Поиск мишеней лекарств и биоактивности по рисунку с плагином ChEMBL
Коротко: установите ChEMBL в Settings › Plugins, нарисуйте молекулу (или введите название либо ChEMBL ID) и нажмите Lookup. Вы получите запись соединения в ChEMBL со стадией одобрения, белковыми мишенями, на которых его испытывали, значениями активности вроде IC50 и Ki, а также похожие соединения, которые можно загрузить обратно на холст.
Зачем искать биоактивность прямо во время рисования?
Сама структура говорит, что это за молекула. Данные о биоактивности говорят, что она делает. Если вы изучаете лекарство, планируете аналог или объясняете связь «структура — активность», следующий вопрос после рисования обычно такой: «Испытывали ли это соединение и на чём?»
ChEMBL отвечает на этот вопрос. Это бесплатная, вручную курируемая база данных лекарствоподобных молекул, которую ведёт EMBL-EBI, с миллионами измеренных значений активности. Плагин MolDraw выводит её рядом с холстом, и вам не нужно копировать SMILES между вкладками браузера.
Что показывает плагин
| Overview | Предпочтительное название, ChEMBL ID, тип молекулы, максимальная стадия разработки (например, Approved) и InChIKey. |
|---|---|
| Targets | Белки и другие мишени, на которых испытывали соединение, — каждая со ссылкой на свою страницу мишени в ChEMBL. |
| Activity | Измеренные значения, например IC50 и Ki, с указанием мишени, анализа (assay) и источника. |
| Similar | Похожие соединения из ChEMBL. Любое из них можно загрузить на холст. |
Как установить плагин ChEMBL
- Откройте редактор MolDraw и войдите в систему. Достаточно бесплатной учётной записи.
- Нажмите Settings (шестерёнка), затем Plugins.
- Нажмите Install рядом с ChEMBL. На панели анализа появится вкладка ChEMBL.
Как найти молекулу
- Нарисуйте молекулу или оставьте холст пустым, если будете искать по названию.
- Откройте вкладку ChEMBL.
- Нажмите Use canvas, чтобы искать по рисунку, или введите в поле запроса название (aspirin) или ChEMBL ID (CHEMBL25).
- Нажмите Lookup.
- Просматривайте вкладки Overview, Targets, Activity и Similar.
- Продолжайте работу с найденным соединением: Load to canvas заменяет рисунок, Append добавляет его рядом с вашей структурой, а Send to Compare открывает его в плагине сравнения молекул.
Как использовать плагин на занятиях и в лаборатории
- Обучение разработке лекарств: нарисуйте известный препарат, покажите его статус одобрения и реальные мишени, затем откройте Similar и обсудите, как небольшие изменения каркаса влияют на активность.
- Проверка идеи: прежде чем тратить время на аналог, посмотрите, не испытывали ли уже его или близкое соединение.
- Поиск отправных точек: примените Similar к найденному соединению, добавьте несколько соседей на холст и сравните их бок о бок.
- Отбор по эмпирическим правилам: сопоставьте результаты с калькулятором правила пяти Липински и калькулятором лекарственного подобия.
Советы для надёжных результатов
- Поиск по рисунку использует InChIKey, а он точный. Если ничего не найдено, проверьте стереоцентры, заряды и солевые формы или ищите по названию.
- Значения активности получены в самых разных анализах. Сравнивайте их только в пределах одного анализа и одинаковых условий; подробности — по ссылке на анализ.
- Плагин читает ChEMBL в реальном времени, поэтому нужен доступ к интернету.
Впервые работаете с химическими базами данных? Наше руководство по бесплатным химическим базам данных объясняет, когда использовать ChEMBL, PubChem, ChEBI и другие.
Вопросы и ответы
Что такое ChEMBL?
ChEMBL — бесплатная, вручную курируемая база данных биоактивных лекарствоподобных молекул, которую ведёт EMBL-EBI. В ней более двух миллионов соединений и их измеренные активности против биологических мишеней.
Плагин ChEMBL для MolDraw бесплатен?
Да. Он использует открытые веб-сервисы ChEMBL. Для установки нужна только бесплатная учётная запись MolDraw.
Можно ли искать в ChEMBL по нарисованной структуре?
Да. Кнопка Use canvas ищет нарисованную молекулу по InChIKey, а вкладка Similar находит родственные структуры.
Почему моя нарисованная молекула не находится?
InChIKey сравнивается точно, поэтому пропущенный стереоцентр, другой заряд или другая солевая форма дают другой ключ. Проверьте стереохимию и заряды или ищите по названию или ChEMBL ID.