Tra cứu đích thuốc và hoạt tính sinh học từ hình vẽ với plugin ChEMBL
Trả lời ngắn: Cài ChEMBL từ Settings › Plugins, vẽ một phân tử (hoặc nhập tên hay ChEMBL ID) và nhấn Lookup. Bạn nhận được bản ghi ChEMBL của hợp chất với giai đoạn phê duyệt, các đích protein đã được thử nghiệm, giá trị hoạt tính như IC50 và Ki, cùng các hợp chất tương tự có thể nạp lại lên khung vẽ.
Vì sao nên tra cứu hoạt tính sinh học khi đang vẽ?
Bản thân cấu trúc cho bạn biết phân tử là gì. Dữ liệu hoạt tính sinh học cho bạn biết nó làm gì. Nếu bạn đang nghiên cứu một loại thuốc, thiết kế chất tương tự hoặc giảng dạy về mối quan hệ cấu trúc–hoạt tính, câu hỏi tiếp theo sau khi vẽ thường là "chất này đã được thử nghiệm chưa, và trên đích nào?"
ChEMBL trả lời câu hỏi đó. Đây là cơ sở dữ liệu miễn phí, được tuyển chọn thủ công, về các phân tử giống thuốc do EMBL-EBI vận hành, với hàng triệu điểm dữ liệu hoạt tính đo được. Plugin MolDraw đưa nó đến ngay cạnh khung vẽ, nên bạn không phải sao chép SMILES giữa các thẻ trình duyệt.
Plugin hiển thị những gì
| Overview | Tên ưu tiên, ChEMBL ID, loại phân tử, giai đoạn phát triển cao nhất (ví dụ Approved) và InChIKey. |
|---|---|
| Targets | Các protein và đích khác mà hợp chất đã được thử nghiệm, mỗi đích liên kết tới trang đích trên ChEMBL. |
| Activity | Các giá trị đo được như IC50 và Ki, kèm đích, thử nghiệm (assay) và nguồn. |
| Similar | Các hợp chất tương tự từ ChEMBL. Có thể nạp bất kỳ chất nào lên khung vẽ. |
Cách cài plugin ChEMBL
- Mở trình soạn thảo MolDraw và đăng nhập. Tài khoản miễn phí là đủ.
- Nhấn Settings (biểu tượng bánh răng), rồi Plugins.
- Nhấn Install bên cạnh ChEMBL. Thẻ ChEMBL xuất hiện trong bảng phân tích.
Cách tra cứu một phân tử
- Vẽ phân tử, hoặc để trống khung vẽ nếu bạn sẽ tìm theo tên.
- Mở thẻ ChEMBL.
- Nhấn Use canvas để tìm theo hình vẽ, hoặc nhập tên (aspirin) hay ChEMBL ID (CHEMBL25) vào ô tìm kiếm.
- Nhấn Lookup.
- Xem các thẻ Overview, Targets, Activity và Similar.
- Tiếp tục làm việc với một kết quả: Load to canvas thay thế hình vẽ, Append thêm nó bên cạnh cấu trúc của bạn, và Send to Compare mở nó trong plugin Compare molecules.
Cách dùng trên lớp và trong phòng thí nghiệm
- Giảng dạy về khám phá thuốc: vẽ một loại thuốc nổi tiếng, cho xem trạng thái đã phê duyệt và các đích thật của nó, rồi mở Similar để thảo luận việc thay đổi nhỏ trên khung cấu trúc ảnh hưởng thế nào đến hoạt tính.
- Kiểm tra ý tưởng: trước khi bỏ thời gian vào một chất tương tự, hãy xem nó hoặc một chất họ hàng gần đã được thử nghiệm chưa.
- Tìm điểm khởi đầu: dùng Similar cho một chất trúng đích, thêm vài chất lân cận lên khung vẽ và so sánh chúng cạnh nhau.
- Sàng lọc bằng quy tắc kinh nghiệm: kết hợp kết quả với công cụ tính quy tắc năm của Lipinski và công cụ tính độ giống thuốc.
Mẹo để có kết quả đáng tin cậy
- Tìm kiếm bằng hình vẽ dùng InChIKey, vốn so khớp chính xác tuyệt đối. Nếu không tìm thấy gì, hãy kiểm tra trung tâm lập thể, điện tích và dạng muối, hoặc tìm theo tên.
- Giá trị hoạt tính đến từ nhiều thử nghiệm khác nhau. Chỉ so sánh chúng trong cùng một thử nghiệm và điều kiện; theo liên kết assay để xem chi tiết.
- Plugin đọc ChEMBL trực tiếp, nên cần kết nối internet.
Mới làm quen với cơ sở dữ liệu hóa học? Hướng dẫn cơ sở dữ liệu hóa học miễn phí của chúng tôi giải thích khi nào nên dùng ChEMBL, PubChem, ChEBI và các cơ sở dữ liệu khác.
Hỏi và đáp
ChEMBL là gì?
ChEMBL là cơ sở dữ liệu miễn phí, được tuyển chọn thủ công, về các phân tử có hoạt tính sinh học giống thuốc, do EMBL-EBI vận hành. Nó chứa hơn hai triệu hợp chất cùng hoạt tính đo được trên các đích sinh học.
Plugin ChEMBL của MolDraw có miễn phí không?
Có. Plugin dùng các dịch vụ web công khai của ChEMBL. Bạn chỉ cần một tài khoản MolDraw miễn phí để cài đặt.
Có thể tìm kiếm ChEMBL bằng cách vẽ cấu trúc không?
Có. Use canvas tra cứu phân tử đã vẽ theo InChIKey, và thẻ Similar tìm các cấu trúc liên quan.
Vì sao không tìm thấy phân tử tôi vẽ?
So khớp InChIKey là chính xác tuyệt đối, nên thiếu một trung tâm lập thể hoặc khác điện tích hay dạng muối sẽ cho ra key khác. Hãy kiểm tra hóa học lập thể và điện tích, hoặc tìm theo tên hay ChEMBL ID.