ابحث عن أهداف الأدوية والنشاط الحيوي انطلاقًا من رسمك باستخدام إضافة ChEMBL
إجابة مختصرة: ثبّت ChEMBL من Settings ‹ Plugins، وارسم جزيئًا (أو اكتب اسمًا أو معرّف ChEMBL)، واضغط Lookup. ستحصل على سجل المركّب في ChEMBL مع مرحلة الموافقة، والأهداف البروتينية التي اختُبر عليها، وقيم النشاط مثل IC50 وKi، ومركبات مشابهة يمكنك تحميلها مرة أخرى على لوحة الرسم.
لماذا تبحث عن النشاط الحيوي أثناء الرسم؟
البنية وحدها تخبرك ما هو الجزيء، أما بيانات النشاط الحيوي فتخبرك بما يفعله. إذا كنت تدرس دواءً، أو تخطط لمركّب مماثل، أو تدرّس علاقات البنية–النشاط، فإن السؤال التالي بعد الرسم يكون عادةً: "هل اختُبر هذا، وعلى أي هدف؟"
تجيب ChEMBL عن هذا السؤال. إنها قاعدة بيانات مجانية منسّقة يدويًا للجزيئات الشبيهة بالأدوية يديرها EMBL-EBI، وتضم ملايين نقاط بيانات النشاط المقيسة. وتضعها إضافة MolDraw بجوار لوحة الرسم، فلا تحتاج إلى نسخ SMILES بين علامات تبويب المتصفح.
ما الذي تعرضه الإضافة
| Overview | الاسم المفضّل، ومعرّف ChEMBL، ونوع الجزيء، وأقصى مرحلة تطوير (مثل Approved)، وInChIKey. |
|---|---|
| Targets | البروتينات والأهداف الأخرى التي اختُبر المركّب عليها، ولكل منها رابط إلى صفحة الهدف في ChEMBL. |
| Activity | القيم المقيسة مثل IC50 وKi، مع الهدف والاختبار والمصدر. |
| متشابهان | مركبات شبيهة من ChEMBL. حمّل أيًّا منها على لوحة الرسم. |
كيفية تثبيت إضافة ChEMBL
- افتح محرر MolDraw وسجّل الدخول. الحساب المجاني يكفي.
- انقر على Settings (رمز الترس)، ثم Plugins.
- انقر على Install بجوار ChEMBL. تظهر علامة تبويب ChEMBL في لوحة التحليل.
كيفية البحث عن جزيء
- ارسم الجزيء، أو اترك لوحة الرسم فارغة إذا كنت ستبحث بالاسم.
- افتح علامة التبويب ChEMBL.
- اضغط Use canvas للبحث عن رسمك، أو اكتب اسمًا (aspirin) أو معرّف ChEMBL (CHEMBL25) في مربع البحث.
- اضغط Lookup.
- تصفّح Overview وTargets وActivity وSimilar.
- واصل العمل على نتيجة: Load to canvas يستبدل الرسم، وAppend يضيفها بجوار بنيتك، وSend to Compare يفتحها في إضافة Compare molecules.
طرق استخدامها في الصف وفي المختبر
- تدريس اكتشاف الأدوية: ارسم دواءً معروفًا، واعرض حالة الموافقة عليه وأهدافه الحقيقية، ثم افتح Similar لمناقشة كيف تؤثر التغييرات الصغيرة في الهيكل الأساسي على النشاط.
- التحقق من فكرة: قبل أن تقضي وقتًا على مركّب مماثل، تحقّق مما إذا كان هو أو قريب منه قد اختُبر من قبل.
- إيجاد نقاط انطلاق: استخدم Similar على نتيجة، وأضف بعض الجيران إلى لوحة الرسم وقارن بينها جنبًا إلى جنب.
- الفرز بالقواعد التقريبية: اقرن النتائج مع حاسبة قاعدة ليبينسكي الخماسية وحاسبة شبه الدواء.
نصائح للحصول على نتائج موثوقة
- يستخدم البحث بالرسم مفتاح InChIKey، وهو مطابقة دقيقة. إذا لم يُعثر على شيء، فتحقّق من المراكز الفراغية والشحنات وصيغ الأملاح، أو ابحث بالاسم.
- تأتي قيم النشاط من اختبارات كثيرة مختلفة. لا تقارن بينها إلا ضمن الاختبار والظروف نفسها؛ واتبع رابط الاختبار للتفاصيل.
- تقرأ الإضافة ChEMBL مباشرة، لذا تحتاج إلى اتصال بالإنترنت.
جديد على قواعد البيانات الكيميائية؟ يشرح دليلنا لقواعد البيانات الكيميائية المجانية متى تستخدم ChEMBL وPubChem وChEBI وغيرها.
أسئلة وأجوبة
ما ChEMBL؟
ChEMBL قاعدة بيانات مجانية منسّقة يدويًا للجزيئات النشطة حيويًا الشبيهة بالأدوية، يديرها EMBL-EBI. تضم أكثر من مليوني مركّب ونشاطاتها المقيسة تجاه أهداف حيوية.
هل إضافة ChEMBL في MolDraw مجانية؟
نعم. تستخدم خدمات الويب العامة لـ ChEMBL. وكل ما تحتاجه حساب MolDraw مجاني لتثبيتها.
هل يمكنني البحث في ChEMBL برسم بنية؟
نعم. يبحث Use canvas عن الجزيء المرسوم بمفتاح InChIKey الخاص به، وتجد علامة التبويب Similar بنى ذات صلة.
لماذا لا يُعثر على الجزيء الذي رسمته؟
مطابقة InChIKey دقيقة تمامًا، لذا فإن مركزًا فراغيًا مفقودًا أو شحنة مختلفة أو صيغة ملح مختلفة تعطي مفتاحًا مختلفًا. تحقّق من الكيمياء الفراغية والشحنات، أو ابحث بالاسم أو بمعرّف ChEMBL بدلًا من ذلك.