Trova bersagli farmacologici e bioattività dal tuo disegno con il plugin ChEMBL
Risposta breve: installa ChEMBL da Settings › Plugins, disegna una molecola (o digita un nome o un ID ChEMBL) e premi Lookup. Ottieni la scheda ChEMBL del composto con la fase di approvazione, i bersagli proteici su cui è stato testato, valori di attività come IC50 e Ki e composti simili che puoi ricaricare nell'area di disegno.
Perché cercare la bioattività mentre disegni?
Una struttura da sola ti dice che cos'è una molecola. I dati di bioattività ti dicono che cosa fa. Se studi un farmaco, progetti un analogo o insegni le relazioni struttura–attività, dopo il disegno la domanda successiva di solito è: "è stato testato, e su cosa?"
ChEMBL risponde a questa domanda. È una banca dati gratuita e curata manualmente di molecole simili a farmaci, gestita da EMBL-EBI, con milioni di dati di attività misurati. Il plugin di MolDraw la porta accanto all'area di disegno, così non devi copiare SMILES tra le schede del browser.
Cosa mostra il plugin
| Overview | Nome preferito, ID ChEMBL, tipo di molecola, fase di sviluppo massima (per esempio Approved) e InChIKey. |
|---|---|
| Targets | Le proteine e gli altri bersagli su cui il composto è stato testato, ognuno collegato alla sua pagina bersaglio in ChEMBL. |
| Activity | Valori misurati come IC50 e Ki, con bersaglio, saggio e fonte. |
| Similar | Composti simili da ChEMBL. Puoi caricarne uno qualsiasi nell'area di disegno. |
Come installare il plugin ChEMBL
- Apri l'editor MolDraw ed effettua l'accesso. Basta un account gratuito.
- Fai clic su Settings (l'ingranaggio), poi su Plugins.
- Fai clic su Install accanto a ChEMBL. Nel pannello di analisi compare una scheda ChEMBL.
Come cercare una molecola
- Disegna la molecola, oppure lascia vuota l'area di disegno se cercherai per nome.
- Apri la scheda ChEMBL.
- Premi Use canvas per cercare il tuo disegno, oppure digita un nome (aspirin) o un ID ChEMBL (CHEMBL25) nella casella di ricerca.
- Premi Lookup.
- Consulta Overview, Targets, Activity e Similar.
- Continua a lavorare con un risultato: Load to canvas sostituisce il disegno, Append lo aggiunge accanto alla tua struttura e Send to Compare lo apre nel plugin Compare Molecules.
Come usarlo in classe e in laboratorio
- Insegnare la scoperta di farmaci: disegna un farmaco noto, mostra il suo stato di approvazione e i suoi bersagli reali, poi apri Similar per discutere di come piccole modifiche allo scaffold influenzino l'attività.
- Verificare un'idea: prima di dedicare tempo a un analogo, controlla se esso o un parente stretto è già stato testato.
- Trovare punti di partenza: usa Similar su un risultato, aggiungi alcuni vicini all'area di disegno e confrontali fianco a fianco.
- Screening con regole empiriche: abbina i risultati al calcolatore della regola del cinque di Lipinski e al calcolatore di drug-likeness.
Consigli per risultati affidabili
- La ricerca da disegno usa l'InChIKey, che è esatto. Se non trovi nulla, controlla stereocentri, cariche e forme saline, oppure cerca per nome.
- I valori di attività provengono da molti saggi diversi. Confrontali solo all'interno dello stesso saggio e delle stesse condizioni; segui il link del saggio per i dettagli.
- Il plugin legge ChEMBL in tempo reale, quindi serve una connessione a internet.
Nuovo alle banche dati chimiche? La nostra guida alle banche dati chimiche gratuite spiega quando usare ChEMBL, PubChem, ChEBI e le altre.
Domande e risposte
Che cos'è ChEMBL?
ChEMBL è una banca dati gratuita e curata manualmente di molecole bioattive simili a farmaci, gestita da EMBL-EBI. Contiene oltre due milioni di composti e le loro attività misurate su bersagli biologici.
Il plugin ChEMBL di MolDraw è gratuito?
Sì. Usa i servizi web pubblici di ChEMBL. Per installarlo ti serve solo un account MolDraw gratuito.
Posso cercare in ChEMBL disegnando una struttura?
Sì. Use canvas cerca la molecola disegnata tramite il suo InChIKey e la scheda Similar trova strutture correlate.
Perché la molecola che ho disegnato non viene trovata?
La corrispondenza tramite InChIKey è esatta, quindi uno stereocentro mancante o una carica o forma salina diversa danno una chiave diversa. Controlla stereochimica e cariche, oppure cerca per nome o per ID ChEMBL.