Drug targets en bioactiviteit opzoeken vanuit je tekening met de ChEMBL-plug-in
Kort antwoord: installeer ChEMBL via Settings › Plugins, teken een molecuul (of typ een naam of ChEMBL-ID) en druk op Lookup. Je krijgt het ChEMBL-record van de verbinding met de ontwikkelfase, de eiwittargets waarop ze is getest, activiteitswaarden zoals IC50 en Ki, en vergelijkbare verbindingen die je terug op het canvas kunt laden.
Waarom bioactiviteit opzoeken terwijl je tekent?
Een structuur alleen vertelt je wat een molecuul is. Bioactiviteitsgegevens vertellen je wat het doet. Bestudeer je een geneesmiddel, plan je een analoog of geef je les over structuur-activiteitsrelaties, dan is de volgende vraag na het tekenen meestal: "is dit getest, en waartegen?"
ChEMBL beantwoordt die vraag. Het is een gratis, handmatig samengestelde database van geneesmiddelachtige moleculen, beheerd door EMBL-EBI, met miljoenen gemeten activiteitsgegevens. De MolDraw-plug-in zet die naast je canvas, zodat je geen SMILES tussen browsertabbladen hoeft te kopiëren.
Wat de plug-in toont
| Overview | Voorkeursnaam, ChEMBL-ID, type molecuul, hoogste ontwikkelfase (bijvoorbeeld Approved) en InChIKey. |
|---|---|
| Targets | De eiwitten en andere targets waartegen de verbinding is getest, elk gelinkt aan de bijbehorende targetpagina in ChEMBL. |
| Activity | Gemeten waarden zoals IC50 en Ki, met target, assay en bron. |
| Similar | Gelijkende verbindingen uit ChEMBL. Laad er een op het canvas. |
Zo installeer je de ChEMBL-plug-in
- Open de MolDraw-editor en meld je aan. Een gratis account is genoeg.
- Klik op Settings (het tandwiel) en daarna op Plugins.
- Klik op Install naast ChEMBL. In het analysepaneel verschijnt een tabblad ChEMBL.
Zo zoek je een molecuul op
- Teken het molecuul, of laat het canvas leeg als je op naam gaat zoeken.
- Open het tabblad ChEMBL.
- Druk op Use canvas om naar je tekening te zoeken, of typ een naam (aspirin) of ChEMBL-ID (CHEMBL25) in het zoekvak.
- Druk op Lookup.
- Bekijk Overview, Targets, Activity en Similar.
- Werk verder met een treffer: Load to canvas vervangt de tekening, Append zet hem naast je structuur en Send to Compare opent hem in de plug-in om moleculen te vergelijken.
Zo gebruik je het in de les en in het lab
- Les over geneesmiddelonderzoek: teken een bekend geneesmiddel, laat de goedgekeurde status en de echte targets zien en open dan Similar om te bespreken hoe kleine veranderingen aan een scaffold de activiteit beïnvloeden.
- Een idee controleren: kijk, voordat je tijd in een analoog steekt, of die of een nauw verwante verbinding al is getest.
- Startpunten vinden: gebruik Similar op een treffer, voeg een paar buren aan het canvas toe en vergelijk ze naast elkaar.
- Screenen met vuistregels: combineer de resultaten met de calculator voor de regel van vijf van Lipinski en de druglikeness-calculator.
Tips voor betrouwbare resultaten
- Zoeken via een tekening gebruikt de InChIKey, en die is exact. Wordt er niets gevonden, controleer dan stereocentra, ladingen en zoutvormen, of zoek op naam.
- Activiteitswaarden komen uit veel verschillende assays. Vergelijk ze alleen binnen dezelfde assay en omstandigheden; volg de assaylink voor details.
- De plug-in leest ChEMBL live uit en heeft dus een internetverbinding nodig.
Nieuw met chemische databases? Onze gids voor gratis chemische databases legt uit wanneer je ChEMBL, PubChem, ChEBI en andere gebruikt.
Vragen en antwoorden
Wat is ChEMBL?
ChEMBL is een gratis, handmatig samengestelde database van bioactieve, geneesmiddelachtige moleculen, beheerd door EMBL-EBI. Er staan meer dan twee miljoen verbindingen in met hun gemeten activiteiten tegen biologische targets.
Is de ChEMBL-plug-in van MolDraw gratis?
Ja. Hij gebruikt de openbare webservices van ChEMBL. Je hebt alleen een gratis MolDraw-account nodig om hem te installeren.
Kan ik ChEMBL doorzoeken door een structuur te tekenen?
Ja. Use canvas zoekt het getekende molecuul op via de InChIKey, en het tabblad Similar vindt verwante structuren.
Waarom wordt mijn getekende molecuul niet gevonden?
Matchen op InChIKey is exact, dus een ontbrekend stereocentrum of een andere lading of zoutvorm geeft een andere sleutel. Controleer stereochemie en ladingen, of zoek op naam of ChEMBL-ID.