MolDraw › أدوات الكيمياء › حاسبة الوزن الجزيئي للبروتين

حاسبة الوزن الجزيئي للبروتين

باختصار: احسب الوزن الجزيئي لبروتين أو ببتيد من تسلسله: الكتلة المتوسطة وأحادية النظير بوحدة Da/kDa، والتركيب، ومعامل الامتصاص عند 280 nm. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب دون الحاجة إلى تنزيل.

الصق تسلسل بروتين أو ببتيد (رموز أحادية الحرف أو FASTA). تحصل على الوزن الجزيئي المتوسط وأحادي النظير، وتركيب الأحماض الأمينية، ومعامل الامتصاص المولي وقيمة A280 لمحلول تركيزه 1 mg/mL لقياسات التركيز بالأشعة فوق البنفسجية.

إجابة سريعة: الوزن الجزيئي للبروتين = مجموع كتل البقايا + جزيء ماء واحد (18.015 Da). السلسلة A للإنسولين (21 بقية) كتلتها المتوسطة 2383.71 Da، وأحادية النظير 2382.00 Da.
تظهر النتائج هنا.

كيف تستخدم حاسبة الوزن الجزيئي للبروتين

  1. الصق التسلسل بالرموز أحادية الحرف. صيغة FASTA مقبولة لأن سطر الترويسة والمسافات والأرقام وفواصل الأسطر تُحذف.
  2. تجمع الحاسبة الكتلة المتوسطة (أو أحادية النظير) لبقية كل حمض أميني، وتضيف جزيء ماء واحدًا للطرفين الحرين N وC.
  3. اقرأ الوزن الجزيئي بوحدتي Da وkDa. استخدم الكتلة المتوسطة لـ SDS-PAGE والمحاليل المنظمة، والكتلة أحادية النظير لمطيافية الكتلة عالية الدقة للببتيدات.
  4. استخدم معامل الامتصاص مع قانون بير–لامبرت (c = A280 / ε·l) لإيجاد التركيز من قراءة الأشعة فوق البنفسجية.

أمثلة محلولة

السلسلة A للإنسولين (21 aa)

GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

2383.71 Da متوسطة · 2382.00 Da أحادية النظير

ε280 = 2 Tyr × 1490 + 2 cystines × 125 = 3230 M−1cm−1

اليوبيكويتين البشري (76 aa)

8564.84 Da (8.56 kDa)

Tyr واحد ولا يوجد Trp: ε280 = 1490 M−1cm−1

التركيز من A280

بروتين قيمة ε له 43,824 M−1cm−1 يعطي قراءة A280 = 0.55 في خلية قياس طولها 1 cm.

c = 0.55 ÷ 43,824 = 12.6 µM

كيف يُحسب الوزن الجزيئي للبروتين

عندما ترتبط الأحماض الأمينية، تُطلق كل رابطة ببتيدية جزيء ماء واحدًا، لذا فالبروتين سلسلة من البقايا (الحمض الأميني ناقص H2O) إضافةً إلى جزيء ماء واحد لـ H وOH الطرفيين:

MW = Σ (كتلة البقية) + 18.015 Da (متوسطة) MWmono = Σ (كتلة البقية أحادية النظير) + 18.011 Da

تستخدم كتل البقايا المتوسطة الوفرة الطبيعية للنظائر، وهي ما يرتبط به SDS-PAGE والترشيح الهلامي والوزن. أما الكتل أحادية النظير فتستخدم النظير الأكثر وفرة فقط (12C و1H و14N و16O و32S) وتطابق القمة الأولى في طيف كتلة عالي الدقة لببتيد. وللتقدير السريع استخدم 110 Da لكل بقية.

معامل الامتصاص عند 280 nm

يأتي الامتصاص عند 280 nm من Trp وTyr والسيستينات المرتبطة بروابط ثنائية الكبريتيد. باستخدام قيم Pace وزملائه (1995):

ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(cystine)
الكتلة المحسوبة تخص سلسلة عديد الببتيد غير المعدّلة. فالغلكزة والفسفرة والروابط ثنائية الكبريتيد (−2.016 Da لكل منها) وإزالة الببتيد الإشاري ومعالجة Met في الطرف N كلها تغيّر الكتلة الحقيقية. لا تُقبل الرموز الملتبسة (B وZ وX)؛ أما U (سيلينوسيستئين) وO (بيروليسين) فمقبولة.

للجزيئات الصغيرة استخدم حاسبة الوزن الجزيئي؛ ولعرض بنية بروتين من PDB افتح عارض البروتينات من MolDraw.

هل تدرس معقدًا بين بروتين وربيطة؟ اعرض بنى PDB بشكل ثلاثي الأبعاد وحضّر الربيطات للإرساء الجزيئي بأدوات MolDraw المجانية.

افتح عارض البروتينات

الأسئلة الشائعة

كيف تحسب الوزن الجزيئي لبروتين؟

اجمع كتلة بقية كل حمض أميني في التسلسل وأضف 18.015 Da لجزيء ماء واحد. متوسط كتلة البقية نحو 110 Da، لذا فإن 300 بقية تساوي تقريبًا 33 kDa.

ما الفرق بين الكتلة المتوسطة والكتلة أحادية النظير؟

تستخدم الكتلة المتوسطة الوفرة الطبيعية للنظائر وتناسب القياسات الكلية. أما الكتلة أحادية النظير فتستخدم أخف النظائر المستقرة فقط وتطابق مطيافية الكتلة عالية الدقة للببتيدات.

كيف أحوّل Da إلى kDa؟

اقسم على 1000. 8564.84 Da = 8.56 kDa. والدالتون الواحد يساوي 1 g/mol.

كيف يُحسب معامل الامتصاص؟

ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × cystines (M−1 cm−1). تُعطى قيمتان بحسب ما إذا كانت السيستينات تكوّن روابط ثنائية الكبريتيد.

لماذا يظهر بروتيني بحجم مختلف في SDS-PAGE؟

التعديلات بعد الترجمة أو الشحنة غير المعتادة أو عدم اكتمال فك الطي تغيّر الحركية في الهلام. والقيمة المحسوبة تخص السلسلة غير المعدّلة.

هل تدعم الحاسبة صيغة FASTA؟

نعم. تُتجاهل أسطر الترويسة التي تبدأ بـ '>'، وكذلك المسافات وفواصل الأسطر والأرقام ورموز التوقف (*).

أدوات كيمياء ذات صلة

ملحق عارض البروتيناتPDB بشكل ثلاثي الأبعادحاسبة الوزن الجزيئيمن الصيغة إلى g/mol مع التركيب المئويحاسبة الكتلة الدقيقةالكتلة أحادية النظير لمطيافية الكتلةحاسبة المولاريةالمولات والحجم والتركيزحاسبة التخفيفعمليات التخفيف C1V1 = C2V2محوّل PDB إلى PDBQTحضّر الملفات للإرساء الجزيئيحاسبة الكتلة الموليةحساب الكتلة المولية خطوة بخطوةحاسبة تحضير المحاليلالكتلة اللازمة لتحضير محلولSMILES إلى وزن جزيئيالوزن الجزيئي مباشرة من سلسلة SMILESتسلسل الببتيد والحمض النووي إلى بنيةمن التسلسل إلى البنية الكاملة والصيغة والكتلة

هل تحتاج إلى رسم جزيئات لتقرير؟ ارسم الصيغ الكيميائية عبر الإنترنت باستخدام MolDraw، وهو بديل مجاني لـ ChemDraw عبر الإنترنت (اطّلع على مقارنة ChemDraw مع MolDraw).

آخر تحديث: