Consulte alvos de fármacos e bioatividade a partir do seu desenho com o plugin ChEMBL
Resposta curta: instale ChEMBL em Settings › Plugins, desenhe uma molécula (ou digite um nome ou ID do ChEMBL) e clique em Lookup. Você obtém o registro do composto no ChEMBL com sua fase de aprovação, os alvos proteicos em que foi testado, valores de atividade como IC50 e Ki e compostos semelhantes que você pode carregar de volta na tela.
Por que consultar a bioatividade enquanto desenha?
Uma estrutura sozinha diz o que é uma molécula. Dados de bioatividade dizem o que ela faz. Se você está estudando um fármaco, planejando um análogo ou ensinando relações estrutura–atividade, a próxima pergunta depois de desenhar costuma ser "isso já foi testado, e contra o quê?"
O ChEMBL responde a essa pergunta. É um banco de dados gratuito, com curadoria manual, de moléculas com perfil de fármaco, mantido pelo EMBL-EBI, com milhões de pontos de dados de atividade medidos. O plugin do MolDraw o coloca ao lado da sua tela, para você não precisar copiar SMILES entre abas do navegador.
O que o plugin mostra
| Visão geral | Nome preferido, ID do ChEMBL, tipo de molécula, fase máxima de desenvolvimento (por exemplo Approved) e InChIKey. |
|---|---|
| Targets | As proteínas e outros alvos contra os quais o composto foi testado, cada um com link para sua página de alvo no ChEMBL. |
| Activity | Valores medidos como IC50 e Ki, com o alvo, o ensaio e a fonte. |
| Semelhante | Compostos parecidos do ChEMBL. Carregue qualquer um deles na tela. |
Como instalar o plugin ChEMBL
- Abra o editor MolDraw e faça login. Uma conta gratuita basta.
- Clique em Settings (a engrenagem) e depois em Plugins.
- Clique em Install ao lado de ChEMBL. Uma aba ChEMBL aparece no painel de análise.
Como consultar uma molécula
- Desenhe a molécula, ou deixe a tela vazia se for buscar pelo nome.
- Abra a aba ChEMBL.
- Clique em Use canvas para buscar o seu desenho, ou digite um nome (aspirin) ou ID do ChEMBL (CHEMBL25) na caixa de busca.
- Clique em Lookup.
- Navegue por Overview, Targets, Activity e Similar.
- Continue trabalhando com um resultado: Load to canvas substitui o desenho, Append o adiciona ao lado da sua estrutura e Send to Compare o abre no plugin Compare molecules.
Como usar em sala de aula e no laboratório
- Ensinar descoberta de fármacos: desenhe um fármaco conhecido, mostre seu status de aprovação e seus alvos reais e depois abra Similar para discutir como pequenas mudanças em um esqueleto afetam a atividade.
- Testar uma ideia: antes de investir tempo em um análogo, veja se ele ou um parente próximo já foi testado.
- Encontrar pontos de partida: use Similar em um resultado, adicione alguns vizinhos à tela e compare-os lado a lado.
- Triagem com regras práticas: combine os resultados com a calculadora da regra dos cinco de Lipinski e a calculadora de drug-likeness.
Dicas para resultados confiáveis
- A busca por desenho usa o InChIKey, que é exato. Se nada for encontrado, confira estereocentros, cargas e formas de sal, ou busque pelo nome.
- Os valores de atividade vêm de muitos ensaios diferentes. Compare-os só dentro do mesmo ensaio e das mesmas condições; siga o link do ensaio para ver os detalhes.
- O plugin lê o ChEMBL ao vivo, então precisa de conexão com a internet.
Novo em bancos de dados químicos? Nosso guia de bancos de dados químicos gratuitos explica quando usar ChEMBL, PubChem, ChEBI e outros.
Perguntas e respostas
O que é o ChEMBL?
O ChEMBL é um banco de dados gratuito, com curadoria manual, de moléculas bioativas com perfil de fármaco, mantido pelo EMBL-EBI. Ele reúne mais de dois milhões de compostos e suas atividades medidas contra alvos biológicos.
O plugin ChEMBL do MolDraw é gratuito?
Sim. Ele usa os serviços web públicos do ChEMBL. Você só precisa de uma conta gratuita do MolDraw para instalá-lo.
Posso buscar no ChEMBL desenhando uma estrutura?
Sim. Use canvas busca a molécula desenhada pelo seu InChIKey, e a aba Similar encontra estruturas relacionadas.
Por que a molécula que desenhei não é encontrada?
A correspondência por InChIKey é exata, então um estereocentro faltando ou uma carga ou forma de sal diferente gera outra chave. Confira estereoquímica e cargas, ou busque pelo nome ou pelo ID do ChEMBL.