Wirkstoff-Targets und Bioaktivität aus deiner Zeichnung nachschlagen – mit dem ChEMBL-Plugin
Kurzantwort: Installiere ChEMBL über Settings › Plugins, zeichne ein Molekül (oder gib einen Namen oder eine ChEMBL-ID ein) und drücke Lookup. Du erhältst den ChEMBL-Eintrag der Verbindung mit Zulassungsphase, den getesteten Protein-Targets, Aktivitätswerten wie IC50 und Ki sowie ähnliche Verbindungen, die du zurück auf die Zeichenfläche laden kannst.
Warum Bioaktivität schon beim Zeichnen nachschlagen?
Eine Struktur allein sagt dir, was ein Molekül ist. Bioaktivitätsdaten sagen dir, was es tut. Wenn du einen Wirkstoff untersuchst, ein Analogon planst oder Struktur-Wirkungs-Beziehungen unterrichtest, lautet die nächste Frage nach dem Zeichnen meist: „Wurde das schon getestet, und wogegen?“
ChEMBL beantwortet diese Frage. Es ist eine kostenlose, manuell kuratierte Datenbank wirkstoffähnlicher Moleküle des EMBL-EBI mit Millionen gemessener Aktivitätsdaten. Das MolDraw-Plugin holt sie direkt neben deine Zeichenfläche, sodass du keine SMILES zwischen Browser-Tabs kopieren musst.
Was das Plugin zeigt
| Überblick | Bevorzugter Name, ChEMBL-ID, Molekültyp, höchste Entwicklungsphase (zum Beispiel Approved) und InChIKey. |
|---|---|
| Targets | Die Proteine und anderen Targets, gegen die die Verbindung getestet wurde, jeweils mit Link zur ChEMBL-Target-Seite. |
| Activity | Gemessene Werte wie IC50 und Ki, mit Target, Assay und Quelle. |
| Ähnlich | Ähnliche Verbindungen aus ChEMBL. Jede davon lässt sich auf die Zeichenfläche laden. |
So installierst du das ChEMBL-Plugin
- Öffne den MolDraw-Editor und melde dich an. Ein kostenloses Konto genügt.
- Klicke auf Settings (das Zahnrad) und dann auf Plugins.
- Klicke neben ChEMBL auf Install. Im Analysebereich erscheint ein Tab ChEMBL.
So schlägst du ein Molekül nach
- Zeichne das Molekül oder lass die Zeichenfläche leer, wenn du über den Namen suchen willst.
- Öffne den Tab ChEMBL.
- Drücke Use canvas, um nach deiner Zeichnung zu suchen, oder gib einen Namen (aspirin) oder eine ChEMBL-ID (CHEMBL25) in das Suchfeld ein.
- Drücke Lookup.
- Sieh dir Overview, Targets, Activity und Similar an.
- Arbeite mit einem Treffer weiter: Load to canvas ersetzt die Zeichnung, Append fügt ihn neben deiner Struktur ein, und Send to Compare öffnet ihn im Plugin zum Vergleichen von Molekülen.
Einsatzideen für Unterricht und Labor
- Wirkstoffforschung unterrichten: Zeichne einen bekannten Wirkstoff, zeige seinen Zulassungsstatus und seine echten Targets und öffne dann Similar, um zu besprechen, wie kleine Änderungen am Grundgerüst die Aktivität beeinflussen.
- Eine Idee prüfen: Bevor du Zeit in ein Analogon steckst, sieh nach, ob es oder ein naher Verwandter schon getestet wurde.
- Ausgangspunkte finden: Nutze Similar bei einem Treffer, füge einige Nachbarn auf der Zeichenfläche hinzu und vergleiche sie direkt nebeneinander.
- Screening mit Faustregeln: Kombiniere die Ergebnisse mit dem Lipinski-Regel-Rechner und dem Druglikeness-Rechner.
Tipps für verlässliche Ergebnisse
- Die Suche per Zeichnung nutzt den InChIKey, und der ist exakt. Wird nichts gefunden, prüfe Stereozentren, Ladungen und Salzformen oder suche über den Namen.
- Aktivitätswerte stammen aus vielen verschiedenen Assays. Vergleiche sie nur innerhalb desselben Assays und derselben Bedingungen; Details findest du über den Assay-Link.
- Das Plugin liest ChEMBL live und braucht daher eine Internetverbindung.
Neu bei chemischen Datenbanken? Unser Leitfaden zu kostenlosen chemischen Datenbanken erklärt, wann du ChEMBL, PubChem, ChEBI und andere nutzt.
Fragen und Antworten
Was ist ChEMBL?
ChEMBL ist eine kostenlose, manuell kuratierte Datenbank bioaktiver, wirkstoffähnlicher Moleküle, betrieben vom EMBL-EBI. Sie enthält über zwei Millionen Verbindungen und ihre gemessenen Aktivitäten gegenüber biologischen Targets.
Ist das ChEMBL-Plugin von MolDraw kostenlos?
Ja. Es nutzt die öffentlichen Webdienste von ChEMBL. Zum Installieren brauchst du nur ein kostenloses MolDraw-Konto.
Kann ich ChEMBL durch Zeichnen einer Struktur durchsuchen?
Ja. Use canvas sucht das gezeichnete Molekül über seinen InChIKey, und der Tab Similar findet verwandte Strukturen.
Warum wird mein gezeichnetes Molekül nicht gefunden?
Der InChIKey-Abgleich ist exakt: Ein fehlendes Stereozentrum oder eine andere Ladung oder Salzform ergibt einen anderen Schlüssel. Prüfe Stereochemie und Ladungen oder suche stattdessen über Namen oder ChEMBL-ID.