Cari Target Obat dan Bioaktivitas dari Gambar Anda dengan Plugin ChEMBL
Jawaban singkat: Pasang ChEMBL dari Settings › Plugins, gambar molekul (atau ketik nama atau ID ChEMBL), lalu tekan Lookup. Anda mendapatkan catatan ChEMBL senyawa tersebut dengan fase persetujuannya, target protein tempat senyawa itu diuji, nilai aktivitas seperti IC50 dan Ki, serta senyawa serupa yang dapat Anda muat kembali ke kanvas.
Mengapa mencari bioaktivitas sambil menggambar?
Struktur saja memberi tahu Anda apa sebuah molekul itu. Data bioaktivitas memberi tahu apa yang dilakukannya. Jika Anda mempelajari obat, merencanakan analog, atau mengajarkan hubungan struktur–aktivitas, pertanyaan berikutnya setelah menggambar biasanya "apakah ini sudah diuji, dan terhadap apa?"
ChEMBL menjawab pertanyaan itu. ChEMBL adalah database gratis yang dikurasi secara manual berisi molekul mirip obat, dikelola oleh EMBL-EBI, dengan jutaan titik data aktivitas terukur. Plugin MolDraw menghadirkannya di samping kanvas Anda, sehingga Anda tidak perlu menyalin SMILES antar-tab peramban.
Yang ditampilkan plugin
| Ikhtisar | Nama pilihan, ID ChEMBL, jenis molekul, fase pengembangan maksimum (misalnya Approved), dan InChIKey. |
|---|---|
| Targets | Protein dan target lain tempat senyawa diuji, masing-masing tertaut ke halaman target ChEMBL-nya. |
| Activity | Nilai terukur seperti IC50 dan Ki, beserta target, uji (assay), dan sumbernya. |
| Mirip | Senyawa mirip dari ChEMBL. Muat salah satunya ke kanvas. |
Cara memasang plugin ChEMBL
- Buka editor MolDraw dan masuk. Akun gratis sudah cukup.
- Klik Settings (ikon roda gigi), lalu Plugins.
- Klik Install di samping ChEMBL. Tab ChEMBL muncul di panel analisis.
Cara mencari molekul
- Gambar molekulnya, atau biarkan kanvas kosong jika Anda akan mencari berdasarkan nama.
- Buka tab ChEMBL.
- Tekan Use canvas untuk mencari gambar Anda, atau ketik nama (aspirin) atau ID ChEMBL (CHEMBL25) di kotak pencarian.
- Tekan Lookup.
- Telusuri Overview, Targets, Activity, dan Similar.
- Lanjutkan bekerja dengan hasil temuan: Load to canvas mengganti gambar, Append menambahkannya di samping struktur Anda, dan Send to Compare membukanya di plugin Compare molecules.
Cara memakainya di kelas dan di laboratorium
- Mengajarkan penemuan obat: gambar obat yang terkenal, tunjukkan status persetujuan dan target sebenarnya, lalu buka Similar untuk membahas bagaimana perubahan kecil pada kerangka memengaruhi aktivitas.
- Memeriksa sebuah ide: sebelum menghabiskan waktu untuk sebuah analog, lihat apakah senyawa itu atau kerabat dekatnya sudah pernah diuji.
- Mencari titik awal: gunakan Similar pada sebuah hasil, tambahkan beberapa tetangga ke kanvas, dan bandingkan berdampingan.
- Penyaringan dengan aturan praktis: padukan hasilnya dengan kalkulator aturan lima Lipinski dan kalkulator drug-likeness.
Tips untuk hasil yang andal
- Pencarian lewat gambar memakai InChIKey, yang bersifat eksak. Jika tidak ada yang ditemukan, periksa pusat stereo, muatan, dan bentuk garam, atau cari berdasarkan nama.
- Nilai aktivitas berasal dari banyak uji yang berbeda. Bandingkan hanya dalam uji dan kondisi yang sama; ikuti tautan uji untuk detailnya.
- Plugin membaca ChEMBL secara langsung, sehingga memerlukan koneksi internet.
Baru mengenal database kimia? Panduan database kimia gratis kami menjelaskan kapan memakai ChEMBL, PubChem, ChEBI, dan lainnya.
Tanya jawab
Apa itu ChEMBL?
ChEMBL adalah database gratis yang dikurasi secara manual berisi molekul bioaktif mirip obat, dikelola oleh EMBL-EBI. Database ini memuat lebih dari dua juta senyawa beserta aktivitas terukurnya terhadap target biologis.
Apakah plugin ChEMBL MolDraw gratis?
Ya. Plugin ini memakai layanan web publik ChEMBL. Anda hanya perlu akun MolDraw gratis untuk memasangnya.
Bisakah saya mencari di ChEMBL dengan menggambar struktur?
Bisa. Use canvas mencari molekul yang digambar berdasarkan InChIKey-nya, dan tab Similar menemukan struktur yang mirip.
Mengapa molekul yang saya gambar tidak ditemukan?
Pencocokan InChIKey bersifat eksak, sehingga pusat stereo yang hilang atau muatan maupun bentuk garam yang berbeda menghasilkan kunci yang berbeda. Periksa stereokimia dan muatan, atau cari berdasarkan nama atau ID ChEMBL.