蛋白质查看器
简而言之:按 ID 或文件载入 PDB,查看氨基酸序列,为各条链设置样式,并为选定的序列区域设置样式。免费使用,在网页浏览器中运行,无需下载。
按 PDB ID 载入蛋白质或上传 `.pdb` 文件,查看氨基酸序列,为各条链设置样式,并右键单击选中的序列区域以更改样式或隐藏。
就绪。
链
载入蛋白质后将列出各条链。
氨基酸序列
在残基上拖动以选择区域。右键单击选区,可仅对该片段更改样式或隐藏。
载入蛋白质后将显示序列。
探索蛋白质结构
蛋白质数据库(PDB)收录了通过实验测定的蛋白质、核酸及其复合物的三维结构。每个条目都有一个四字符 ID,例如 1CRN 是常用作示例的小型植物蛋白——胨菌素(crambin),4HHB 是人脱氧血红蛋白。
选择显示样式
- 卡通:显示二级结构,螺旋显示为带状或螺旋状,β-折叠链显示为箭头。最适合观察整体折叠。
- 棍状:显示各个化学键。最适合观察侧链、配体和活性位点。
- 球体:空间填充的原子,显示形状和堆积。
- 线:轻量的线框模型,适合大型结构。
处理链和序列
许多结构包含多条链,例如血红蛋白的两条 α 链和两条 β 链。为每条链设置不同的样式,可以看清它们如何堆积在一起。选中一段氨基酸序列并更改其样式,是在图中突出显示结合环或突变位点的快捷方法。
提示:做幻灯片请导出 PNG;需要在其他程序中使用坐标或网格时,请导出 PDB/XYZ/OBJ。要把结合的配体转换为 SMILES,请参阅 PDB 转 SMILES。
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