Wyszukiwanie celów leków i bioaktywności z rysunku za pomocą wtyczki ChEMBL
Krótka odpowiedź: Zainstaluj ChEMBL w Settings › Plugins, narysuj cząsteczkę (albo wpisz nazwę lub identyfikator ChEMBL) i naciśnij Lookup. Otrzymasz rekord związku w ChEMBL z fazą rozwoju, celami białkowymi, na których go badano, wartościami aktywności, takimi jak IC50 i Ki, oraz podobnymi związkami, które możesz wczytać z powrotem na płótno.
Po co sprawdzać bioaktywność podczas rysowania?
Sama struktura mówi, czym jest cząsteczka. Dane o bioaktywności mówią, co ona robi. Jeśli badasz lek, planujesz analog albo uczysz zależności struktura–aktywność, kolejnym pytaniem po narysowaniu jest zwykle: „czy to było badane i wobec czego?”
ChEMBL odpowiada na to pytanie. To darmowa, ręcznie kuratorowana baza danych cząsteczek lekopodobnych prowadzona przez EMBL-EBI, z milionami zmierzonych punktów danych aktywności. Wtyczka MolDraw umieszcza ją obok płótna, więc nie musisz kopiować SMILES między kartami przeglądarki.
Co pokazuje wtyczka
| Overview | Nazwa preferowana, identyfikator ChEMBL, typ cząsteczki, maksymalna faza rozwoju (np. Approved) i InChIKey. |
|---|---|
| Targets | Białka i inne cele, wobec których badano związek, każdy z linkiem do jego strony celu w ChEMBL. |
| Activity | Zmierzone wartości, takie jak IC50 i Ki, wraz z celem, testem i źródłem. |
| Similar | Podobne związki z ChEMBL. Każdy z nich możesz wczytać na płótno. |
Jak zainstalować wtyczkę ChEMBL
- Otwórz edytor MolDraw i zaloguj się. Wystarczy darmowe konto.
- Kliknij Settings (koło zębate), a potem Plugins.
- Kliknij Install obok ChEMBL. W panelu analiz pojawi się karta ChEMBL.
Jak wyszukać cząsteczkę
- Narysuj cząsteczkę albo zostaw płótno puste, jeśli będziesz szukać po nazwie.
- Otwórz kartę ChEMBL.
- Naciśnij Use canvas, aby wyszukać swój rysunek, albo wpisz nazwę (aspirin) lub identyfikator ChEMBL (CHEMBL25) w polu zapytania.
- Naciśnij Lookup.
- Przeglądaj Overview, Targets, Activity i Similar.
- Pracuj dalej z trafieniem: Load to canvas zastępuje rysunek, Append dodaje go obok Twojej struktury, a Send to Compare otwiera go we wtyczce do porównywania cząsteczek.
Jak używać jej na zajęciach i w laboratorium
- Nauczanie projektowania leków: narysuj znany lek, pokaż jego status dopuszczenia i rzeczywiste cele, a potem otwórz Similar, aby omówić, jak niewielkie zmiany szkieletu wpływają na aktywność.
- Sprawdzanie pomysłu: zanim poświęcisz czas na analog, sprawdź, czy on lub bliski krewny nie był już badany.
- Szukanie punktów wyjścia: użyj Similar dla trafienia, dołącz kilku sąsiadów do płótna i porównaj ich obok siebie.
- Przesiew z regułami kciuka: zestaw wyniki z kalkulatorem reguły pięciu Lipinskiego i kalkulatorem podobieństwa do leku.
Wskazówki dla wiarygodnych wyników
- Wyszukiwanie po rysunku używa InChIKey, który jest dokładny. Jeśli nic nie zostanie znalezione, sprawdź centra stereogeniczne, ładunki i formy soli albo wyszukaj po nazwie.
- Wartości aktywności pochodzą z wielu różnych testów. Porównuj je tylko w obrębie tego samego testu i warunków; szczegóły znajdziesz pod linkiem do testu.
- Wtyczka odczytuje ChEMBL na żywo, więc wymaga połączenia z internetem.
Dopiero zaczynasz z chemicznymi bazami danych? Nasz przewodnik po darmowych chemicznych bazach danych wyjaśnia, kiedy używać ChEMBL, PubChem, ChEBI i innych.
Pytania i odpowiedzi
Czym jest ChEMBL?
ChEMBL to darmowa, ręcznie kuratorowana baza danych bioaktywnych cząsteczek o właściwościach lekopodobnych, prowadzona przez EMBL-EBI. Zawiera ponad dwa miliony związków i ich zmierzone aktywności wobec celów biologicznych.
Czy wtyczka ChEMBL w MolDraw jest darmowa?
Tak. Korzysta z publicznych usług sieciowych ChEMBL. Do jej instalacji potrzebujesz jedynie darmowego konta MolDraw.
Czy mogę przeszukiwać ChEMBL, rysując strukturę?
Tak. Use canvas wyszukuje narysowaną cząsteczkę po jej InChIKey, a karta Similar znajduje pokrewne struktury.
Dlaczego moja narysowana cząsteczka nie została znaleziona?
Dopasowanie InChIKey jest dokładne, więc brakujące centrum stereogeniczne albo inny ładunek czy forma soli dają inny klucz. Sprawdź stereochemię i ładunki albo wyszukaj po nazwie lub identyfikatorze ChEMBL.