Consulta dianas farmacológicas y bioactividad desde tu dibujo con el plugin ChEMBL
Respuesta corta: instala ChEMBL desde Settings › Plugins, dibuja una molécula (o escribe un nombre o un ID de ChEMBL) y pulsa Lookup. Obtendrás el registro del compuesto en ChEMBL con su fase de aprobación, las dianas proteicas frente a las que se ensayó, valores de actividad como IC50 y Ki, y compuestos similares que puedes volver a cargar en el lienzo.
¿Por qué consultar la bioactividad mientras dibujas?
Una estructura por sí sola te dice qué es una molécula. Los datos de bioactividad te dicen qué hace. Si estudias un fármaco, planificas un análogo o enseñas relaciones estructura–actividad, la siguiente pregunta tras dibujar suele ser "¿se ha ensayado esto, y frente a qué?".
ChEMBL responde a esa pregunta. Es una base de datos gratuita y curada manualmente de moléculas de tipo fármaco, gestionada por EMBL-EBI, con millones de datos de actividad medidos. El plugin de MolDraw la coloca junto a tu lienzo, así que no tienes que copiar SMILES entre pestañas del navegador.
Qué muestra el plugin
| Overview | Nombre preferido, ID de ChEMBL, tipo de molécula, fase máxima de desarrollo (por ejemplo Approved) e InChIKey. |
|---|---|
| Targets | Las proteínas y otras dianas frente a las que se ensayó el compuesto, cada una enlazada a su página de diana en ChEMBL. |
| Activity | Valores medidos como IC50 y Ki, con la diana, el ensayo y la fuente. |
| Similar | Compuestos parecidos de ChEMBL. Carga cualquiera de ellos en el lienzo. |
Cómo instalar el plugin ChEMBL
- Abre el editor MolDraw e inicia sesión. Basta con una cuenta gratuita.
- Haz clic en Settings (el engranaje) y después en Plugins.
- Haz clic en Install junto a ChEMBL. Aparece una pestaña ChEMBL en el panel de análisis.
Cómo consultar una molécula
- Dibuja la molécula, o deja el lienzo vacío si vas a buscar por nombre.
- Abre la pestaña ChEMBL.
- Pulsa Use canvas para buscar tu dibujo, o escribe un nombre (aspirin) o un ID de ChEMBL (CHEMBL25) en el cuadro de consulta.
- Pulsa Lookup.
- Explora Overview, Targets, Activity y Similar.
- Sigue trabajando con un resultado: Load to canvas sustituye el dibujo, Append lo añade junto a tu estructura y Send to Compare lo abre en el plugin Compare molecules.
Usos en clase y en el laboratorio
- Enseñar descubrimiento de fármacos: dibuja un fármaco conocido, muestra su estado de aprobación y sus dianas reales y después abre Similar para comentar cómo pequeños cambios en un esqueleto afectan a la actividad.
- Comprobar una idea: antes de dedicar tiempo a un análogo, mira si él o un pariente cercano ya se ha ensayado.
- Encontrar puntos de partida: usa Similar sobre un resultado, añade algunos vecinos al lienzo y compáralos uno al lado del otro.
- Cribado con reglas prácticas: combina los resultados con la calculadora de la regla de los cinco de Lipinski y la calculadora de druglikeness.
Consejos para obtener resultados fiables
- La búsqueda por dibujo usa el InChIKey, que es exacto. Si no se encuentra nada, revisa estereocentros, cargas y formas de sal, o busca por nombre.
- Los valores de actividad proceden de muchos ensayos distintos. Compáralos solo dentro del mismo ensayo y las mismas condiciones; sigue el enlace del ensayo para ver los detalles.
- El plugin lee ChEMBL en directo, así que necesita conexión a internet.
¿Eres nuevo en las bases de datos químicas? Nuestra guía de bases de datos químicas gratuitas explica cuándo usar ChEMBL, PubChem, ChEBI y otras.
Preguntas y respuestas
¿Qué es ChEMBL?
ChEMBL es una base de datos gratuita y curada manualmente de moléculas bioactivas de tipo fármaco, gestionada por EMBL-EBI. Contiene más de dos millones de compuestos y sus actividades medidas frente a dianas biológicas.
¿El plugin ChEMBL de MolDraw es gratuito?
Sí. Usa los servicios web públicos de ChEMBL. Solo necesitas una cuenta gratuita de MolDraw para instalarlo.
¿Puedo buscar en ChEMBL dibujando una estructura?
Sí. Use canvas busca la molécula dibujada por su InChIKey, y la pestaña Similar encuentra estructuras relacionadas.
¿Por qué no se encuentra la molécula que he dibujado?
La coincidencia por InChIKey es exacta, así que un estereocentro que falte o una carga o forma de sal distinta dan una clave diferente. Revisa la estereoquímica y las cargas, o busca por nombre o por ID de ChEMBL.