics de ChEMBL. Il vous suffit d'un compte MolDraw gratuit pour l'installer.
Puis-je interroger ChEMBL en dessinant une structure ?
Oui. Use canvas recherche la molécule dessinée par son InChIKey, et l'onglet Similar trouve des structures apparentées.
Pourquoi ma molécule dessinée est-elle introuvable ?
La correspondance par InChIKey est exacte : un stéréocentre manquant, une charge ou une forme saline différente donnent une autre clé. Vérifiez la stéréochimie et les charges, ou recherchez plutôt par nom ou par identifiant ChEMBL.