ChEMBL Eklentisiyle Çiziminizden İlaç Hedeflerini ve Biyoaktiviteyi Bulun
Kısa yanıt: Settings › Plugins bölümünden ChEMBL'i yükleyin, bir molekül çizin (veya bir ad ya da ChEMBL kimliği yazın) ve Lookup'a basın. Bileşiğin onay fazını, test edildiği protein hedeflerini, IC50 ve Ki gibi aktivite değerlerini ve tuvale geri yükleyebileceğiniz benzer bileşikleri içeren ChEMBL kaydını alırsınız.
Çizerken neden biyoaktiviteye bakmalı?
Bir yapı tek başına size bir molekülün ne olduğunu söyler. Biyoaktivite verileri ise ne yaptığını söyler. Bir ilacı inceliyor, bir analog planlıyor veya yapı–aktivite ilişkilerini öğretiyorsanız, çizimden sonraki soru genellikle "bu test edildi mi, neye karşı?" olur.
ChEMBL bu soruyu yanıtlar. EMBL-EBI tarafından yürütülen, milyonlarca ölçülmüş aktivite veri noktası içeren, ilaç benzeri moleküllerden oluşan ücretsiz ve elle düzenlenmiş bir veritabanıdır. MolDraw eklentisi onu tuvalinizin yanına getirir; böylece tarayıcı sekmeleri arasında SMILES kopyalamanız gerekmez.
Eklenti neler gösterir?
| Overview | Tercih edilen ad, ChEMBL kimliği, molekül türü, maksimum geliştirme fazı (örneğin Approved) ve InChIKey. |
|---|---|
| Targets | Bileşiğin karşısında test edildiği proteinler ve diğer hedefler; her biri ChEMBL hedef sayfasına bağlantılıdır. |
| Activity | Hedef, deney ve kaynakla birlikte IC50 ve Ki gibi ölçülmüş değerler. |
| Similar | ChEMBL'den benzer bileşikler. Herhangi birini tuvale yükleyin. |
ChEMBL eklentisi nasıl yüklenir
- MolDraw editörünü açın ve oturum açın. Ücretsiz bir hesap yeterlidir.
- Settings (dişli simgesi), ardından Plugins'e tıklayın.
- ChEMBL'in yanındaki Install'a tıklayın. Analiz panelinde bir ChEMBL sekmesi belirir.
Bir molekül nasıl aranır
- Molekülü çizin veya adla arayacaksanız tuvali boş bırakın.
- ChEMBL sekmesini açın.
- Çiziminizi aramak için Use canvas'a basın veya sorgu kutusuna bir ad (aspirin) ya da ChEMBL kimliği (CHEMBL25) yazın.
- Lookup'a basın.
- Overview, Targets, Activity ve Similar sekmelerine göz atın.
- Bir sonuçla çalışmaya devam edin: Load to canvas çizimin yerine koyar, Append yapınızın yanına ekler, Send to Compare ise onu Compare molecules eklentisinde açar.
Derste ve laboratuvarda kullanım yolları
- İlaç keşfini öğretmek: tanınmış bir ilaç çizin, onay durumunu ve gerçek hedeflerini gösterin, ardından bir iskeletteki küçük değişikliklerin aktiviteyi nasıl etkilediğini tartışmak için Similar'ı açın.
- Bir fikri kontrol etmek: bir analoga zaman harcamadan önce onun ya da yakın bir akrabasının zaten test edilip edilmediğine bakın.
- Başlangıç noktaları bulmak: bir sonuçta Similar'ı kullanın, birkaç komşuyu tuvale ekleyin ve yan yana karşılaştırın.
- Pratik kurallarla tarama: sonuçları Lipinski beş kuralı hesaplayıcısı ve ilaç benzerliği hesaplayıcısı ile birlikte kullanın.
Güvenilir sonuçlar için ipuçları
- Çizimle arama, birebir olan InChIKey'i kullanır. Hiçbir şey bulunamazsa stereomerkezleri, yükleri ve tuz formlarını kontrol edin ya da adla arayın.
- Aktivite değerleri birçok farklı deneyden gelir. Bunları yalnızca aynı deney ve koşullar içinde karşılaştırın; ayrıntılar için deney bağlantısını izleyin.
- Eklenti ChEMBL'i canlı okur, bu yüzden internet bağlantısı gerektirir.
Kimya veritabanlarında yeni misiniz? Ücretsiz kimya veritabanları rehberimiz ChEMBL, PubChem, ChEBI ve diğerlerinin ne zaman kullanılacağını açıklar.
Sorular ve yanıtlar
ChEMBL nedir?
ChEMBL, EMBL-EBI tarafından yürütülen, biyoaktif ilaç benzeri moleküllerden oluşan ücretsiz ve elle düzenlenmiş bir veritabanıdır. İki milyonu aşkın bileşiği ve bunların biyolojik hedeflere karşı ölçülmüş aktivitelerini içerir.
MolDraw ChEMBL eklentisi ücretsiz mi?
Evet. ChEMBL'in herkese açık web hizmetlerini kullanır. Yüklemek için yalnızca ücretsiz bir MolDraw hesabına ihtiyacınız vardır.
ChEMBL'de bir yapı çizerek arama yapabilir miyim?
Evet. Use canvas, çizilen molekülü InChIKey'iyle arar; Similar sekmesi ise ilişkili yapıları bulur.
Çizdiğim molekül neden bulunamıyor?
InChIKey eşleştirmesi birebirdir; bu yüzden eksik bir stereomerkez ya da farklı bir yük veya tuz formu farklı bir anahtar verir. Stereokimyayı ve yükleri kontrol edin ya da bunun yerine ad veya ChEMBL kimliğiyle arayın.