Visor de proteínas

En resumen: carga un PDB por ID o desde un archivo, consulta secuencias de aminoácidos, aplica estilos a cadenas individuales y a regiones seleccionadas de la secuencia. Es gratis, funciona en tu navegador web y no requiere descargas.

Carga proteínas por ID de PDB o sube un `.pdb`, consulta la secuencia de aminoácidos, aplica estilos a cadenas individuales y haz clic con el botón derecho en regiones seleccionadas de la secuencia para cambiar su estilo u ocultarlas.

Explorar la estructura de una proteína

El Protein Data Bank (PDB) contiene estructuras 3D determinadas experimentalmente de proteínas, ácidos nucleicos y sus complejos. Cada entrada tiene un ID de cuatro caracteres, por ejemplo 1CRN para la crambina, una pequeña proteína vegetal muy usada en ejemplos, o 4HHB para la desoxihemoglobina humana.

Elegir un estilo de visualización

• Cintas (cartoon): muestra la estructura secundaria, con las hélices como cintas o espirales y las hebras β como flechas. Ideal para ver el plegamiento global.
• Varillas: muestra los enlaces individuales. Ideal para cadenas laterales, ligandos y sitios activos.
• Esferas: átomos de modelo compacto que muestran la forma y el empaquetamiento.
• Líneas: malla de alambre ligera, útil para estructuras grandes.

Trabajar con cadenas y secuencias

Muchas estructuras contienen varias cadenas, por ejemplo las dos cadenas α y las dos β de la hemoglobina. Aplica un estilo distinto a cada cadena para ver cómo se empaquetan. Seleccionar un tramo de la secuencia de aminoácidos y cambiar su estilo es una forma rápida de resaltar un bucle de unión o un sitio de mutación en una figura.

Consejo: exporta en PNG para diapositivas, o en PDB/XYZ/OBJ cuando necesites las coordenadas o una malla en otro programa. Para convertir un ligando unido en SMILES, consulta PDB a SMILES.