Bases de données chimiques gratuites : guide pratique pour étudiants et chercheurs

Publié le 6 oct. 2026 · Par Rafeeque Mavoor · Catégorie : Guides · Données vérifiées : octobre 2026

Les étudiants en chimie rencontrent tôt ou tard le même problème : vous avez une molécule et il vous faut ses propriétés, son activité biologique, une structure cristalline, un spectre de référence ou un brevet. Chacune de ces questions relève d'une base de données différente. Ce guide explique ce qu'est chaque grande base de données chimique gratuite, à quoi elle sert, quelle est sa taille, ce que permet sa licence et comment l'interroger, avec de vraies URL d'exemple que nous avons testées avant publication.

Tous les chiffres ci-dessous ont été vérifiés en octobre 2026 sur les sites ou API officiels. La taille des bases change à chaque version : considérez-les comme des instantanés, pas comme des constantes.

Qu'est-ce qu'une base de données chimique ?

Une base de données chimique est une collection consultable de structures chimiques reliées à des données les concernant : noms, identifiants, propriétés calculées, mesures expérimentales, activités biologiques, coordonnées 3D, spectres ou documents où elles ont été décrites. La plupart des bases modernes peuvent être interrogées par nom, par identifiant (numéro CAS, InChIKey, SMILES) ou en dessinant une structure, et beaucoup proposent une API REST gratuite pour un accès programmatique.

L'essentiel à comprendre est qu'aucune base de données ne fait tout. Elles diffèrent par leur objet :

• Les encyclopédies de composés (PubChem, ChEBI) répondent à « qu'est-ce que cette molécule ? »
• Les bases de données de bioactivité (ChEMBL, DrugBank) répondent à « que fait cette molécule à une protéine ? »
• Les chimiothèques de criblage (ZINC) répondent à « quelles molécules similaires puis-je acheter ou docker ? »
• Les bases de données structurales (RCSB PDB) répondent à « comment cette molécule se place-t-elle dans sa cible ? »
• Les bases de données spectrales (nmrshiftdb2, MassBank, NIST WebBook) répondent à « à quoi devrait ressembler son spectre ? »
• Les collections spécialisées (COCONUT pour les produits naturels, SureChEMBL pour les brevets) couvrent des niches que les grandes bases négligent.

Comment se comparent les bases de données chimiques gratuites ?

Qu'est-ce que PubChem ? La plus grande base de données chimique gratuite

PubChem est la plus grande base de données de chimie gratuite au monde, gérée par le National Center for Biotechnology Information (NCBI) américain. Elle agrège les données de plus d'un millier de contributeurs dans des collections liées : Substance (ce que les déposants ont soumis), Compound (structures standardisées uniques), BioAssay, Protein, Gene, Pathway et Patent.

• Taille : environ 124 millions de composés et 349 millions de substances selon la page d'accueil de PubChem (vérifié en octobre 2026). L'article à comité de lecture PubChem 2025 update faisait état de 118,6 millions de composés en septembre 2024.
• Usages : rechercher des noms, synonymes, numéros CAS, formules, propriétés calculées (XLogP, TPSA), données de sécurité, fournisseurs et références bibliographiques.
• Utilisateurs : étudiants, enseignants, chimistes analystes, toxicologues, chémoinformaticiens et toute personne ayant besoin d'un identifiant fiable rapidement.
• Accès : recherche web avec un outil de dessin de structures, et l'API gratuite PUG-REST. PubChem demande aux utilisateurs programmatiques de rester sous 5 requêtes par seconde.
• Licence : utilisation gratuite ; les droits de réutilisation dépendent de chaque source de données, vérifiez donc la source avant de redistribuer des données.

Requête en langage courant : « Donne-moi la formule, la masse moléculaire, le SMILES et l'InChIKey de l'aspirine. »

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/property/MolecularFormula,MolecularWeight,SMILES,InChIKey/JSON

Réponse réelle (abrégée) :

{"PropertyTable": {"Properties": [{
  "CID": 2244,
  "MolecularFormula": "C9H8O4",
  "MolecularWeight": "180.16",
  "SMILES": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
  "InChIKey": "BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}]}}

Autres requêtes PubChem testées :

• InChIKey vers CID : https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/inchikey/BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N/cids/JSON renvoie 2244.
• Similarité 2D (≥ 90 %) avec la cétirizine : https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsimilarity_2d/cid/2678/cids/JSON?Threshold=90&MaxRecords=10
• Recherche de sous-structure à partir d'un SMILES : https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsubstructure/smiles/c1ccc(cc1)C(c1ccc(Cl)cc1)N1CCNCC1/cids/JSON?MaxRecords=10

Qu'est-ce que ChEMBL ? La référence pour la bioactivité

ChEMBL est une base de données curée manuellement de molécules bioactives de type médicament, maintenue par l'Institut européen de bio-informatique de l'EMBL (EMBL-EBI). Son cœur est constitué de données d'activité mesurées, comme des valeurs d'IC50, de Ki et d'EC50, extraites d'articles et de jeux de données déposés, chacune reliée à un composé, un essai et une cible biologique.

• Taille (ChEMBL 37, mai 2026) : 2 921 148 composés distincts, 24 527 044 activités, 18 552 cibles et 101 100 publications, selon le point de terminaison de statut de l'API ChEMBL.
• Usages : relations structure–activité (RSA), recherche de composés actifs connus pour une cible, constitution de jeux d'entraînement pour l'apprentissage automatique et vérification de la phase d'approbation d'un médicament.
• Utilisateurs : chimistes médicinaux, pharmacologues, chimistes computationnels et data scientists.
• Accès : interface web et API REST gratuite (JSON ou XML), plus des téléchargements complets (SQLite, PostgreSQL, SDF).
• Licence : CC BY-SA 3.0. ChEMBL demande de conserver les identifiants ChEMBL et le numéro de version lorsque vous réutilisez ses données.

Requête en langage courant : « Trouve l'aspirine dans ChEMBL. »

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/search.json?q=aspirin

Le premier résultat est CHEMBL25 (ASPIRIN, phase maximale 4, c'est-à-dire approuvé), avec le SMILES CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O.

Requête en langage courant : « Quelles valeurs de puissance ChEMBL contient-elle pour la cétirizine (CHEMBL1000) sur le récepteur H1 de l'histamine humain (CHEMBL231) ? »

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?molecule_chembl_id=CHEMBL1000&target_chembl_id=CHEMBL231&pchembl_value__isnull=false

Réponse réelle (réduite à deux des 12 fiches renvoyées) :

{"activities": [
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "14.0", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "7.85", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"},
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "5.89", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "8.23", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}]}

PubChem ou ChEMBL : quelle différence ?

PubChem est large ; ChEMBL est profonde. PubChem cherche à inclure toutes les substances chimiques jamais déposées : c'est le meilleur endroit pour identifier un composé. ChEMBL contient bien moins de composés mais cure leur activité biologique dans un format cohérent (unités standard, valeurs pChEMBL, cibles cartographiées) : c'est le meilleur endroit pour demander « quelle est sa puissance, et sur quoi ? ». En pratique, on utilise les deux : PubChem pour confirmer la structure et les identifiants, ChEMBL pour lire la pharmacologie.

Qu'est-ce que ChEBI ? Un dictionnaire curé des petites molécules

ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) est un dictionnaire et une ontologie de petites molécules curés manuellement, gérés par l'EMBL-EBI. Les entrées curées comportent une définition, une structure, des synonymes et des liens d'ontologie qui indiquent ce qu'est la molécule (par exemple « un membre de la classe des acides benzoïques ») et quel rôle elle joue (par exemple « anti-inflammatoire non stéroïdien »).

• Taille : 201 471 entrées, dont 61 961 entrées « 3 étoiles » entièrement curées (version 244, selon l'article de 2026 dans Nucleic Acids Research).
• Usages : nomenclature et classification cohérentes, annotation de données de métabolomique et de biologie des systèmes, et enseignement des groupes fonctionnels et des classes de composés.
• Accès : ChEBI 2.0 (lancée en octobre 2025) dispose d'un nouveau site web et d'une API REST ; les anciens services SOAP ont été retirés.
• Licence : CC BY 4.0.

Requête en langage courant : « Qu'est-ce que CHEBI:15365 ? »

https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/compound/CHEBI:15365/

La réponse renvoie "name": "acetylsalicylic acid", la formule C9H8O4, la masse monoisotopique 180.04226 et le texte de la définition. Une recherche textuelle fonctionne aussi : https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/es_search/?term=aspirin.

Qu'est-ce que ZINC ? Des milliards de composés pour le criblage virtuel

ZINC est une base de données gratuite de composés disponibles dans le commerce (« tangibles ») préparés pour le criblage virtuel, construite par les laboratoires Irwin et Shoichet de l'UCSF. ZINC-22 se concentre sur les immenses catalogues de synthèse à la demande d'Enamine, WuXi et Mcule, tandis que sa base sœur ZINC20 couvre des catalogues plus petits de produits en stock. ZINC15 est l'ancienne génération, encore citée dans de nombreux tutoriels.

• Taille : environ 54,9 milliards de molécules en 2D et 5,9 milliards en formats 3D prêts pour le docking (page d'accueil de CartBlanche22, vérifié en octobre 2026). L'article ZINC-22 faisait état de 37 milliards de molécules 2D lors de sa publication, ce qui montre la vitesse de sa croissance.
• Usages : campagnes de docking, recherche d'analogues achetables et téléchargement de fichiers 3D prêts pour le docking avec charges et conformations.
• Utilisateurs : chimistes computationnels, biologistes structuraux et équipes académiques de criblage.
• Accès : l'interface web CartBlanche (recherche par similarité, sous-structure et identifiant), des téléchargements en masse et des copies dans le cloud.
• Licence : « libre d'utilisation et de téléchargement pour tous » ; vous ne pouvez pas redistribuer de parts importantes sans autorisation écrite (licence ZINC de l'UCSF).

Requête en langage courant : « Trouve des composés achetables similaires à la cétirizine. » Collez le SMILES OC(=O)COCCN1CCN(CC1)C(c1ccccc1)c1ccc(Cl)cc1 dans la recherche par similarité de cartblanche22.docking.org.

Qu'est-ce que la RCSB PDB ? Structures 3D de protéines et de ligands

La Protein Data Bank (PDB) est l'archive mondiale unique des structures 3D déterminées expérimentalement de protéines, d'acides nucléiques et de leurs complexes ; la RCSB PDB en est le centre de données et le portail de recherche américain. Pour les chimistes, son intérêt réside dans les ligands liés : on voit exactement comment une petite molécule se place dans sa poche de liaison.

• Taille : 260 724 entrées actuelles (API holdings de la RCSB, vérifié en octobre 2026).
• Usages : étudier les modes de liaison, préparer des récepteurs pour le docking, enseigner la structure des protéines et trouver toutes les structures contenant un ligand donné.
• Accès : web, la Data API (data.rcsb.org) et la Search API (search.rcsb.org), qui permet des recherches par texte, par séquence et chimiques.
• Licence : les données de la PDB sont publiées sous CC0 1.0 (domaine public).

Requête en langage courant : « Montre-moi la fiche de ligand de l'aspirine (identifiant de composant AIN). »

https://data.rcsb.org/rest/v1/core/chemcomp/AIN

Cela renvoie le nom 2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID et la formule C9 H8 O4.

Requête en langage courant : « Quelles entrées de la PDB contiennent de l'aspirine ? » (Search API ; collez-la dans un navigateur, qui encode le JSON dans l'URL pour vous) :

https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query?json={"query":{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_nonpolymer_instance_annotation.comp_id","operator":"exact_match","value":"AIN"}},"return_type":"entry"}

Réponse réelle (abrégée) : "total_count": 8, avec des entrées comme 1OXR, 1TGM et 3GCL. Une recherche chimique envoyée avec le SMILES de l'aspirine (service: "chemical") a aussi renvoyé AIN comme meilleur résultat. Vous pouvez charger n'importe laquelle de ces entrées par son identifiant PDB dans le visualiseur de protéines MolDraw ou l'ouvrir sur rcsb.org.

Qu'est-ce qu'UniChem ? La traduction d'identifiants entre bases

UniChem est le service de correspondance d'identifiants de l'EMBL-EBI : donnez-lui un identifiant de structure et il renvoie les identifiants correspondants dans d'autres bases. Il relie les fiches par l'InChI/InChIKey standard : il fonctionne donc dès que deux bases contiennent la même structure.

• Taille : 25 sources listées par l'API UniChem, dont ChEMBL, PubChem, ChEBI, DrugBank, RCSB PDB, PDBe, SureChEMBL, HMDB, BindingDB et nmrshiftdb2 (vérifié en octobre 2026).
• Usages : fusionner des jeux de données, passer d'un identifiant ChEMBL à un code de ligand PDB et vérifier où d'autre un composé apparaît.
• Accès : web et API REST (/unichem/api/v1/).
• Licence : utilisation gratuite selon les conditions d'utilisation de l'EMBL-EBI ; les données derrière chaque identifiant conservent la licence de leur source.

Requête en langage courant : « Où d'autre l'InChIKey de l'aspirine apparaît-elle ? »

curl -X POST https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/compounds \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"type":"inchikey","compound":"BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}'

La réponse la fait correspondre, entre autres, à CHEMBL25, CHEBI:15365, au CID PubChem 2244, à DrugBank DB00945, au ligand PDB AIN et au Guide to Pharmacology 4139.

Qu'est-ce que nmrshiftdb2 ? Une base de données de spectres RMN gratuite

nmrshiftdb2 est une base de données web ouverte, évaluée par les pairs, de structures organiques et de leurs spectres RMN, avec une prédiction intégrée des déplacements ¹H et ¹³C. Son cœur est constitué de spectres entièrement attribués, souvent avec les données brutes.

• Taille : 271 817 structures, 70 030 spectres mesurés et 396 583 spectres calculés (compteur de la page d'accueil, vérifié en octobre 2026).
• Usages : vérifier une attribution, trouver des déplacements de référence pour une classe de composés et enseigner l'interprétation RMN.
• Accès : recherche web par structure, sous-structure, spectre et autres propriétés ; le site a annoncé une nouvelle interface REST en juin 2026 (nous ne l'avons pas testée).
• Licence : le logiciel est open source et les données sont publiées sous une licence de contenu ouvert.

Requête en langage courant : « Trouve des spectres ¹³C mesurés de composés contenant un groupe 4-chlorobenzhydryle. » Dessinez le fragment dans l'onglet de recherche de nmrshiftdb2 et lancez une recherche de sous-structure. Pour une estimation rapide avant de chercher, l'outil structure en RMN de MolDraw prédit un spectre à partir de votre dessin.

Qu'est-ce que MassBank ? Des spectres MS/MS expérimentaux

MassBank est un dépôt ouvert de spectres de masse expérimentaux de petites molécules, alimenté par des laboratoires du monde entier. Les exemples présentés ici utilisent MassBank Europe (massbank.eu). Chaque fiche décrit un spectre : composé, instrument, ionisation, énergie de collision et liste des pics.

• Taille : 139 006 fiches (décompte de l'API MassBank, vérifié en octobre 2026).
• Usages : identifier des inconnus en LC-MS/MS et en métabolomique, comparer des profils de fragmentation et enseigner la spectrométrie de masse.
• Accès : recherche web (nom, formule, pics) et API REST.
• Licence : chaque fiche porte sa propre licence Creative Commons (CC BY par défaut, mais certaines sont CC0, CC BY-SA ou non commerciales) : vérifiez donc le champ license avant toute réutilisation.

Requête en langage courant : « Liste les spectres MassBank de la caféine. »

https://massbank.eu/MassBank-api/records/search?compound_name=caffeine

Cela a renvoyé 134 identifiants de fiches. En récupérer une, https://massbank.eu/MassBank-api/records/MSBNK-ACES_SU-AS000088, donne un spectre MS2 LC-APCI Orbitrap de [M+H]⁺ avec le précurseur à m/z 195,088 et un fragment majeur à m/z 138,067, sous licence CC BY.

Qu'est-ce que COCONUT ? La base ouverte de produits naturels

COCONUT (COlleCtion of Open NatUral producTs) est la plus grande collection ouverte de structures de produits naturels, curée par le groupe Steinbeck de l'université Friedrich-Schiller d'Iéna. La version 2.0 relie chaque molécule à ses organismes sources, à la bibliographie et à ses variantes stéréochimiques.

• Taille : 738 829 molécules uniques issues de 71 collections, avec 73 137 organismes (page de statistiques de COCONUT, vérifié en octobre 2026). L'article COCONUT 2.0 en recensait 695 133 lors de sa version de septembre 2024.
• Usages : déréplication de produits naturels, idées de squelettes et constitution de jeux de criblage.
• Accès : recherche web (nom, structure, sous-structure, similarité) et téléchargements complets SDF/SQL. L'API REST existe mais nécessite une connexion avec un compte gratuit : nous ne l'avons donc pas utilisée pour ce guide.
• Licence : données CC0 ; code MIT.

Requête en langage courant : « Montre des produits naturels similaires à la caféine. » Collez le SMILES de la caféine CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C dans la recherche par structure de coconut.naturalproducts.net.

Qu'est-ce que SureChEMBL ? La chimie des brevets

SureChEMBL est la base de données gratuite de chimie des brevets de l'EMBL-EBI : elle analyse le texte et les images des documents de brevets et en extrait les structures chimiques mentionnées. C'est le moyen gratuit le plus simple de demander « quels brevets contiennent cette structure ? ».

• Taille : SureChEMBL 2.0 (mai 2025) couvre environ 116,6 millions de documents de brevets de cinq offices (CNIPA, OEB, JPO, USPTO, OMPI) ; l'USPTO a fourni à lui seul environ 19,9 millions de composés uniques.
• Usages : recherches d'antériorité, cartographie des brevets et repérage de séries de composés avant leur parution dans des revues.
• Accès : recherche web par structure ou mot-clé, API REST et fichiers Parquet en masse mis à jour toutes les deux semaines.
• Licence : CC BY 4.0.

Requête en langage courant : « Associe le nom cétirizine à un composé SureChEMBL. »

https://www.surechembl.org/api/chemical/name/cetirizine

Réponse réelle (abrégée) : "chemical_id": "4176", "inchi_key": "ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N". Vous pouvez ensuite rechercher les brevets contenant cette structure dans l'interface web.

Et DrugBank et le NIST Chemistry WebBook ?

DrugBank est une base de connaissances détaillée sur les médicaments approuvés et expérimentaux, leurs cibles, leur métabolisme et leurs interactions. Elle est consultable gratuitement, mais les téléchargements nécessitent un compte ; les jeux de données académiques sont sous licence CC BY-NC 4.0 pour un usage non commercial, et l'usage commercial nécessite une licence payante. Considérez-la comme « libre de lecture, pas de réutilisation ».

Le NIST Chemistry WebBook (NIST Standard Reference Database 69) propose des données thermochimiques, des spectres IR en phase gazeuse et des spectres de masse par ionisation électronique pour de nombreuses petites molécules. Sa consultation en ligne est gratuite, par exemple https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Name=caffeine&Units=SI, mais les données sont protégées par le droit d'auteur et leur redistribution en masse nécessite l'autorisation du NIST.

Quelle base de données chimique utiliser ?

Comment utiliser ces bases de données avec MolDraw ?

La plupart des bases donnent de meilleurs résultats avec un identifiant lisible par machine qu'avec un nom. MolDraw vous fournit ces identifiants directement à partir d'un dessin :

1. Dessinez la structure dans l'éditeur MolDraw (ou collez un nom avec nom en structure).
2. Copy SMILES dans la ligne d'options du haut. Copy as… dans le menu contextuel fournit aussi les formats InChI et MOL (voir le chapitre SMILES du cours MolDraw).
3. Créez une InChIKey avec le convertisseur SMILES en InChIKey. L'InChIKey est la clé de correspondance exacte la plus fiable entre PubChem, ChEMBL, ChEBI et UniChem.
4. Interrogez : collez le SMILES dans la recherche par structure d'une base, ou placez l'InChIKey dans l'une des URL REST ci-dessus.
5. Récupérez les résultats : convertissez un CID PubChem avec le convertisseur CID en SMILES ou une InChIKey avec InChIKey en SMILES, puis collez-le dans MolDraw pour le modifier.

Exemple résolu : comment comparer des analogues de la cétirizine ?

Supposons que vous étudiez l'antihistaminique cétirizine et voulez savoir quels analogues proches existent, quelle est leur puissance et si vous pourriez en acheter de nouveaux. Voici une démarche en trois bases ; chaque chiffre provient des requêtes en direct que nous avons lancées.

Étape 1 : l'identifier dans PubChem. Dessinez la cétirizine dans MolDraw, copiez le SMILES et recherchez-le :

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/cetirizine/property/MolecularFormula,MolecularWeight,InChIKey,XLogP,TPSA/JSON

PubChem renvoie le CID 2678, C21H25ClN2O3, MM 388,9, XLogP 1,7, TPSA 53 et l'InChIKey ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N.

Étape 2 : trouver des analogues dans PubChem. La requête de similarité 2D (seuil 90) renvoie des parents dont l'hydroxyzine (CID 3658, le médicament dont dérive la cétirizine) et la lévocétirizine (CID 1549000, son énantiomère pur), ainsi que leurs sels. Une recherche de sous-structure sur le squelette chlorobenzhydryl-pipérazine ajoute la chlorcyclizine, la méclizine et la buclizine.

Étape 3 : comparer l'activité dans ChEMBL. Recherchez l'InChIKey dans ChEMBL :

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule.json?molecule_structures__standard_inchi_key=ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N

On obtient CHEMBL1000 (phase maximale 4, première approbation en 1995). Ses fiches d'activité comprennent des valeurs de Ki sur le récepteur H1 humain entre 5,89 et 79 nM (pChEMBL 7,1–8,2) et une IC50 bien plus faible sur hERG (KCNH2) d'environ 30 µM (pChEMBL d'environ 4,5). Cet écart d'environ trois ordres de grandeur est le type de comparaison de sélectivité que ChEMBL facilite. Une recherche par similarité, https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/similarity/ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N/80.json, liste la lévocétirizine et des formes salines de la cétirizine à comparer de la même manière.

Étape 4 : chercher des analogues achetables dans ZINC. Collez le SMILES dans la recherche par similarité de CartBlanche22 pour voir des composés synthétisables à la demande qui modifient la chaîne latérale acide ou les cycles aryles. Vérifiez ensuite les propriétés de tout résultat intéressant dans MolDraw, par exemple avec le calculateur de la règle de Lipinski.

Comment bien interroger les bases de données chimiques ?

• Privilégiez les InChIKey pour les correspondances exactes et les SMILES pour les recherches par similarité ou sous-structure. Les noms sont ambigus (« vitamine C », sels, noms commerciaux).
• Attention aux sels et aux stéréoisomères. La cétirizine, le dichlorhydrate de cétirizine et la lévocétirizine sont des fiches différentes dans toutes les bases.
• Notez la version ou la date. Citez ChEMBL avec son numéro de version et notez la date à laquelle vous avez interrogé PubChem.
• Respectez les limites de requêtes. PubChem demande de ne pas dépasser 5 requêtes par seconde ; regroupez les gros travaux ou téléchargez les fichiers complets.
• Vérifiez la licence avant de redistribuer. La consultation est gratuite partout dans ce guide ; republier des données ne l'est pas toujours.

FAQ

Quelle est la plus grande base de données chimique gratuite ?

PubChem est la plus grande base de données chimique gratuite, avec environ 124 millions de composés uniques et 349 millions de substances déposées (vérifié en octobre 2026). ZINC-22 recense davantage de molécules (environ 54,9 milliards), mais la plupart sont des composés virtuels synthétisables à la demande pour le criblage, et non des substances caractérisées.

Quelle différence entre PubChem et ChEMBL ?

PubChem est un vaste agrégateur qui cherche à couvrir toutes les substances chimiques déposées : il est idéal pour l'identification et les propriétés. ChEMBL est plus petite mais curée manuellement pour la bioactivité, avec des valeurs de puissance standardisées reliées à des cibles : elle est idéale pour les questions de structure–activité et de découverte de médicaments.

ZINC est-elle gratuite pour un usage commercial ?

Selon la licence ZINC de l'UCSF, ZINC est libre d'utilisation et de téléchargement pour tous, entreprises comprises. La restriction porte sur la redistribution : vous ne pouvez pas redistribuer une part importante de ZINC sans l'autorisation écrite de l'équipe ZINC. Les composés eux-mêmes doivent être achetés auprès des fournisseurs listés.

Quelle base de données gratuite contient des spectres RMN ?

nmrshiftdb2 est la principale base de données RMN gratuite, avec 70 030 spectres mesurés pour 271 817 structures (vérifié en octobre 2026) et une prédiction ¹H et ¹³C intégrée. Les pages de composés de PubChem renvoient aussi vers des spectres d'autres sources, et le NIST Chemistry WebBook couvre les spectres IR et de masse plutôt que la RMN.

Quelle base de données gratuite contient des spectres de masse ?

MassBank contient 139 006 fiches de spectres de masse expérimentaux (vérifié en octobre 2026), principalement des spectres MS/MS de petites molécules, sous licences Creative Commons propres à chaque fiche. Le NIST Chemistry WebBook propose en ligne des spectres de masse par ionisation électronique pour de nombreuses petites molécules.

Peut-on interroger les bases de données chimiques par structure ?

Oui. PubChem, ChEMBL, ChEBI, ZINC, RCSB PDB, nmrshiftdb2, COCONUT et SureChEMBL permettent tous la recherche par structure, généralement en dessinant ou en collant un SMILES. Vous pouvez dessiner la molécule dans MolDraw, copier son SMILES et le coller dans la recherche par structure de la base, ou lancer des requêtes exactes, de sous-structure ou de similarité via leurs API.

Quelle base de données chimique est la meilleure pour les étudiants ?

Commencez par PubChem pour les noms, les propriétés et les données de sécurité, ChEBI pour les définitions et les classes de composés, et la RCSB PDB pour les structures 3D. Toutes trois sont gratuites, sans compte et dotées d'interfaces web claires. Ajoutez ChEMBL lorsque vous étudiez la pharmacologie, et nmrshiftdb2 lorsque vous apprenez la RMN.

Qu'est-ce qu'une base de données de bioactivité ?

Une base de données de bioactivité stocke les effets mesurés de composés sur des cibles biologiques, comme des valeurs d'IC50, de Ki ou d'EC50, reliés à l'essai et à la protéine. ChEMBL est la principale base de données de bioactivité gratuite ; PubChem BioAssay contient des résultats de criblage déposés par des laboratoires et des centres de criblage.

DrugBank est-elle gratuite ?

DrugBank est consultable gratuitement en ligne, et les utilisateurs académiques peuvent télécharger des jeux de données sous licence CC BY-NC 4.0 après inscription. L'usage commercial, y compris dans des produits ou services commerciaux, nécessite une licence payante de DrugBank.

Comment convertir un CID PubChem en identifiant ChEMBL ?

Utilisez UniChem. Récupérez l'InChIKey du composé (PubChem l'affiche sur chaque page de composé), puis envoyez-la à l'API compounds d'UniChem, qui renvoie les identifiants ChEMBL, ChEBI, DrugBank, PDB et autres correspondants. Pour l'aspirine, l'InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N fait correspondre le CID 2244 à CHEMBL25.

Sources

• PubChem : pubchem.ncbi.nlm.nih.gov · documentation PUG-REST · Kim S. et al. PubChem 2025 update, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1059
• ChEMBL : ebi.ac.uk/chembl · documentation de l'API · licence et présentation · annonce de ChEMBL 37
• ChEBI : ebi.ac.uk/chebi · lancement de ChEBI 2.0 · ChEBI: re-engineered for a sustainable future, Nucleic Acids Res. 2026, academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173
• ZINC : CartBlanche22 · Tingle B. I. et al. ZINC-22, J. Chem. Inf. Model. 2023, doi:10.1021/acs.jcim.2c01253 · licence ZINC de l'UCSF
• RCSB PDB : rcsb.org · Data API · Search API · politique d'utilisation
• UniChem : ebi.ac.uk/unichem · documentation de l'API
• nmrshiftdb2 : nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de
• MassBank : massbank.eu · API MassBank · format des fiches et licences
• COCONUT : coconut.naturalproducts.net · Chandrasekhar V. et al. COCONUT 2.0, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1063
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